如果说1920年余云岫与杜亚泉的争论还局限于学理层面的话，那么10年之后发生的“废止中医案”之争，则远远超出了学理层面，演变成一种中医为谋求自身生存而进行的抗争。中西医界由对峙、冲突，进而演化为水火不容之暴烈对抗，与1925年中医界谋求将中医纳入学校体制因受西医界抵制而流产有关。1913年1月，教育部公布《大学规程》，其中医学、药学两门，医科大学按照西方医学科目设置，中医没有被纳入近代教育体制。1914年初，中医界纠合各地同业组成“医药救亡请愿团”向北京政府请愿，希望保存中医中药，但遭到了北京政府的拒绝。此后，中医界一直将中医纳入学校体制作为努力的目标之一。1925年，中国教育界先后在长沙、太原召开会议，通过了相关议案，决定将中医纳入学校体制中。此事报请教育部批准时，以余岩为代表的西医界上书教育部，坚决抵制。教育部以此为借口，断然拒绝了中医进入大学学系的要求。
    中医界多年努力功亏一篑，自然将失败原因归罪于西医界之从中作梗上。此后中西医界之关系迅速恶化，两大阵营间水火之势渐成。西医界称中医为旧医，称自己是新医，将中西医之争视为是“新旧之争”、先进与落后之争；而中医界称自己为国医，称西医为西医，将中西医之争视为“中西之争”。中医界对西医的攻击难以冷静与客观，而西医界的激进人士对中医界的批评更近乎苛刻。双方讥讽之言与谩骂之辞日趋激烈。故1925年以后，中西医界的争论，逐渐由学理讨论泛化为意识形态争论。在西医界看来，中医不管是其理论还是其实践，均不能成为科学研究的对象，而是科学的对立面。中医被等同于迷信与巫术，行医者是“依神道而敛财之辈”。中医成了阻碍进步、阻碍改革的罪魁祸首。而中医界对于西医界的反击之声也不绝于耳。双方难以忍受指责，难以平等、公正、冷静地研讨学理。在中医界看来，中医理论上尽管有缺失，但却有治疗的实效，并非如西医指责的那样落后迷信。而在西医界看来，中医已经固步自封、不可救药，必须加以废止。在科学主义高扬的思想背景下，难以为近代科学所证明的中医，同样难以在科学上找到依据，因而也就不具备合法性。学理上不具有科学性，自然在现实中就缺乏生存合法性。于是乎废止中医，便成为合乎逻辑、合乎时代潮流之事。
    1928年，陆渊雷在中医界刊物《医界春秋》上发表《西医界之奴隶派》，对西医进行猛烈抨击。陆氏此举表明中西医之间已经不仅仅是学理上的分歧。他将主张废除中医者称为“奴隶派的西医”而加以讥讽：“西医界中别有肺肠的只那几个奴隶派罢了。所以不佞主张医学本身原不分什么中西，医界人物都要淘汰一下。中医界死守五行运气、滥充教授、贻误青年的人物和西医界的奴隶派一律应当在淘汰之列。”[3]于当时中医界攻击西医的情景，余氏描述说：“近阅旧医诸报，其攻击新医之点，乃不在学术上之论难，而及个人之行为与夫社会之陋习，深可叹息。”他指责中医界这种攻击乃“小人之伎俩也，政客之策略也，非光明正大之学术革命家举动也”。[2]
    正是在中西医交恶的背景下，以余岩、汪企张等为代表的西医界激进人士，倡言“医学革命”，以近代科学、进化论为思想武器，对中医理论进行了猛烈抨击。余岩在《灵素商兑》中，以西医理论和自然科学为标准，来验证中医《内经》，批判中医理论之空疏。其云：“彼旧医之所述，骨度、脉度、筋度、内景，皆模糊影响，似是而非，质以实物，闭口夺气，无余地可以置辩也。称道阴阳，陈述五行，与祝卜星相鼓巫为伍，故古多以巫医并称。”他将中医与祝卜星相鼓巫同视为封建迷信，乃为偏颇之辞。对于撰著该书之目的，余氏自称：“故著《灵素商兑》，以痛诋阴阳五行、十二经脉、五脏六腑之妄，从实地上指摘谬误，以忠告国人，是学士大夫，拥皋比，坐堂皇，号称教育指导之辈，得恍然于歧黄学说之非是，不至妄引曲护，以误后学。而有志学医者，得恍然知歧黄学说，乃自欺欺人之事，绝无学术上之价值。”[4]
    正是以科学为根据，余氏对中医理论作了解构性批评：“吾之所破坏者，阴阳也，五行也，十二经脉也，五脏六腑也（说皆见《灵素商兑》），气运也（说见《与恽铁樵书》），六气也（说见《六气论》）、脉学也（说见《与中医学会论脉书》），皆从实地上摘其谬误，一言一语，不敢苟造，皆根本自然科学之大法，铁案如山。”[4]因此余氏认为中医理论毫无价值，必须立即废止，他得出了这样极端的结论：“阴阳五行，伪说也。寸口诊脉，伪法也。十二经脉，五脏六腑，伪学也。”[5]
    尽管余岩力图将对中医的批评保持在“学理”层面，但在中西医界交恶的氛围中，实际难以真正做到。姑且不论其断言中医“无一顾之价值”，将中医理论尽视为“伪说”、“伪法”、“伪学”是偏颇的，其论辩中自身不自觉地也染上了“意气之争”，他指责恽铁樵、王一仁等中医人士研究中医经典之举为“坐井观天，不度德、不量力”，[4]显然带有谩骂口吻，并非客观的学理讨论。
    西医界尽管在废除中医问题上是一致的，但在废止急缓上略有差异。余岩、汪企张等人认为，中西医学无沟通之可能，故必须扶植西医、废止中医，而不能寄望于中医界自身之革新，更不能期望中医自行走上科学化道路。胡定安云：“中西医绝对不能沟通，而中西药确有沟通之事实矣。”[6]在褚民谊等人看来，尽管中医应当废止，但考虑到“吾国一般社会积习相沿，改革不易，仍多崇拜旧医，怀疑新医”，故在实践上不能立即废止中医，而应促使中医谋求改良与科学化。其云：“夫旧医等是医耳，特其学理晦涩，治疗无方，趋尚玄虚，不求实际，故新旧之间，相形见绌。”[7]（p.152）故应当设中医研究所，引导中医步入科学化轨道。