然而，胡适认为汉学家所使用的是“不自觉的（Unconcious）科学方法。”胡适所要求的是“用自觉的科学方法”并“加上许多防弊的法子。”（53）这“自觉的科学方法，”就是他所笃信的实验主义。他说：
    实验主义自然也是一种主义。但实验主义只是一个方法，只是一个研究问题的方法，他的方法是：细心搜求事实，大胆提出假设，再细心求实证。一切主义，一切学理，都只是参考的材料，暗示的材料，特征的假设，绝不是天经地义的信。
    他把“一切主义，一切学理”看成“待证的假设”，这就比囿于经学藩篱的清代学者们远远地前进了。
    胡适说：“假设不大胆，不能有所发明；证据不充足，不能使人信仰”。（55）大胆假设所提倡的怀疑精神，使思想从前人的成说，从各种习惯势力中大大解放出来，去积极进取、追求、探索；小心求证，则要求人们不要相信没有证据的东西，摒弃那些盲目的不正确的东西，使怀疑和假设归于科学。因此，胡适认为“小心求证”比“大胆假设更重要。”
    后来胡适又把这种“科学的方法”所应抱的态度称为“实验室的态度”：“思想和研究都要注重证据。”“无论是在科学上的小困难，或是人生上的大问题，都得要严格的不信任一切没有充分证据的东西：这就是科学的态度，也就是做学问的基本态度。”
    他以自己的《红楼梦考证》诸篇为例，说他“处处想撇开一切先入的成见，处处有一个搜求证据的目的，处处重证据，让证据作向导，引我到相当的结论上去”。他又说“科学的精神在于寻求真理，科学的态度在于撇开成见，搁起感情，只认得事实，只跟着证据走。”“没有证据只可思不可断；证据不够只可假设不可武断；必须等到证实之后方才奉为定论”（58）胡适抱着这种态度考订曹雪芹的生年与卒年，经过七年时间，方才得着证实。这是十分严格，十分认真的治学态度。对于考据学，广义地说对于历史科学，这种态度是必须的。
    胡适还提倡“方法的自觉”，即“自己批评自己，自己检讨自己，发现自己的错误，纠正自己的错误。”他说：“实验室的态度，是天天在那里严格的自己检讨自己，创造证据来检讨自己。”他还把做学问是否有成绩归结为是否养成了“勤、谨、和、缓”的良好习惯：
    第一，勤。……傅斯年先生的两句口号：“上穷碧落下黄泉，动手动脚找东西。”
    第二、谨。……不苟且，不了草，不拆烂污。
    第三、和。是虚心，不武断，不固执成见，不动火气。……动了肝火是非就看不清楚。赫胥黎说：“科学好象教训我们：你最好站在事实面前象个小孩子一样，要愿意抛弃一切先入的成见。要谦虚的跟着事实走，不管它带你到什么危险的境地去。”
    第四、缓。不要着急，不要轻易发表，不要轻易下结论；就是说：“凉凉去吧！搁一搁，歇一歇吧！……悬一两年都可以，……去找新材料。
    胡适还说：“怀疑的态度是值得提倡的，但在证据不充分时肯缓判断（Suspension of judgement）的气度是更值得提倡的。”
    在胡适的概念里，“实验主义”与实用主义是有区别的。他说：“李觏是一个实用主义家，他很光明昭著的提倡乐利主义……因为他注重在功利，故他大胆的提倡霸国与强国。”（61）他又称费经虞与费密父子为实用主义者。其理由是“注重实用是他的学说的特别色彩”。他们主张“修之有益于身，言之有益于人，行之有益于事，仕则有益于国，处则有益于家。”十分清楚，胡适所说的实用主义的核心是“用”；实验主义的重点则在于“验”，即用证据来说明某一学说、结论的是否正确。“步步有智慧的指导，步步有自动的实验。”（62）这样，我们便可以体会为什么胡适称自己的主义为“实验主义”，而不象有些人为之命名的“实用主义”了。胡适处处强调“小心求证”，强调验证自己的假设。长期以来，一些人说胡适主张“有用即是真理”，是不符合他的原意的。
    相反，以讨论古史为例，胡适虽然承认它“很有影响于我国的人心和史学界”，即承认史学的社会价值，却反对在研究上的狭隘的功利主义：“我以为做学问不当先存个狭义的功利观念。”做学问的人“当存一个‘为真理而求真理’的态度。”研究学术史的人当用“为真理而求真理”的标准去批评各家的学术，而不要先存一个‘有用无用’的成见”。（63）这种所谓“纯学者”的态度，也足以证明他是不重视“实用”的。这种态度固然可以使研究人员从狭隘的功利观念中解放出来，但也有可能引导史学研究脱离实际的危险。
    六使“经师”成为思想家，使“校史者”成为史学家后一项，胡适又称之为贯通。他说：
    贯通是把每一部书的内容要旨融会贯串，寻出一个脉络条理，演成一家有头绪，有条理的学说。宋儒注重贯通，汉学家注重校勘训诂。但是宋儒不明校勘训诂之学，故流于空疏，流于臆说。清代的汉学家，最精校勘训诂，但多不肯做贯通的工夫，故流于支离破碎。
    这是很有见地的意见。如何才能达到贯通的境地呢？他提出要有“比较参考”的材料。他以章太炎的研究为例说：
    到章太炎方才于校勘训诂的诸子之外，别出一种有条理系统的诸子学。太炎的原道、原明、明见、原墨、讨孔、原法、齐物、论释，都属于贯通的一类。……今细看这三篇所以能如此精到，正因为太炎精佛学。先有佛家的因明学，心理学，纯哲学作为比较印证的材料，故能融会贯通，从墨翟、庄周、惠施、荀卿的学说里面，寻出一个条理系统。