但是从大趋势来看，纪年法正在逐渐摆脱基督教的直接干预而成为独立的纪年体系，主要功能也从体现宗教意义转化为标记时间的坐标，体现时间远近。公元纪年明显迎合这种趋势。由于历史原因，“世界纪年法”包含较多的宗教假设，过分依赖《圣经》，因而逐渐显得不合时宜。在17世纪最后几十年，“公元前纪年法”与“世界纪年法”难分轩轾，尤其在史书中，单独使用“公元前”纪年的情形越来越多。通史类作品中，在讲述罗马之前的史事时，大多采用“世界纪年法”，或者兼采“公元前纪年法”，但在讲到罗马史时则径直采用“公元前纪年法”。例如17世纪晚期非常流行的《史学导论》（Ductor historicus），尽管作者认为“世界纪年法”比“公元前纪年法”更为重要，但在所附“世界史表”中，却在罗马共和国开始之后只用了“公元前纪年法”(38)。
    决定性的变化发生于18世纪初期。1700年前后，詹姆士王本《圣经》开始在页眉或者页边附加纪年，1703年就以完整的基督纪年体系作为主要纪年方式。1698年，在一册教导如何研究历史的小册子中，作者虽然兼采公元前和世界纪年两种纪年法，但前者的重要性显然大于后者，因为他将标志性历史事件全部换算成统一的儒略纪年和公元前纪年(39)。由牛津教士马歇尔（Benjamin Marshall）编订的《年表》（Tabulae Chronologicae）1712年再版扩充时，完全采用公元前（Ann.Ante A.D.）和公元纪年，而以世界纪年为辅(40)。18世纪初最为知名的年代学作品乃1728年出版的伊萨克·牛顿的遗著《古代国家编年简编》，牛顿在书中明确宣布：“时间以公元前（years before Christ）的年份方式加以确定。”(41)
    纪年实践的变化很快反映到年代学理论作品当中，年代学家开始论证“公元前纪年法”优于“世界纪年法”。检索“18世纪在线作品集”可以发现，最早讲到“公元前纪年法”优于“世界纪年法”的作品是1714年德拉蒙德的《地理学简论》第二版，他说：“按照重要性来说，公元纪年法排在第一位，世界纪年法第二位。但是即使涉及《旧约》中的圣史，‘世界纪年法’也被置于一边，而是用公元前纪年法来计算《旧约》中发生的事情，以便给予更加清晰的时间观念。”(42)
    1716年，普利都更从理论上系统阐释了选择“公元前纪年法”的理由：“在年表中，我只用公元前纪年，从通用的基督道成肉身之年向前追溯，而非真正的降生年代。博学之士对基督道成肉身的确切年份有着不同意见，有些人认为要提前2年，有些人则主张提前4年。但是对于公元开始之期，大家都是知道的，因此从公元纪年向前追溯使它成为确凿可靠的纪年法。所不同者是我们的救世主的真正出生年份与公元纪年法之间的差异。”他也说明了自己不采纳“世界纪年法”的理由：“（尽管）非常流行，但我没有采纳，因为其不确定性，大多数年代学家对此意见分歧，有些早，有些晚，但几乎对每一个年份都无法取得一致。”至于“儒略纪年法”，他认为既然已有“公元前纪年法”，似乎就没必要再使用了：“（儒略纪年法）是个可靠的度量单位，但是如同公元前纪年一样，也是需要回溯的。尽管此法似乎是从古向今纪年，但实质上是根据当前的太阳、月相和小纪（Indiction）逆推，然后从时间开始之前的某个想象的点，即其始点顺推而下。儒略纪年法适合于推定时间，但是对我要处理的时间段来说，公元前纪年法如果不是更好的话，至少够用。因为将公元前的年份直接加在公元年份之上，马上就可知这个事件的年代有多久远。而儒略纪年法就不行。事实上公元纪年能够直接、迅速而且一目了然。”(43)
    “公元前纪年法”优先的情况迅速推广。1726年戈尔顿说：“我们最熟悉，也最系统的纪年法是公元纪年法，即我主诞生之后的1月1日。”(44) 这一变化由同一作家的两部作品得到最生动的印证。当时非常流行的作家布瑞特于1729年创作《论〈圣经〉年代学》，优先使用“儒略纪年法”，其次是“世界纪年法”。他说：“因为自斯卡利格以来所有的年代都要归约于儒略纪年，我也将这些年表归约为这一纪年，以便读者诸君可以非常容易地发现俗史中发生的事件。如果你参考将年代归约于儒略纪年的赫尔维克（Helvicus）或者其他年代学家的作品，参照那里的年表，就可以找到相应的世界纪年。”(45) 但是三年后，在发表《世界通史》时他改口说：“在论年代学的作品中，我将希腊和希伯来史事都归约为儒略纪年，在这部通史中，我将它们都归约为公元前纪年，即基督诞生之前多少年。”(46)
    1738年，作家博斯维尔说：“犹太作家普遍使用世界纪年法，基督教世界也沿用之。公元500年，公元纪年法被狄奥尼修斯发明，从此世界纪年法较少使用，甚至被弃置一边，因为（基督）诞生日期对于我们非常熟悉，而且也确实更加富有意义，说某事发生于‘公元前多少年’比说‘发生于世界多少年’有更明确的时间距离感，因此几乎所有现代史家都用公元纪年法。”(47)
    四、“世界纪年法”的淡出
    作为纪年法的“世界纪年法”已经退居次位，但仍较为重要。然而随着时间流逝，它越来越面临外来的挑战。“世界纪年法”假定世界有始有终，世界历史大约为6000年。这是因为基督教会长期相信上帝六日造人，“天上一日，人间千年”，因此人类历史应该是6000年，此后则是末日审判。但是，重新发现的埃及和迦勒底的年代要早于创世的日期，新发现的美洲部族的谱系表和东方古国的年代体系也都超出大洪水之前，甚至在创世纪之前。对此如何解释？这些问题还不至于对“世界纪年法”形成真正的威胁，因为早在“世界纪年法”诞生之初，这些问题就已经存在并且被解释过了。有些作家认为，一些民族的历法是将一天当做一年，如迦勒底人；另一些民族则是将一月当做一年，如埃及人；因此通过重新换算，可以将其统一到《圣经》年代体系中去。更为激进者则直接说异教史书不值得信任，完全是谎言，因此不值得一辩(48)。近代早期即已传入西欧的中国纪年和日本纪年也受到相似的对待。
    但是，由于文艺复兴时期的崇古之风，许多古代异教年代还是备受重视。当斯卡利格设计“儒略纪年法”时，他无法在内心深处否认早期巴比伦和埃及的历史记载，为此提出另一个7980年时代。虽然如此，他还是更相信人类历史不超过6000年，从而将“儒略纪年法”的起点设定为创世之前700多年。也就是说，基督教世界之外的年代体系并不能真正威胁到“世界纪年法”，因为它们自身的可靠与否难以判断。