当然如前所说，徐光启最为关注生死和灵魂之事，也正因此才向利玛窦“南京问道”。徐光启受洗后，进京日夕与利玛窦相处，在北京的教堂中，受利玛窦神学思想影响更深。伏若望(Joao Froes)《徐保禄进士行实》：
    他经常来这里做忏悔和领圣餐，非常虔诚，热泪盈眶，在场人无不为之感动。每项布道会他也都前来协助，并对布道会充满好奇。如果遇到不明白的问题，便会非常坦诚地提问，就像一个学校里的小学生。
    伏若望还称：
    保禄进士在与众人一起聆听弥撒时，其真诚的神态尤为出众。他在我们神父们的住所旁边租了房子，并开辟了一个专门供他使用的门。他经常通过此门来参加弥撒。几乎可以说，我们的教堂成了他家的神像龛。(84)
    利玛窦在京期间经常就许多神学问题与信仰基督教的中国文人进行对话。其《畸人十篇》“大部分是连续不断的评论，是一种以对死亡的反复沉思作为维持人生的正当秩序的方法”(85)；而第三篇《常念死侯利行为祥》、第四篇《常念死侯备死后审》即为徐光启与利玛窦的对话。两者主要论及死亡与最后审判，旁涉灵魂事。利玛窦认为常念死侯，有五大益，即以敛心检身，而脱身后大凶也；以治淫欲之害德行也；以轻财货功名富贵也；以攻伐我倨傲心也；以不妄畏而安受死也。徐光启闻后，即曰：
    此皆忠厚语，果大补于世教也。今而后，吾知所为备于死矣。世俗之备于死也，特求坚厚棺椁、卜吉宅兆耳，孰论身后天台下严审乎！(85)
    徐光启因诵读利氏著作，更加关注灵魂学说和最后审判。徐光启不仅经常学习利玛窦的各种神学著作，在北京时期更有三四年时间两人长时间接触相处，并有经常性的对话。利玛窦的神学思想及作为中国天主教传教会领袖的人格魅力深深地影响着徐光启，使其敬佩服膺。柏应理称：
    公服膺利子之教，欲笔其像供奉之。利师不许，遂法利师之行，亦终身不绘一像。(86)
    此足说明，利玛窦这位引领其进入基督教世界的“导师”在其心中具有的崇高地位。
    这一切不仅对徐光启对于上帝、灵魂等天主教教理的认识产生重要影响，而且促使徐光启入教以后的后半生始终如一地严格要求自己保持一位天主教徒的美德。邓恩称：“徐光启与利玛窦的精神境界颇为相似，均有着崇高的精神境界、完美和谐的气质、准确的判断力、毫不动摇的信仰、真挚的谦恭。”(87)
    最后，徐光启不仅注重加强神学修养，同时也积极加入天主教的宣教事业。伏若望《徐保禄进士实录》称：
    有时神父们因前往妇女教徒家中主持弥撒而缺席教堂中的弥撒，徐保禄便决定学着帮助她们，他学得非常勤奋刻苦。在拉丁词语的发言方面尤其花了力气，这些辞汇因为比较长，所以对他来说有困难，有些字母很难发音，特别是对于一个如此年纪的人而言，更是如此。但是他通过努力克服了所有困难，定期致力于对她们的帮助。这引起了所有人对他的崇敬。(88)
    徐光启努力学习拉丁文，协助神父给女教友主持弥撒。
    尤其在对教会的保护和发展上，徐光启更倾注了极大的精力与心血。曾德昭《大中国志》：
    保禄博士(徐光启)已从京城回到自己的家乡，由于他的出现，做事更加便利，减少了传道和教化百姓所发生的危险。因此施洗礼的人数不断增加，神父不得不写信请求协助，要求给他派一名伴侣，有时曾有三人。保禄博士为了扩建那座教堂，几乎把它全部推倒，重建了一座新的，所以直到今天他仍然有许多基督徒。(89)
    伏若望《徐保禄进士行录》中保存了大量的这方面的资料：
    在一次教难中，皇帝命令驱逐所有的神父。保禄进士得知神父被围困后，想办法营救他。
    徐保禄一生对教会拥有热情，即使在其生病和临终之时也如此。在他病重期间，他还设法使神父再次进入南京。为此，他给一位当时在南京任职的大官写信，将神父置于他的保护之下。