在西医界看来，政府设卫生专部，“对外必须谋国际地位平等，对内逐渐整理而谋科学化”。在此方针下通过的议案，“此次中央卫生会议关于医师登记，对中医纯取宽容，而对所谓西医者，转寓严格之意”[6]。况且将中医登记年限延长到民国十九年，对中医颇有“宽大之意”，而中医界不体谅此种宽大，“乃朝出一电，夕发一函，召集同业，意图反抗”，不仅是一种“怪现象”，而且也是“藐视中央”之举。[33]胡定安指责中医界云：“彼中医药团体仍持固见，而强欲西医为派别相争，完全各趋极端，不在科学立场上谋解决。苟如此，则使中央施政因而不能贯彻，中国医药一日不进步，即中国医药在国际上一日无地位。”[6]故坚决主张废止“不进步”之中医。
    汪企张亦认为，废止中医办法“面面周到”、“仁至义尽”。他质问中医界：“你们所办的学校，因为不合现代国家教育原则，不能加入系统，所以各自超然独立，我行我素了，现在关于政治方面，又因不遂自己主张，也想超越国家卫生行政范围组织特别部落，各行其是，那末你们到底是不是中国人，是不是现在国民政府隶下的国民，还是仍做三皇时代之人，不染凡俗，照这般跋扈行为颇不像统一国家、法治国的民众。”正是在此立场上，他将中西医对立起来，断言：“现在旧医的争执，完全是新中国和旧习俗的冲突，两者原则上有不能并立之势，早晚间必有这样的一日。”他建议政府“以不挠不屈态度，至少须收拾旧医使受规定的行政范围拘束，不教流为化外之民，妨碍统一阻挠新政，那末卫生行政前途，自然逐渐的向上。”[34]
    由此可见，中西医界围绕中医存废问题展开之论争，互相攻讦讥讽，互相指责警训，充满了火药味，并上升到政治意识形态的层面。双方之争论早已不是纯粹学理讨论，而是为生存权展开之殊死搏斗。
    四
    由于废止中医案是南京国民政府卫生部主持召开的中央卫生会议讨论通过的，故中医界奋起抗争后，除了将矛头直接对准西医界并发生激烈论争外，自然也将抗议矛头指向了卫生部。面对强大的舆论压力，卫生当局采取了息事宁人之法，以便平息纷争。
    当中医界闻听中央议决废止中医中药后，平津中医界召集大会，推举代表，向社会各界呼吁并向政府方面请愿。卫生当局连忙解释：“此事实属误会，中央绝无即时禁止中医中药之意，只有令各省市卫生机关，此后对中医悬牌，应予以考试，考试合格后，始准营业，以免庸医滥竽，误人性命。”[35]地方当局面对社会各界压力不敢明白承认废止中医，为各方指责的国民政府卫生部更是百般辩解。卫生部长薛笃弼对报界发表谈话云：“余极力提倡中医，现拟定医师法，将呈行政院转请国府核准颁布。外间误传废止中医说，遂引起医药界之误会，决非事实。”[36]
    卫生部复电上海全国商联会亦解释云：“查中医一项，本部力主提倡，惟中医拟设法改进，以期其科学化。中央卫生委员会议决案，并无废除中医中药之说。”但对于卫生部这个答复，商联会并不满意：“卫生会议既无废除中医药之决议，何如该会让秘书处有决议案在沪报发表？殊不可能，即就限期登记论，苟不列于学校系统表，不予中医药学校立案，不准中医药业办报，不准登中医药广告，则中医药业不几时而灭亡绝种矣。提倡之谓何？国脉所关，民命所系，似不能轻举从事。中央卫生会议既无中医药参加，该议决案效力，似不能及于中医药！”[37]民间商会对政府当局以如此强硬的口吻回电，令卫生部当局颇为尴尬，但亦无可奈何。
    3月20日，中医请愿团从上海赴南京。21日到达南京后，请愿团向国民党三全大会、中央党部、行政院等处请愿。请愿书简明扼要地阐述了不能废止中医之理由：1.中医有治疗实效：“窃中国医药，确有优良治效，徒以理论不合科学，致不得世界学者之信仰。此固医药之起源，先由经验得其治效，后以理想补其解释，不克偏于哲理，治效确是实际也。”2.废止中医等于禁绝国粹学术：“夫禁绝中医药之学业，其罪犹小，禁绝本国学术之发扬，其罪实大。”3.废止中医将影响社会稳定：“且全国中医之数，十百倍于西医，内地竟有数百里而不见西医西药者，一旦悉废中医，患病者势必坐以待毙。”其请愿具体要求为：“明令撤回余岩等禁锢中国医药学之决议案，一面令行教育行政机关将各地私立中医学校督促指导，择其办理较完善者，准予其立案，加入学校系统。”[38]
    当时，国民政府内部对中医存废问题意见并不统一。以汪精卫、褚民谊为代表的部分政要主张废止中医，而谭延闿、于右任、林森、陈果夫、焦易堂等政要则主张保存中医，并对褚民谊之举非常反感。而作为冯玉祥心腹的卫生部长薛笃弼，对中医存废并无定见。故中医请愿代表采取了相应策略：争取得到主张保存中医之国民党元老的支持，将工作重心放在国民政府五院院长和中央党部方面，而对卫生部则暂不理会。这一招果然奏效。行政院院长谭延闿表示：“中医决不能废止，我做一天行政院院长，非但不废止，还要加以提倡。”[17]（p.86）另据请愿团报告：“谭氏态度极为恳切，表示政府行政，断不违背民众之需要，中卫会议决案，断无实行之可能。即以湖南而论，除大都市略有西医足迹外，其他各县，非但西医绝迹，即中医亦极缺乏，中卫会议案如果实行，病者将坐以待毙，且药材农工商人全体失业，影响国计民生，不堪设想。中医中药，并应改进提倡，择其精当之处，可补世界医药之不足。”接着，请愿代表拜访了张静江和李石曾，“二氏对于中医极表好感，谓中卫会之议决案，殊属违背中国之情，自愿极力援助。”[39]随后，请愿代表又拜访了于右任、林森、戴季陶、陈果夫等国民党要员。这些要员均对中医有好感，对属于汪精卫一派的褚民谊倡议废止中医举动颇为反感。于右任云：“我一生都看中医吃中药，在我们陕西，全省只有一间教会办的西医院，一共只有三个西医生，绝大多数老百姓有病都是靠中医治理的。所以，中医对国人的健康保障有很大的贡献，现在西医褚民谊等当政，想把中医消灭，这等于洋教徒想消灭全国和尚道士一样，那怎么可以呢？”[17]（p.119）