余英时认为，《浙东学术》“一以自道其学术之渊源，一以补《朱、陆》篇之不足”。不过，如倪文孙（David S.Nivison）所言，这种说法不过是“晚年追认之论”。（72）他通过章氏1797年《又与朱少白书》一文论及清初朱学传人除顾亭林、阎百诗外还有黄梨洲之言推断说，“如梨洲果属朱学系统，则《浙东学术》一文便失去其立足点了……实斋在1797年时对于浙东学统尚无明确的谱系观念”，“此信足以坐实倪文孙《浙东学术》乃实斋晚年追论之说”。（73）又说，章氏迟至1797年还把黄宗羲置于朱学传统并将之视为戴震智识先辈这种令人极为惊奇的做法，“至少揭示此刻他还未最终形成归宗于浙东史学传统的自我定位……1800年所撰的《浙东学术》确实为‘一种晚年追认’”（74）。
    余英时认为，章氏这样做的根本原因仍在其“应对挑战”的立场，“实斋十分需要一个源远流长的学统作为他自己的后盾，不然他将无法与承朱子之学数传而起的戴东原相匹敌”（75）。又说：“为了在儒家史学中为自己找一个合适位置，他也需要建立自己的智识谱系，那么没有什么比浙东史学传统更合适不过了。”章这样做“也想用‘史学即理学’来代替‘经学即理学’”。（76）余英时继承了钱穆的观点，认为《浙东学术》所述浙东学术渊源的一辈理学家“却又未尝重史学”；不过，他认为章氏对浙东学术的描述虽“不免有夸张之嫌”，“但在实斋的潜意识里，这种夸张也许反而是十分真实的，研究实斋的朱、陆异同论，我们必不可把历史真实和心理真实混为一谈”。（77）他进而说，章氏自承其学出浙东，然而暗中却将“尊德性”之陆、王转换为“道问学”之陆、王，“实斋宗陆、王即所以叛离陆、王……故《文史通义》中《浙东学术》与《朱、陆》两篇实为治清代儒学发展史者所最当深玩之文字也！”（78）
    4.“文史校雠”
    《校雠通义》是章学诚阐述文史目录编纂理论的重要著述，其书“序”首明其文史校雠宗旨：“校雠之义，盖自刘向父子部次条别，将以辨章学术，考镜源流；非深明于道术精微、群言得失之故者，不足与此。”他通过考察中国目录学史，批评东汉、三国以后的目录编纂形式太简单，提出了“辨章学术，考镜源流”的重要思想。钱穆和余英时对章氏文史校雠理论形成的原因、过程、渊源和贡献等做了研究。
    钱穆认为，《校雠通义》的撰写根本上说是为了“针砭流弊”以与《文史通义》相发明，“实斋《文史通义》议论，多为救挽当时经学家风尚而发，至其《校雠通义》，一本古人政教不分、官师合一之旨，推原《周礼》，发明家学，与《文史通义》立论大体相通”（79）。其次，与清修《四库全书》有关，“抑其书亦似有感于当时清廷之修《四库书》而发者……其后实斋力辨‘校雠’与‘著录’之不同，若以其论史之体裁为例，则著录仅是记注，校雠乃属著作；著录可据成法，校雠须具特识。当时清廷既修《四库》，实斋之意，欲就其著录再加辨章流别，勒成一家之业也”（80）。而且，正是由于后一原因，使《校雠通义》能对古代学术提出重大创见，“他因注意分类编目之事，而注意到郑樵《校雠略》与《汉书·艺文志》”。《校雠通义》正是根据郑樵《通志》二十略里的《校雠略》而取名，“章氏把郑樵的《校雠略》回溯到前面刘向、刘歆的《七略》，即是《汉书·艺文志》之原本，而提出他所谓‘辨章学术，考镜源流’这八个字来”（81）。钱穆指出，校雠方法“最大且要者”有“互著”与“别裁”，校雠之用则在于“可以评骘古今学术源流，分别诸家体裁义例，其事即无异于著作”；不过，《校雠通义》在当时没有产生什么影响，“其时学风尚于征实，既不解实斋文史之旨，自不取其校雠之说尔”。（82）
    余英时通过对《文史通义》撰著时间的考辨及章氏学术历程的研究，说明了《校雠通义》与《文史通义》的关系及章氏治学由偏重“校雠”转向偏重“文史”的过程。他根据1985年出版的《章学诚遗书》提供的新资料撰写了《章学诚文史校雠考论》一文，指出胡适等根据《侯国子司业朱春浦先生书》一文断定《文史通义》撰于1772年是错误的，章氏《上钱辛楣宫詹书》所言“文史校雠”四字“并非指他的两部《通义》，而是描述他自己的学术工作的性质。这四个字是他针对着当时所谓汉学家，尤其是戴震的‘经学训诂’而特别提出来的……他以‘文史’为范围而与‘经学’相抗，以‘校雠’为方法而与‘训诂’相抗。戴震由训诂以通经而明‘道’，他则由校雠以通文史而明‘道’”。因为1772年章的校雠工作刚刚开始，不可能写出今本《文史通义·内篇》那些具有高度概括性、理论性的文字，所以，“1772-1774年间章氏提到的《文史通义·内篇》其实是后来《校雠通义·内篇》中某些文字的初稿”，“他前期的工作重心是通过班固、刘向、刘歆的校雠方法来考辨文史之学的源流。这是他学问的基础功夫……他在1779年以前治学的重点在校雠方面，尚未达到后期思想上的飞跃阶段”。（83）他指出，《校雠通义》的撰写早于《文史通义》约10年之久这一事实，反映了章氏学术发展历程及与乾嘉学风的关系，即“他的治学重点早期偏于‘校雠’，后期偏于‘文史’”，“就乾嘉的学风而言，这一事实的澄清则更有力地说明了‘道问学’的精神笼罩一世，虽豪杰之士莫能自外……章氏虽然在反抗‘经学训诂’上表现了大无畏的勇气，但是他持以相抗的‘文史校雠’却依然落在道问学的模式之内。戴震由训诂而通经以明道，章氏则代之以由校雠而通文史以明道，如是而已”。（84）又说，“变相的道统意识依然存在于号称‘实事求是’的乾、嘉学者的心中”，而“章学诚毕生持‘文史校雠’与戴震的‘经学训诂’相抗衡，也有一种争道统的意识在暗中作祟”。（85）