对于搜集到的遗骨，日本政府均由国家出资，指定东京牙科大学等十几个医学机构进行DNA鉴定，而后交还日军遗族手中。DNA鉴定是通过对牙齿或指骨细胞染色体的比对来判别的，需要很长的时间。据报道，2005年在东京霞关的政府联合办公大楼里陈列着近七千根遗骨，而等待鉴定结果的遗族超过了一千人。厚生省社会援护局的一位人士指出：“考虑到遗族的老龄化，工作人员会尽可能早地判明遗骨的身份；但由于技术上难度较大，只能与时间赛跑。”
     日本搜集遗骨工作，走的是官民结合的路子，官方由日本厚生省组织领导，民间则由各界志愿者组成一支支“搜骨团”，官民之间配合协调，在长达数十载的实践中探索出一条专业化的操作套路。
     从1975年日本赴缅甸“搜骨团”组成情况可知，每支队伍均由厚生省官员、幸存老兵代表、阵亡者遗族及志愿者多方构成。这样一件复杂的事情能做成，关键在于日本防卫厅和厚生省保存着较完备的阵亡者名簿，死亡时间、地点记得一清二楚，如此才能按图索骥。并且，每次都派出了各部队老兵代表，他们知道在哪里打过仗，谁在此处阵亡，所以在“收骨团”中起主导作用。近年来，随着旧日军战友会老兵大量离世，日本国战死者遗体收容团、日本遗族会、日本青年遗骨收集团、空援队等志愿者团队（NGO/NPO组织）日益发挥重要作用。这里，值得一提是“日本青年遗骨收集团”（JYMA）。
     “日本青年遗骨收集团”由1967年成立的日本“学生慰灵团”发展组建。该组织的活动目标为：一是在日军“玉碎”战场慰灵，建立慰灵碑；二是调查当地政治、经济、地理、风俗；三是向当地人介绍日本文化，传达亲善。据介绍，加入日本青年遗骨收集团并参加收骨活动，需经历填写入会志愿书、选考、宣誓入会、派遣志愿发表、派遣队编成、参加培训班、出发准备、政府派遣、归还提交报告等九个环节，经过锻炼后均具备相当的专业知识和能力，绝非一般的大学生假期社会实践活动那么简单。
     从日本政府于1968年向太平洋贝里琉岛派遣第二批“搜骨团”始，初期的日本“学生慰灵团”即派代表参加，截至2009年已参加244批次“搜骨团”行动。这无疑有着极为深远的考虑——对于这场“与时间赛跑”的“搜骨事业”（JYMA官网语），也许只有一代代青年人的加入，才能最终贯彻到底；而在这一过程中对日本青年进行精神熏陶，更有着难以言说的深意。
     由于可以想见的原因，从海外搜集到的遗骨，除少数经过DNA鉴定被确认身份而交还其亲属，大多数都是经粗略判定属于日本人的无名战殁者。对于这些数量巨大的遗骨如何安置，从一开始日本方面就做了长远设计。1959年3月，日本政府在东京都千代田建成“千鸟渊战殁者墓园”，集中埋葬了此前收集到的87000柱无名阵亡者遗骨，竣工时举行了追悼仪式。1965年3月，在此举行了“全国战殁者追悼会”，并从次年起，每年春季均举行“千鸟渊战殁者墓园拜礼式”，以迎接不断从海外搜集回归的无名阵亡者遗骨。
     可以想见，如果没有预先建立一个这样的全国性无名阵亡者公墓及连续性的接纳遗骨制度，“搜骨安灵”工作只能是一桩带有偶然性和随机性的“新闻事件”或“政绩工程”。