宋徽宗改革官制，一度撤销了御药院。崇宁二年诏：“御药院可候殿中省六尚建局日，除供到汤药事厘归尚药局，及供应御衣等厘归尚衣局外，其崇恩官等处供应及排办香表、国信礼物、御试举人、臣僚夏药并自来应干事务，并依旧主行，仍改名内药局。其见勾当官已系六尚职事者，令兼勾当，依旧禁中(共)[供]职，今后新差到官准此。”(12)御药院职能分别转归新建殿中省的尚药局、尚衣局，在元符皇后崇恩官的职能和其他职能依旧，但改名内药局。虽然如此，仍是名不副实，因为除了发放福利保健性质的臣僚夏药外，该局与药并无多大关系。之所以如此，恐怕像以前一样是以此来掩饰什么。
    宋钦宗靖康元年撤销六尚局，恢复御药院，“诏六尚局并依祖宗法”(13)。南宋御药院属于内诸司，与入内内侍省、皇城司、等同类并列(14)，“御药院掌应奉礼仪、衣服、汤药”(15)。大致依然是以前的职能。
    御药院的建制与变迁，显示了其职能的增长变化和名称的诡异，初步证明御药院绝不只是皇帝的医疗机构，还有许多其他主要功能。事实上，上文史料以及相关学者研究显示的仍不是其全部职能，因此有必要对其职能作全面考察。
    二、御药院的医药本职
    御药院在正史中的职能是：“掌按验秘方、以时剂和药品，以进御及供奉禁中之用。”(16)这是其公开的本职工作，包括以下五个方面。
    其一，搜集、研究、保管药方。如前所引：“有奏方书，则集国医按验以闻。”得到新药方后，要召集朝廷的医生研究实验，并将结果报告皇帝。对于皇帝服用的药方要严格保密，以防皇帝的健康状况外泄。绍兴二十年诏：“御药院供进汤药方书不许传录出外。如违，徒二年。干办官不觉察同罪，许人告捉，赏钱五百贯。”(17)处罚可谓严厉。因有绝对的皇家优势，在药方的收集整理方面贡献很大，流传至今的《御药院方》，就是以宋代御药院药方为主的我国第一部皇家御用药方集(18)。
    其二，制作药剂。即“掌制药以进御”，所谓典8人、药童11人、匠7人以及“生熟药案”掌“日常承准应奉御前取索汤药”，即是这一职能的人员和机构。不仅供应皇宫药品，还有支赐全国高级官员福利性质的药品，所谓“排办赐臣僚夏、腊药”，即冬夏两季的常用或保健药品。比如“腊日赐宰执、亲王、三衙、从官、内侍省官并外阃、前宰执等腊药，系和剂局造进及御药院特旨制造银合……伏日赐暑药亦同”(19)，所以其制药量比较大。
    其三，收集药材。药材一般于市场购买，个别短缺者要求产地上供。如元丰元年御药院请示：“药材有市贩所无，乞下诸路转运司具出产州军。如阙，本院以所须名色科置上供。”从之(20)。每年立春皇宫鞭春牛仪式上，“内官皆用五色丝彩杖鞭牛。御药院例取牛睛以充眼药”(21)。土制春牛的眼睛传说能治眼病。
    其四，组织医疗。皇帝有病，不是医官院而是御药院组织医疗，不仅“凡药尝而后进”，明确所进药品必须先尝过，防止毒药或炮制不当、副作用等事故，所有事务也都由御药院安排。元丰三年有诏：“医官使以下诊御脉，并御药院祗应者隶御药院。”(22)典型事例是元符三年初对宋哲宗的医治：
    是日御药刘友端传宣三省、枢密院，罢初五日紫宸宴。……巳午间得御药院申，上吐泻未已，脉气微弱。仍云因大病后失将理，积久伤气。即时驰白三省，约聚都堂……遂来都堂，同赴东门，请入问圣体。御药刘瑗、刘友端、苏珪同传宣，云服药渐安，十一日决于内东门小殿中相见。……御药又申，上脉气小弱。……是日四御药皆来传宣云：“夜来达旦，灸百壮，脏腑减一次，亦累进粥。然初灸二十五壮方知痛，五十壮已后痛甚。医者云脉气未生，舌强微喘。”……御药院又申：“即日已进朱砂七返丹，及其他补助阳气药不少，然自汗促喘，未得脉顺。”遂促三省上马驰诣都堂，至内东门……五鼓，得御药院申：“医官四更诊，脉气愈微细，自汗不止，不宜更有增加。”……是时都知、押班、御药以下百余人罗立帘外，莫不闻此语，议定遂退。(23)
    在此非常时期，御药院几乎成了朝廷的主角。对皇太后、太皇太后的医治同样如此。元丰元年，诏“军器库使兼翰林医官使陈易简等五人，入内东头供奉官、勾当御药院李舜举等四人，各转一官”，原因是“近太皇太后服药康复，医官、内侍供奉有劳，可推恩”故也(24)。元祐三年，“勾当御药院陈衍等三人”，“以太皇太后康复，推恩转官，减年有差”(25)。
    其五，颁发有关药方。御药院掌管着大量宫廷秘方，必要时也会颁发给有关部门。如熙宁十年诏令：西北就粮诸军及汉蕃弓箭手蕃兵“常经召募赴安南行营，染有瘴疠者，御药院以安南军前治瘴药方下逐路经略司修合，随病证给赐”(26)。为表示皇帝的关怀，减轻瘴毒的危害，将御药院的秘方赐给在广南作战的西北将士。皇帝赐给官员冬夏药，有时并非成药而是御药院的药方和价钱。通常“以川峡路远，艰于时至，故乞止赐方书”，熙宁六年曾有旨“诸路冬夏岁赐药尽计直，及降方书下转运司，就合赐之”(27)。
    由上可知，御药院是宋代皇宫医药主管和核心，也是全国高级官员的保健中心。
    三、御药院的宫廷事务
    御药院承担的宫廷事务很多也很重要，因为管理着皇帝、皇室的衣食住行，不同程度地参与皇帝、皇室的生老病死，是皇帝身边朝夕相伴、不可或缺的服侍者。
    从衣食住行等角度，可了解其在宫廷的作用。
    其一，皇帝及宫廷服饰设计、制作、保管。景祐二年，以“帝后及群臣冠服，多沿唐旧而循用之，久则有司寖为繁文，以失法度”，诏令“入内内侍省、御药院与太常礼院详典故，造冠冕，蠲减珍华，务从简约，俾图以进”。嘉祐元年王洙奏：“天子法服，冕旒形度重大，华饰稍繁，愿集礼官参定。”有诏：“礼院详典礼上闻，而礼院绘图以进。因勅御药院更造。”(28)崇宁二年撤销御药院，有关职能归尚衣库：“并御药院供应御衣、帽子、幞头等厘入局”，“本库旧有裁缝匠二人，通御药院今增十二人为缝人”，则是此前御药院有裁缝10人，“旧库有供御裹三人，及御药院有裹幞头帽子五人，造靴作一名，腰带作二人，靴履作、犀作各一人，今通作二十人为典功”(29)。则是御药院原有制造靴、帽、腰带等工匠10人。绍兴十五年准备籍田礼上皇帝的礼服，有关工匠来自御药院：“合用熨贴裁缝作二名，腰带、靴履、头冠、面花、棱道、杂钉、戎具、结条作各一名，乞下御药院差。”(30)淳熙九年，宋孝宗专门下诏不准其他部门借用御药院工匠：“御药院诸工匠系专一应奉乘舆、服御等物色，特与依制造御前军器处例，不得追呼于他处官司造作，并诸般科敷行役等”；淳熙十三年精简机构，“诏御药院减缕金作、头冠作、戎具作各一人，腰带作、小木作各一人”(31)。共裁减5人。楼钥载：“兹奉圣旨，以御药院改易制造头冠、法服，依淳熙十六年体例，干办御药院四人并特与转行一官。”(32)是因制作礼服有功升官的例子。有时还保管有关礼服，如嘉定十三年皇太子薨，皇帝、皇后的丧葬礼服由文思院制造，“赴御药院送纳”(33)。宫廷旧服装等，也由御药院组织拆洗。建炎元年“御药院奉圣旨，下开封府买拆洗女童，不计数”，“圣意将服浣濯之衣矣”(34)。