不仅如此，即使之前关于中国古代城市形态的一些综合性认识，由于研究方法的不足，其中很多也存在问题。同时第一层次和第二层次的研究不是以客观研究为出发点，而是以综合研究提出的观点为指导，因此又难以对综合研究中存在的问题提出疑义；由此，综合研究中存在的问题也难以得以修正。
    正是上述整体研究方法上存在的问题，使得中国古代地方城市形态的研究处于停滞不前的状态。下面再对具体研究方法中存在的问题进行分析。
    （三）不完全归纳的局限
    不完全归纳法是从几个（但不是全部）特殊情况作出一般性结论的归纳推理。不完全归纳法又叫做普通归纳法。但是，由于不完全归纳法是以有限数量的事实为基础而得出的一般性结论，因此结论有时可能并不正确。
    由于不完全归纳存在这种明显的缺陷，因此在论证中，一定要注意结论的适用性，至少在提出观点时要保持一定的警惕。但在以往城市形态的研究中，很多是在少量个案的情况下，就轻易得出具有普遍性的概念，并且完全忽视了这种方法的局限。
    最明显的就是中国古代城市形态的综合研究。当前对中国古代城市形态的综合研究，一般通过列举个案的方式进行分析。研究者为了使其结论具有普遍适用性，往往强调其所选择论述的个案城市具有“典型性”或者“重要性”。但这种研究方法存在以下四点不足。
    第一，中国古代地方城市数量众多，根据周振鹤的统计，秦汉时期的郡县城市数量达到了千座，此后基本都保持在一千座以上（55），那么在没有进行充分分析的情况下，就认定其所列举的城市具有“典型性”显然过于唐突。
    第二，研究中所列举的对象，从分布区域来看多集中于中国东部，西部地区的城市则较少。美国学者高蓓蓓已经意识到这个问题，指出：“中国城市的模型也主要是从这些城市中抽象出来的，对西部城市则缺乏分析。”（56）
    第三，当前研究著作中举例论证的个案一般都是经济发达，遗存资料较多的城市。这些城市之所以被学者所注意，往往是由于它们在发展过程中曾获得过某些得天独厚的优势，或者存在某些值得注意的特点，使它们凸显于其他城市之外。而正是如此，它们是否能代表众多“普通”城市，即它们是否具有“典型性”，也就不能不引起怀疑了。
    第四，在本文开始所列举的那些与城市形态有关的问题都不甚清楚的情况下“典型性”的城市是难以选择出来的。
    总体来看，例证法不适合中国古代城市的综合研究。但是，也可以认为综合性研究是建立在大量个案、类型、区域和断代研究之上的，而著作中所列举的个案仅是那些能代表主要观点的例证。这种解释似乎也有道理，但实际情况并不如此，很多关于中国古代城市形态方面的研究都没有进行过归纳研究或者足够样本的不完全归纳研究。
    如关于城市规模的研究，很多学者都认为城市的行政等级决定了城市规模，或者城市规模与城市的行政等级存在密切联系。但是在相关研究中，一般只举出了少量例证，马正林关于秦汉之后的城市规模只举出了极少量的个案，如县级城市只有5例，有些甚至是极端的个案（佳县），这显然是没有说服力的不完全归纳（57）。
    又如中国古代城市城门的方向，陈正祥认为“但也只有三个门的，在这样的场合，一般是北边不开城门”； “有不少的城，北边不开城门……在此一安排之下，城内北部地区的发展无疑会受到影响。中华民族的主要外患，长期以来来自北方，人民大众在心理上，随时要提防北方，最好是不开城门”（58）。但至今，这一问题并没有进行过建立于完全归纳或者大样本基础上的研究，陈正祥也只是举出了几个例子。这种不完全归纳，毫无说服力。本人对《古今图书集成》中的资料进行检索，在830座有城门具体数量和方位记载的城市中，没有南门的36座，没有北门的172座，没有西门的78座，没有东门的53座，显然没有北门的城市数量较多。因此，虽然不如陈正祥所述的那样绝对，但是这种现象确实较为明显。陈正祥对倾向于不开北门的原因的推断，则是如下文所述，属于感性认识而不是实际论证。
    当然，在中国古代城市形态研究中，特别是明清之前的研究中，基本上难以进行完全归纳，在这种情况下，结论的提出应建立在尽可能全面搜集资料的基础上，并注意结论的适用性，一旦出现不符合结论的例证，那么就需要对以往的结论进行修正。
    在这里补充一点，我国历史研究中似乎存在一种潜移默化的习惯，即研究者希望自己提出的观点即使不是亘古不变的正确，起码也要在很长时间内是正确的。在这点上，我们需要向自然科学学习。自然科学理论的基本发展模式是：在大量现象的基础上进行归纳，提出假说，然后通过更多的现象或者试验加以证明。如果所有现象和试验都符合假说，那么这一假说在目前是正确的；如果存在不符合假说的现象和试验，那么就需要对假说进行修正。这种研究模式的根本信条就是：对理论假说的批判是学科发展的动力。这一点不仅仅适用于自然科学，也适用于社会科学。我们应当彻底转变思路，平和地看待自己提出的观点所受到的批评，并以此作为促进学术发展的动力。