从本体论角度讲，还原论否定了自然界的整体性、丰富多样性和复杂性，从而为无节制的征服和改造自然提供了理论依据。还原论在研究自然界的时候先预设了一个本体论的前提，即人类可以通过把自然界分解成为各个简单的部分，并通过分析各个部分的特性，加以机械叠加，就可以最终认识和掌握整个自然界的规律和本质。根据还原论法则，既然事物都只是基本单元在数量上的组合而无本质的不同，那么，人类通过对其组成部分的分别了解，就可以达到对整个自然界的总体认识；既然事物的运动形式都可以归结为机械运动，那么，人们就可以根据自己的设想任意改变事物的运动形式，从而彻底消解自然的异在性，使之成为“为我的存在”（28）。卡普拉指出：“经典科学是用笛卡尔的方法建立起来的，它把世界分解成一个个组成部分，并且根据因果关系来安排它们。这样，变成了一幅决定论的宇宙图示，这个图示是与把自然界比作一座钟表的想象密切联系在一起的。”（29）因此，机械自然观是本体论的还原论的必然归宿。
    但是，大自然远远比还原论者所想象的要复杂和丰富得多，美国著名学者康芒纳曾经总结出了四条著名的生态法则：每一种事物都与别的事物相关；一切事物都必然要有其去向；自然界所懂得的是最好的；没有免费的午餐。（30）虽然人类科技在近代机械自然观的指导下已经取得了巨大的成就，但人类对于大自然的复杂性的认识其实还很肤浅。可悲的是，近代随着技术的发展和随之而来的前所未有的发展导致了人类自信心的过度膨胀，美国早期的化学家拉托尔模仿着阿基米得的口气妄言：“给我一个实验室，我将生产一个世界……如果这意味着把社会变成一个大实验室，那就如此做吧。”（31）在本体论还原论的引导下，大自然变成了毫无生气、可以由人类任意摆布和塑造的对象物。它在成就了征服自然的人类中心主义的狂妄的基础上，也为人类肆意破坏自然打开了方便之门。
    还原论的认识方法也包含着极大的缺陷，导致了科学研究的破碎化和各学科之间的彼此分割。还原方法是把研究对象分解成为部分或者更低层次而进行研究的策略，在还原论看来，任何整体都可以分解成为可以单独认识的部分，通过对各部分的认识就可以实现对整体的认识。“尽管部分认识可以使整体认识变得更为深刻、更为具体，但它毕竟不能代替整体认识”（32）。还原论在研究过程中要对研究对象进行简化，把事物的质的规定性消解为量的规定性，这就有可能造成整体信息的缺失，从而导致所获得的认识结果的简单化和形而上学化。因此，还原论对科学研究来说是一种必要的方法，但不是唯一的方法。而在认识自然时，还原法把五光十色和生气勃勃的大自然简化为单调和死寂的对象物，只见树木不见森林，否定了自然的复杂性，从而给那个时代的人们造成了这样的错觉，即通过科学技术的发展，人类可以完全自由地实现对大自然的控制和征服。英文作家温黛尔·贝里（Wendell Berry）指出：“我们已经越来越无法看到我们在万物中的微渺，部分原因是人们认为我们可以量化地理解世界，另外也是由于我们自己正在成为机械产品的创造者，使得我们在自我感觉上被极度地放大了。”（33）1749年，卢梭在《论科学与艺术》中批判道：“人们啊！你们应该知道自然想保护你们不受科学之害，正像一个母亲要从孩子的手里夺下来一种危险的武器一样。而她所要向你们隐藏起来的一切秘密也正是她要保障你们不去碰到的那些坏事。因而你们求知时遇到的困难就正是她的最大恩典了。人类是作恶多端的，如果他们竟然不幸生下来就有智慧的话，他们就更坏了。”（34）可是不幸的是，用近代机械主义自然观和还原论思想武装起来的大部分人们还认识不到这一点，而是兴致勃勃地投身于征服自然的战斗中去了。
    三 否认自然的内在价值为征服自然提供了价值论上的依据
    近代机械主义自然观念继承西方传统的主客二分的认识传统，批判了中世纪基督教神学的自然目的论，从这个意义上讲，它是历史的进步。然而，它用机械主义的还原论把缤纷多彩和复杂的自然界简化为一个个冰冷的、有待于人类去认识和操纵的对象物，以强势的人类中心主义的观念去看待整个自然界，认为自然的唯一价值就是供人类开发和利用的使用价值，否认大自然自身的价值，从而为人类征服自然的观念和行为提供了价值论上的依据。美国著名环境史学者纳什指出：西方传统观念认为“大自然的唯一价值是工具性和功利性的--也就是说，是根据人的需要来确定的”（35）。
    直到20世纪60年代以前，西方社会主流的伦理学者和哲学家们一般仍然坚持价值主观论，认为离开了人类的关注，大自然本身没有任何价值。哈佛大学教授威廉·詹姆斯的表述堪称这种观点的一个代表：“设想你突然被剥夺了这个用以激发你情感的世界，试想这个世界是完全客观地自己存在着，没有了你的喜好与厌恶，没有了你的希望与忧愁。你恐怕无法想象这种消极的、死寂的情形；如果是这样的情形的话，那么宇宙间没有任何一部分会比另一部分更为重要，世上一切事物及各种系列的事件全都没有什么意义、特性、表现与前景。这样看来，在我们各自的世界中的一切有价值、有趣或有意义的东西，都纯粹是观察者心智的产物。”（36）R.B.佩里也支持詹姆斯的观点：“死寂的沙漠是无价值可言的，除非有一位漫游于沙漠的人觉得它荒凉或是令人生畏；瀑布是无价值可言的，除非有人以其敏感感受到它的雄伟，或者它被驯服，被用来满足人类的需要；自然的物质……是没有价值的，除非人类发现它们对人类有某种用途。而一旦其用途被发现，这些物质的价值就可以增长到任何高度，这全看人们对它们的渴望有多迫切。”（37）
    其实，否认自然的内在价值（或者说仅仅承认大自然的工具性价值）是与机械唯物论和还原主义的认识论一脉相承，互为表里的。机械唯物主义者继承西方主客二分的传统，“认为自然不仅仅与上帝无关，而且与人也无关，他只注目自然的客观描述或解释”（38）。还原主义认识论则为这种对自然的对象化认识提供了手段，从而真正实现了大自然的祛魅；而自然的价值中立论则为上述机械主义认识论提供了价值论的基础。根据上述论点，自然界被剥夺了任何自身的权利和内在性，离开了人类世界，它变得没有任何意义和价值。因而，人类为了实现自身的目的，可以肆意地去控制自然、征服自然而不必承担任何道义上的责任。近代人类中心主义者正是怀揣着这种理论，利用近代科技的手段，展开前所未有的征服自然的实践活动的。此外，仅仅承认大自然的工具性价值还抹杀了大自然的美学价值。与此前对大自然的丑化传统相一致，在17世纪以前，大自然并不是审美的一个来源。而对大自然的欣赏，则是现代环境伦理学兴起的一个重要的基础。因此，大自然的价值中立论不仅要对近代的环境破坏承担责任，而且也是当前环境危机和价值危机的罪魁祸首之一。余谋昌教授指出：“我们说传统文化具有‘反自然’的性质，不仅因为它不承认自然价值，而且常常以损害自然价值的方式积累文化价值，迄今为止人类文明最重要成果大多是靠损害自然价值形式实现的。”（39）其实，“生态危机并不简单地只是人类生存环境的恶化，它所透显出的是一种文化危机，而核心内容则是人类价值观念的错误，所以可以说生态危机只是一种结果，价值观念的失误，才是危机的源头”（40）。罗尔斯顿也指出：“在价值评判上的无能，可说也是硬科学的一大弱点。”（41）