既然西医依靠政治势力废止中医，那么中医界也针锋相对，特别注重运用政治势力。上海特别市中医协会、上海特别市商民协会等通电云：“彼既借政治势力为压迫，我当秉民权主义以反抗，力促全国各界彻底觉悟，国医国药灭亡之可忧，外人经济侵略之可惊，一般卖国西医阴谋之危险。”[27]全国医药界团体代表大会口号中，赫然有“拥护中国国民党”，“拥护国民政府”，“打倒余汪提案，就是打倒帝国主义”等政治性口号。
    废止中医，不仅仅使中医遭受灭顶之灾，而且与中医密切关联的中药界也同样面临“饭碗问题”。他们意识到，一旦废止中医，“则功在人群之国医，一旦灭亡，利溥全国之国药，永久废弃，从此泰西医为救命主，为西医作推销员，此中利害得失，不辨自明。”故在反对“废止中医案”的抗争中，中药界与中医界始终统一行动、团结合作。而中医所以不能废止的最有说服力的理由，即为废止中医将意味着中医药界数百万从业者生计面临危机，影响到社会稳定及正常经济秩序。上海药业职工会告全国药业工友书，对此作了较为详细的申明：“今中央卫生部在卫生会议席上，竟将取缔中医药的提案，悍然提出，如果一旦成为事实，则中医药界既告绝迹，而我数百万药业工友之生计，将何以堪？”故该团体号召药业工友，“为保持数千年遗传的国粹着想，为民众的生命安危着想，为我们的生计着想，我们应该一致地起来，竭力反抗”，并表示“敢率领全沪数千药业的工友，愿作保持国粹而争生存的先锋，誓死反对中央卫生部取缔中医药的提案。”[28]
    废止中医药，涉及了全国各地数百万中医药从业人员的生计问题。中药材之销售额，每年数以亿元计，在经济生活中占有重要地位。中医若废，全国中医药从业人员包括中医师、药商、药工、药农便失去生计，政府也失去大笔利税收入。同时，由于国产西药无法满足需要，只能大量依赖进口，增加贸易逆差，给中国经济带来沉重负担。中医药界对此有着清醒认识，他们在抗争中提出“提倡中药以防经济侵略”，并非没有根据。对此，全国商联会及中华国货维持会之通电颇有代表性。冯少山领衔的商联会通电云：“以民生论，全国中医人数几何，全国中药产销几何，全国中药行店职工数量几何，全国中药税厘捐务数量几何，其附带于中医中药者，以衣以食者，其数量几何，一旦悉行废除，流离失所，何止数千万？经济窘迫，何止数万万？即此二端，足以亡国而有余，遑论其他？”故“为中华民族性之学术计，为中华本有之药物计，为中华之民生计，中医中药均不应废弃。”[29]中华国货维持会致电国民政府亦云：“况我国产药之区，各省均有，每年为数匪细，不独全国人民依此为生者何止千万，即全国人民之疾病，亦赖以救治。且现时豫陕甘灾象极重，无非失于耕种所及，目下补救为难，今若再将中医取缔，中国药材，势必减少出品，恐全国人民之经济，更形困乏，生计更绝，关于国家安危，至为重大。”[30]也正是从禁绝中药后便于西药输入，势必加剧帝国主义“经济侵略”的角度，中医界斥责主张废止中医之西医，是“以遂其推销西药之阴谋，倒行逆施，甘为帝国主义者张目”，也正是在这个意义上，中医界断言中医存废“事关国计民生，不仅中医局部问题”[31]，号召全国同胞应群起力争。也正是在这个意义上，中医界明确打出了这样的旗帜：“提倡中医，以防文化侵略；提倡中药，以防经济侵略”；公开宣告提倡中医中药之目的是：“促进健康，强种强国，维护民权；职业自由，扫除障碍，张吾民权；发挥天产，推销中药，富裕民生。”[32]这些“关乎国计民生”之通电及标语，对政府及社会各界均产生相当强烈之影响。
    中医界对废止中医案所进行的规模宏大的抗争，同样“刺激了上海的西医界的反感”。西医界激烈主张废止中医之代表人物余岩、汪企张、胡定安等，纷纷在各大报刊上发表废止中医之言论，回应中医界的批评。此时中西医界围绕中医存废之论战，已经超出了正常的学理讨论范围，对中医界而言，已成为为捍卫生存权而进行的抗争。
    3月17日，《申报》刊登余岩的《异哉，旧医之举动》，率先对中医界的抗争进行反驳。他重申了废止中医之理由，断言“阴阳五行六气十二经脉，有百非而无一是也；寸口分部候诊，以寸关尺分配藏府，有百非而无一是也。妄中西之界，掩盖落后之迹，簧鼓虚诳，排斥真理，有百非而无一是也。”他指责中医理论为“不识天文，不明地理，不知气象，略识之无”，将中医界的抗争视为“逞一朝急气之忿，而忘邦国之大计者也”。在他看来，中医界团结起来进行抗争是“以欺惑愚蒙，阻遏进步”，“是不许医药之科学化也，是不许政府有卫生行政也，是不许中国医事卫生之国际化也，是坐视文化侵略而不一起谋所以振刷也”[11]惜辞异常严厉，颇有短兵相接之势。
    随后，余岩两次致函《时事新报》，对3月14日、18日两篇社评提出反驳，进一步阐述了其废止中医的观点。他认为，中医界的抗争言论多为意气之谈：“近日旧医之所登报谩骂，振振辩论者，率皆意气之谈，其持之有故，言之成理者，殊难见也。”在他看来，中医界及舆论界的谈论中医存废问题，均没有注意到中医存废之根本原则问题。他解释云：“原则者何？学术之根本问题也，世界之潮流问题也。二者为解决新旧医纷争之先决问题。学术之真妄是非明，存废即不成问题。世界医学之所以着着深入者何在？彼所合以谋我者何在？我之应急起振作者何在？操何术？由何道始可以争衡世界？以自立于不败之地？此问题解决，而人事之或主缓办，或主急办，或主不办，始有端绪可循矣。”[10]