其次，利玛窦见证了徐光启的信仰历程及信教之虔诚。在利玛窦的视野中，徐利虽相识于万历二十八年(1600)，可《利玛窦中国札记》南京交游要人中并未提及徐光启；而《利玛窦书信集》中，1602年9月2日《利氏致龙华民神父书》曰：
    《天主实义》用中文撰写，已经过一位大官文豪，也是我们的朋友润色一番。(66)
    罗渔译此句时加按语曰：“即徐进士光启”。我们以为此处为译者之误。徐氏此时并未成进士，也未为官，因此不可能称为大官文豪，故知此人非徐光启。同书直至1605年2月，利玛窦方在致马塞利神父的书信中首次提及徐光启高中进士(67)，而此时已过去约一年时间了。也即徐光启首次出现于利玛窦书信中当为万历三十三年(1605)。此后1605年5月10日《利氏致父书》(68)、1605年5月10日《利氏致高斯塔神父书》(69)、1607年10月18日《利氏致罗马总会长阿桂委瓦神父书》(70)、1608年3月6日《利氏致罗马高斯塔神父书》(71)、1608年3月8日《利氏致罗马总会长阿桂委瓦神父书》(72)、1608年8月22日《利氏致罗马总会长阿桂委瓦神父书》(73)，几乎年年书信中皆提及徐光启，可见徐光启在利玛窦视野中、在天主教传教中渐趋重要。1605年5月10日《利氏致父书》中，利玛窦视徐光启为新教友；而同日《利氏致高斯塔神父书》中，徐光启被利玛窦称为“似乎已经是久已进教的老教友”(74)。甚至视其为“中国圣教的坚固柱石”：
    几天以前，我在谈道时，说到天主有时在梦中示人秘密，他才把他的梦告诉我。可见是天主选了他作中国圣教的坚固柱石，因此愿意用一奇迹来教导他。(75)
    1607年、1608年，徐光启作为“卓越的教友”被利玛窦提及其父受洗及遵循天主教葬礼葬父事。(76)由“新教友--老教友--圣教柱石--卓越教友”称谓的层层递进可知：徐光启在利玛窦视野和中国天主教事业中的地位日益凸显。同时，这也完整地描绘了徐光启的天路历程。
    徐光启1604年到达北京后，据利玛窦称：
    第一件要务就是来拜访教堂，行忏悔礼以及领圣餐。有人说，保禄是如此虔诚，以致在领圣餐时竟忍不住流下泪来，就连站在圣坛栏杆旁的人们看了也一样流泪不止。(77)
    后徐光启成功使得父亲、妻子受洗入教，(78)妻子亦成为北京第一位奉教的妇女。(79)1604年，徐光启为《二十五言》作序时，《利玛窦中国札记》即称其对基督教信仰的崇奉：
    利玛窦神父还就各种道德问题和控制灵魂的罪恶倾向的问题写过二十五篇短文。……神父们的朋友保禄也写了一篇序和一篇跋……尤以他们的朋友保禄的赞许为然，他在其中乘机颂扬基督教的原则说，他不仅赞同它们而且已经接受它们成为了教徒。(80)
    1605年5月10日利玛窦致信罗马，同年称颂徐光启信仰的坚贞：
    他天资聪明，学问和文章也出众。他在我们住宅附近租一房屋，每天足不出户，他看到我所著的和所印的中文书甚受人的重视，他便常常催我多写书，说这是在中国唯一的传教和建立教会的方法。可是他也知我的时间少得可怜。最后，他请我用中文写出我在主日和节日向教友所讲的道理，这一点我也做不到。于是他只好在我讲道时，自己作记录。(81)
    再次，在利玛窦的影响下，徐光启的神学修养日趋深厚。利玛窦对于徐光启的神学影响，主要集中于上帝说、三一论和灵魂说。徐光启“南京问道”时，两人就探讨上帝说和灵魂说。《天主教传行中国考》卷3记：
    (徐光启)尝潜心考究生死大事，惜儒书未道其详，旁参二氏九流之书，亦不得其真解。仰观俯察，抚今思古，颇多疑团。万历二十七年，偶闻利玛窦名，特来南京问道。于利公所言，天地万物必有一无上真主，化育生成，而为人类之大父大君。人魂不死不灭，在生敬主为善，则永归天乡，与天神为伍；否则沉沦地狱，与魔鬼同群。(82)
    同时，因“南京问道”，徐光启接触三一论。《大西西泰利先生行迹》：
    万历庚子，至南都见利子，而略通其旨，回家得一奇梦，如见圆圆堂中设有三台。一有像，二无像。盖天主预启以三位一体、降生妙义。然尚未知其解也。(83)