如果说以上事务属于间接朝政的话，那么下列事务无疑是直接朝政了。
    其一，监督起草重要文件。宋代起草重要文件均实行锁院制度，即将有关人员关闭一处，朝廷宣布文件后才放出。御药是这一制度中不可缺少的人物。如任命官员时，“但庙堂佥议进呈，事得允，然后中书入熟第，使御药院内侍一员，持中书熟状内降，封出宣押，当直学士院锁院竟，乃以内降付之，俾草制而已”(87)。御药携带任命的内容进入学士院，锁院后交给学士起草。凡锁院都有御药在场，他不仅是皇帝旨意的传递者，还是监督者。“凡锁院，御药、监门中官各一员，御药留宿其厅”(88)。即使学士在得到皇帝面授机宜的情况下，御药依然陪同锁院。如淳熙三年立翟贵妃为皇后并改回谢姓，周必大承担文件起草：“乙酉晚，快行家来宣锁院……酉时，出自东华门，入对选德殿。上曰：‘太上有旨，立谢后，命卿草制。’必大奏：‘合略及归姓否？’上曰：‘不如此，四方何由知？明言幼随乳母可也。’宣坐赐茶讫，御药王蒙同入院，二鼓后，进草毕。”(89)御药的作用显然是制度化的监督了。
    其二，监督管理科举和考场并制定有关制度。此即前引“廷试进士，则主行其禁令，封印卷首而给纳之”。科举是国家大事，需要严格的管理，御药始终参与在场，起着重要的甚至是主导的作用。“每宣试官赴阁门授敕，值晚即降钥匙开门及留门放入，赴阁门授敕讫，勾当御药院使臣押赴试院。兼计会阁门称，自来差发降南省知举考试官等，系御药院密差人宣到阁门，伺候齐足，方将实封于众试官当面拆封给赐，与当直阁门祗候同押赴逐处锁宿。如值晚宣未齐足，御药与阁门祗候于东华门及左右掖门外齐候，给敕讫押赴逐处，乞更不开留在内门户”(90)。御药从宣布考官名单后，就开始押送其到试院封锁。考官集合完毕，御药当众拆开密封的考题转交考官，再将各考官一一押送至指定的住室。殿试时，连考生、考官等人的位次都是御药院划定并有图纸，其他事务也都由其负责。如熙宁三年诏：“将来于集英殿御试举人，其臣僚及考校并诸司幕次，依今来御药院图子内相度贴定去处，应合行事件，令御药院检举施行。”当时又诏中书门下：“令别定御试举人封弥式样送御药院，仍仰本院誊录两本，分送初、覆考官。”(91)御药院掌管试卷密封的样式，类似于现代高考的密封密码，由其誊录后分发给初考官、复试官。嘉祐六年科考，在考官赵抃日记中可看到御药忙碌的身影：“(二月)二十七日晴。上御崇政殿，试进士、明经诸科举人。……御药院公文二道，传宣精加考校……(三月)八日晴。……御药院录白中书札子进士以下等第云云……九日清明，雨。……御药院关奉圣旨看详定夺……”(92)御药院不断传达着皇帝的指示，同时将贡院的情况转报皇帝。南宋周必大的记载更证明，所有科场的事务都由御药院传达皇帝：“臣近拟进御试进士策题，缘草本内有合题空之类，失于奏禀，并欲更改一字。今具下项：《祗承内禅》，‘内禅’字合题起……右欲望圣慈至期一并降付御药院，照应施行。”又有札子云：“臣适见御药院缴御试策问《赴中书省内躬行不怠》，误雕作‘躬行不迨’，恐举人答策有害文义，欲望圣慈特令改正。”(93)科举的考务、制度等，均有御药院直接参与管理或制定。例如：原来考生对考题不理解可以请示考官解答，至景祐元年，“始诏御药院，御试日进士题目，具经史所出，摹印给之，更不许上请”(94)。即不再允许上请，显然是由御药院执行。考试有规定的时间限制，如果天晚尚未答完需要点蜡烛，录取时则要降低等次。庆元年间御药院言：“故事，赐烛，正奏名降一甲，如在第五甲，降充本甲末名；特奏名降一等，如在第五等，与摄助教。”(95)属于执行考场纪律。北宋时，殿试的前十名卷子由御药院提交皇帝，由皇帝确定名次：“故事，廷试上十名，御药院先以文卷奏御定高下”。至建炎二年宋高宗指示“自今勿先进卷子”才予以改变(96)。开禧二年，又增加了御药院核对殿试笔迹的事务。命“诸道漕司、州府、军监，凡发解举人，合格试卷姓名，类申礼部。候省试中，牒发御史台，同礼部长贰参对字画，关御药院内侍照应，廷试字画不同者，别榜驳放”(97)。殿试笔迹与省试、解试不同，定是替考作弊，要单独张榜公布。在新科明法考试中，绍兴十一年“始就诸路秋试，每五人解一名，省试七人取一名，皆不兼经”。次年御试时，“御药院请分为二等，第一等本科及第，第二等本科出身”(98)。充分说明御药院直接制定了有关科举的录取等级制度。
    其三，参与编修国史、制造乐器和验证历法、翻译佛经。这些文化活动原本是文官和技术官的专业，但御药院不仅参与，在有些方面还起着重要作用。熙宁十年，诏令修仁宗、英宗两朝正史，组成人员中有：“命宰臣吴充提举；以龙图阁直学士、右谏议大夫宋敏求为修史；秘书监、集贤院学士苏颂同修史；秘书丞、集贤校理王存，太子中允、集贤校理、崇政殿说书黄履，著作佐郎、集贤校理林希并为编修官；勾当御药院李舜举管勾兼受奏事。”(99)勾当御药院李舜举的“管勾”兼“受奏事”，一是主管行政事务，二是接受有关报告、请示的奏章转达皇帝。元祐六年诏：“右正议大夫、端明殿学士、礼部尚书邓温伯……入内内侍省内东头供奉官、管当御药院、寄供备库使陈衍……各迁一官，内陈衍寄资。温伯等并以《神宗皇帝实录》书成赏功也。”(100)显然，管当御药院陈衍参与了《神宗皇帝实录》的编修并有功劳，所以与编修官一同受到奖励。绍兴五年，《重修神宗实录》成，有关官员晋级奖赏，“而承受入内东头供奉官、干办御药院张令亦进一官”(101)。曾在史院任职的曾布，为辨明一事对宋哲宗说：“如此事皆徇私变法及妨废职事，皆臣所不敢为。史院中有押班、御药等勾当，乞一询之，可知虚实。”(102)可知史院有御药常驻。古代儒家文明属于礼乐文明，乐曲和乐器是一代重要制度。宋代的乐器制造由御药院监管，如景祐二年四月，“命宰臣吕夷简、王曾都大管勾铸造大乐编钟，参知政事宋绶、蔡齐、盛度同都大管勾，集贤校理李照、勾当御药院邓保信专监铸造，仍以入内都知阎文应提举”(103)。至九月工程结束，朝廷按惯例予以奖赏：“祠部员外郎、集贤校理李照为刑部员外郎，赐三品服；入内供奉官、勾当御药院邓保信为理宾副使，以造新乐成也。自余修制官属诸工凡七百余人，悉迁补有差。”(104)值得注意的是奖励名单与前边任职名单不同，前言八人的领导班子，奖励时却只单独提到两人，说明不是按人头而是按功劳颁奖，勾当御药院邓保信也在其中，表明他起到了重要作用。涉及历法的检验，御药也要参加。熙宁二年，提举司天监钱象先报告：“乞今后每岁造《大衍》、《宣明》、《景福》、《崇天》、《明天》等历之时，其岁若有日月交蚀，令具注所蚀分数及亏初、蚀甚、复末时刻，或于岁首别立一项声说。遇交蚀，集算造历官于浑仪下对所差御药与两制监测验，浑仪官测验分数。”(105)在此，其作用是监督。熙宁初期翻译佛经，领导者中也有“入内内侍省内东头供奉官、勾当御药院、监译经臣李舜举”(106)。