高宗的这篇上谕主要针对《总目》的编纂体例提出了两点修改意见：其一，不同意将本朝诸帝御撰、钦定之书冠於经、史、子、集各部之首的做法，主张改置於各门类之前；其二，不同意将他本人历年来爲修《四库全书》所降谕旨以及御题四库诸书诗文均冠於全书之首，要求将卷首的六卷御制诗文撤出，列入集部的御制诗文集内，并分别冠之於所题各书之首，而《总目》卷首只保留历年修书谕旨以代弁言。
    然而对於上述修订方案，高宗经反复考虑後，觉得仍有不妥，於是两天以後他又针对《总目》的编纂体例颁降了第二道御旨：
    乾隆四十六年二月十五日内阁奉上谕：……朕一再思维，《四库全书》之辑，广搜博采，汇萃群书，用以昭垂久远，公之天下万世。如经部易类，以《子夏易传》冠首，实爲説易家最古之书，允宜弁冕羲经。若以钦定诸书列於各代之前，虽爲纂修诸臣尊崇本朝起见，而於编排体例，究属未协。况经、史、子、集各部内，尚有前代帝王论着，以本朝钦定各书冠之，亦有未合。……所有《四库全书》经、史、子、集各部，俱着各按撰述人代先後，依次编纂。至我朝钦定各书，仍各按门目，分冠本朝着録诸家之上，则体例精严，而名义亦秩然不紊，称朕折衷详慎之至意。将此谕令馆臣遵照办理。(25)
    在这篇上谕中，高宗对他此前提出的第一点意见进行了修正，认爲本朝诸帝钦定各书不但不应冠於经、史、子、集各部之首，也不宜列於各门类之首，所有收入《四库全书》的着作均应以作者时代先後爲序，钦定各书可置於各门类本朝着述之前，这样才能使名义“秩然不紊”，可以“昭垂久远，公之天下万世”。
    遵照高宗的旨意，四库馆臣对《总目》初稿从编纂体例到提要内容进行了全面修订，并於乾隆四十七年七月进呈定本，是月十九日永瑢等人的一封奏摺谈到了《总目》的修订情况：“《总目提要》业於上年办竣进呈，荷蒙圣训指示，令将列圣钦定诸书及御制、御批各种，均按门类分冠本朝着録各书之上，毋庸概列部首。现在亦已将体例尊奉改正，另行排次，仍编成二百卷，装作二十函，谨一并覆进。”(26)这封奏摺明确指出，此次进呈的《总目》已按照高宗的要求调整编纂体例，御撰、钦定诸书均按其所属门类分置於本朝着述之前，但未説明《总目》卷首的六卷御制诗文是否也已删去。
    前面谈到，天图稿本卷首恰恰就有六卷御制诗文，包括御制诗五卷及御制文一卷。根据上文所引档案材料得知，高宗在乾隆四十六年二月十三日的上谕中曾明确要求将《总目》卷首的六卷御制诗文撤出，照理説乾隆四十七年以後的修订本就不应再有这些内容。如此看来，似乎只能得出这样一个结论，天图稿本正是乾隆四十六年二月进呈的《总目》初稿。
    然而问题却比我们所想象的要更爲复杂，请看天图稿本《凡例》第二条的説法：
    列朝圣制、皇上御撰，揆以古例，当弁冕全书。而我皇上道秉大公，义求至当，以四库所録，包括古今，义在衡鉴千秋，非徒取尊崇昭代，特命各从门目，弁於国朝着述之前。此尤圣裁独断，义惬理精，非馆臣所能仰赞一词者矣。(27)
    这段话的意思表达得很清楚，即《总目》已经遵从高宗的旨意调整了编纂体例，原冠四部之首的御撰、钦定诸书，已被改置於各相关门类本朝着述之前。天图稿本各书提要的排序也完全可以证实这一点：如卷一二经部书类二将康熙御定《日讲书经解义》等两种着作置於明人书之後、本朝书之前；卷四九史部纪事本末类将《亲征朔漠方略》等六种乾隆间奉敕修纂的官书皆列於明人书之後、本朝书之前；卷一九○集部总集类五将《御选古文渊监》等十三种钦定着作皆置於明人书之後、本朝书之前。只有卷五五史部诏令奏议类是个例外，乃是将《太祖高皇帝圣训》等本朝诸帝诏令谕旨八种置於诏令奏议类之首，後面才是《唐大诏令集》等前朝诏令。对於这一排序原则，在本朝诏令八种之後有一段馆臣按语做了解释：“列圣御制及官撰诸书，并恪遵圣谕，冠於国朝着作之首。惟诏令奏议一门，例以专集居前，总集居後，而所録汉、唐诏令皆总集之属，不应在专集之前，是以恭録圣训、圣谕弁冕此门，前代诏令列後焉。”(28)可见这种情况属於特例，与高宗的要求并不相悖。上述事实説明，天图稿本确实已按照高宗的要求调整了编纂体例，因此它显然不可能是乾隆四十六年二月的进呈初稿。
    除此之外，还有若干证据也有助於説明这个问题：其一，天图稿本卷首之一的“圣谕”，不仅已收入上文所引乾隆四十六年二月十三日和十五日的两篇上谕，还有三篇是时间更晚的，最後一篇已晚至乾隆四十六年十一月六日，这些上谕自然不可能被收入是年二月的进呈初稿中。其二，天图稿本《凡例》开首称：“谨恭録御题诗文，分冠诸书之首。”(29)即已将高宗御题四库诸书诗文分别冠之於所题各书之首，这显然是对乾隆四十六年二月十三日上谕的一个回应，説明此《凡例》应是四十七年七月以後的修订本。其三，上文提到，上海图书馆所藏《总目》残稿极有可能是乾隆四十六年二月的进呈本，此稿本中收録有五种尹会一的着作提要，其中四种因天图稿本的相关卷次皆已不存，无从比对；惟上图残稿卷一八五集部别集类存目一二有尹会一《健余诗草》三卷(30)，可取与天图稿本相比勘，然而却发现後者已无此条提要。尹会一的文字遭到禁毁是乾隆四十六年三月以後的事情，天图稿本既已不收他的着作，可见也不应该是乾隆四十六年二月的进呈本。
    如上所述，天图稿本《凡例》及卷首所载御制诗文所提供给我们的信息似乎是相互矛盾的：一方面，此稿本卷首仍有六卷御制诗文，照此看来，它理应是乾隆四十六年二月的进呈初稿；另一方面，天图稿本《凡例》又明确表示它已遵从高宗旨意对涉及御撰、钦定诸书的编纂体例进行了重新调整，且从各卷提要的排序来看，也全都符合这一原则，説明此稿本绝不可能是乾隆四十六年二月的进呈初稿！那麽，究竟应当如何解释这一矛盾呢？剩下的只有这样一种可能性：虽然高宗在《总目》初稿进呈之初，曾以上谕的形式明确要求撤下卷首的六卷御制诗文，但令人难以置信的是，乾隆四十七年以後的修订本居然没有采纳这个意见(31)！据我估计，这六卷御制诗文被撤出《总目》卷首，大概已是乾隆五十五年以後的事情了。
    以上讨论旨在厘清天图稿本给我们提供的某些“似是而非”的信息，以説明它并非乾隆四十六年二月的《总目》进呈初稿。在弄清楚这个棘手的问题之後，仍需重新探讨此稿本的抄写年代上限。