中医界掀起的全国性抗争活动，引起了全社会的关注，也影响着社会安定与政府威信。刚刚统一全国之南京国民政府，不愿意因为一些无关紧要的事件而引起社会较大的动荡。故当中医界掀起大规模抗争后，出于政府统治稳定的考虑，国民党多数政要对西医界利用中央卫生会议废止中医案之举异常不满。林森在接受请愿书时对请愿代表的一番话，很能说明问题：“这件事荒谬得很，都是卫生部几个西医和褚民谊搅出来的，相信全国人民都会反对，国民政府奠都南京之后，第一件引起全国反对的大案件，就是你们这件事情。昨天四川方面有过一个电报到中央，说四川的经济以国药出产为大宗，要是一旦废止中医药的话，就会失去四川民心，现在中央正在拉拢四川归附。所以这个电报，力量大得很，对你们是绝对有利的。”[17]（pp.86-87）这显然是从维护社会安定、稳固政府统治角度立论的。
    薛笃弼之卫生部长一职，本来就是国民政府为了拉拢冯玉祥而特地让出的职位。据陈存仁披露：“薛氏本非卫生行政人员，对中西医并无偏袒，不料这次中央卫生会议却闹出了这件案子出来。冯玉祥军中的军医，向以中医为主，西医为副，冯玉祥已有电报打给薛部长，措辞严厉，责备薛氏怎会弄出这件事来，薛部长弄得很为难。”又云：“盖全国卫生会议通过废止中医一案，自报章披露后，彼因此而大受各方责难，闻阎锡山、冯玉祥均有电报指责。但其时卫生部下属职员，多为留学国外之医务人员，此辈挟有潜势力。薛部长左右为难，不自然之态度乃隐约流露。”[17]（p.220）处于风口浪尖上的薛笃弼，自知在国民政府中地位的尴尬，急于化解与中医界的冲突，将这场风波尽快平息，故一再公开表示并无废止中医之意。中医代表团23日晨赴卫生部请愿时，薛氏参加国民党三全大会而由胡毓威次长代为接见。胡氏声称：“薛部长对取消中医药认为不能，虽中央卫生会议有是项提议，本部认为不能行于现今之中国，本部每次会议，常有提议，引用中医人才，率因无相当人选，延搁迄今，未能实现。本部正在提倡，使中国医药有进步，何能以一提案，使全国民众所信仰之中医药取消耶。”[40]他还表示：“国家行政，乃为大多数平民谋幸福，西医不过大都会中少数资产阶级之疗治者，部中决不偏于一面，为少数人谋幸福也。”[39]
    次日，薛笃弼宴请请愿代表时当面表态：“本部长对于行政方针，以中国各情为左右，对于中西医并无歧视，并深信中医之限制，非政治势力所能收效，当本良心主张，对于中西医学，断不有所能偏袒。”“其能表示各节，与胡次长所言一致，代表等认为异常满意，遂要求立于批复。部长答称，向来办公事必躬亲，近因出席三全大会，日夜不得督。总之余本良心，言行一致，五日后，当将批示送达上海，并殷殷劝吾等速回沪上，免耗光阴。”[39]他还保证：“我当一天部长，决不容许这个提案获得实行。”[17]（p.89）与此同时，“社会方面，对于吾侪，极为优遇，慰劳者奖勉者踵趾接途，首都医药两界，宴无虚夕，而京中各报，更日以吾侪之言行，视为重要新闻，并加以同情之批评。”[40]可见首都各界为请愿代表所造声势之大。中医请愿代表在得到了国民政府的满意答复后，尤其是得到了卫生当局的保证后，便离开南京回到上海。不久，请愿团收到国民政府文官处批示：“撤消一切禁锢中医法令。”
    这次中医请愿活动之成功，除了中医界团结力争并造成浩大声势外，显然与国民政府政治派系间的矛盾有一定关联。以谭延闿、于右任、林森、陈果夫等人为代表的国民政府元老派，不仅对汪精卫、褚民谊一派反感，而且对冯玉祥、薛笃弼等地方实力派同样反感。中医界利用其矛盾，依靠政府之元老派力量而攻击主张废止中医之汪派、冯派，从而使冯派控制之卫生部屈服。故中西医间的矛盾与论争，不仅从学理层面扩展到文化层面，进而扩展到社会层面，甚至还扩展到政治层面。不仅中西医争论逐渐意识形态化，而且中西医争论开始卷入了政府各政治派系间的矛盾及政治漩涡中。如果说这次中医存废之争开了医药界“依傍”政治势力互相攻讦之先河的话，那么此后中西医之间的争斗，都具有较为浓厚的政治化色彩，暗含着政治派别互相争斗的内涵。如此一来，中西医间之论争，更难为冷静客观之纯粹学理讨论。
    中医界之抗争及请愿活动，迫使中央卫生会议通过的“废止中医案”取消，中医药重新获得了生存机会和空间。从表面上看，这似乎是中医界取得了重大胜利。但实际上，中医之生存危机并没有消除。不仅西医界及政府轻视、歧视、排斥、打击中医的政策并未根本改变，政府及西医界对中医的打压之势亦未根本减弱，而且中医界谋求10多年的将中医学校纳入学校课程体系的努力并未能实现。中医请愿代表返回上海仅仅一个月，国民政府教育部便发出布告，通令中医学校一律改称传习所。不久，为西医把持的卫生部亦通令将中医医院改为医室，并禁止中医参用西法西药。教育部布告云：“各国通例，医士之培养年限较长，必须毕业于大学或专科，并在医院经过相当时期之实习者始准开业。查现有之中医学校其讲授与实验，既不以科学为基础，学习者之资格与程度，亦未定有标准，自未便沿用学制系统内之名称，应一律改称中医传习所，宜符名实。此项传习所不在学制系统之内，即无庸呈报教育行政机关立案。”[41]故又引发了1929年12月的第二次抗争风潮。中医代表再次赴京请愿。随后，中医药界集会、抗议、请愿、游行、罢市、绝食，为中医药之生存延续而斗争的风潮，延绵不绝。
    余岩为代表的西医废止旧医之最重要理由，乃为中医不合近代科学。在科学主义高扬的时代洪流中，只要中医理论在科学上没有根据，中医理论不能以科学来解释，也就无法得到科学的承认。得不到科学承认的中医，其存在的合理性、合法性便会受到怀疑，中医的生存危机便难以得到根本消除。故此，在围绕中医存废之论争中，中医不合科学之特性已被充分揭示出来，政府及西医界以中医需要改良、中医需要科学化为由，向中医界施加强大压力，迫使中医向科学化迈进。褚民谊指出：“兄弟虽不主张废止，但是绝对主张非改进不可。固然中医学术不是全无价值的，但是阴阳五行六气等玄虚的空谈，实在有加以改革的必要。”他反复强调：中医存废之争是“科学与非科学之争，进化与不进化之辨”。“兄弟的意思，是要将旧医改革，促其进化，以求其能科学化，并无主张根本废止之意。”[42]（p.123）