但以陈存仁、张赞臣为代表之上海中医界青年一代，则决定起而抗争。对于当时情景，陈存仁回忆说：“我认为老一代的中医，由于习惯关系，都是安分守己以不问他事为主旨，所以要他们出面领导反抗，是不可能的事，但是老中医对各方面的社会关系很大，一定要借重他们的声望与地位，作为号召；做实际工作，是要我们年轻一代来做的。”[17]（p.74）正是基于此种策略，陈、张约请上海中医界前辈丁仲英、谢利恒等人牵头，领导这次抗争。陈氏主编《健康报》及张氏办《医界春秋》，有全国各中医团体的联络地址，由陈存仁起草原稿，经中医界代表审议后，用“快邮代电”方式，发向全国各地。短短数日，南京、苏州、杭州均回复表示“决计参加”。
    上海市中医协会首先发起召开上海医药团体联席会议，邀集神州医药总会、中华医药联合会、《医界春秋》社等40余个中医药团体代表在六马路仁济堂举行大会，商讨对策。这天，上海中医界1000多人停诊，药店老板及职工也有数百人参加。会上讨论决定，组织上海医药团体联合会以统一行动，议决3月17日召开全国医药团体代表大会。
    3月6日，西医界主张废止中医的代表人物汪企张在《时事新报》发表文章称：“前几日中央卫生委员会，听说决议案中有两条议案，卫生部不日公布施行。第一条是全国旧医的登记，以民国十九年为限，以后任你抱有多大的旧医学术，什么旧医学校学院出身，一概不能登记行医；第二条是禁止旧医学校学院等教育机关，从今以后不得再借此名目，贻误青年子弟。照此看来，旧医的命运只有明年一年了。……所以奉劝误入歧途的青年子弟及早回头，免得后悔。”[18]这篇文章既证实了“废止中医”的传言，又深深刺激了痛感生存厄运到来之中医界，使其加快了抗争的进度。
    中医界的抗议举动得到了上海各大报馆的同情。从3月初开始，中医界开始在上海《新闻报》、《申报》、《时事新报》上发表在上海召开全国医药团体大会的通告、通电。这些报社也陆续发表社评，跟踪报道中医界抗议集会动向，并给予舆论支持。3月9日，《新闻报》率先发表社评，明确表明该报对“废止中医案”态度：“中医之说，过于玄妙，不合科学方法，这是大家所承认的，但是中医的奇效，也确乎有的，凡事既有效验，其中必有一种实用，也必有一种原理。所以我们在这时候，应该说以科学的眼光和科学的方法，去整理中医学，而不能骤然使之废止。”[19]
    接着，《时事新报》于3月14日、18日，接连发表两篇社评。该报社评敏锐地看到，中医存废问题“已成社会之问题，已足引起全社会之注意”，作为中立于中西医界外之舆论界，不能不“本第三者之立场与客观之眼光”，对此问题表示意见。“中国医学在历史上之地位及其成绩性质，皆根本与卜筮有别。”既然中医本身价值不能一概抹杀，故其劝告政府曰：“政府对于旧医之学术方面，非仅不应禁止其设立学校，且应充分提倡若干有志于斯者之研究，将其研究所得以公诸医学界之讨论，如其无一可取，自然受天演之淘汰，焉用禁止？”面对中西医界之剧烈冲突，该社评劝告西医界“首应除其虚骄之气，次当虚心考察各派学说，不仅在理论上得着自己学说不磨之证明，尤须在实事上得到自己学说不移之证据，故未曾研究而先叫嚣，以为可以夺人之气，固可怪笑。即研究已得结果，亦应俟对方有从容答辩之余地，且既身隶同一国籍，对于故国旧物，不能因已得异术即漫为鄙视，何况互助启发，为职业上应有之道德。”[20]该社评尽管比较客观公允，但其同情中医界、不赞同西医界废止中医之态度是明显的。
    有了舆论界之支持和响应，中医界举行的各种抗议集会及反对废止中医案的文电接连在各大报刊上发表，形成了声势浩大之舆论攻势。3月17日、18日，《新闻报》、《申报》应中医界之请，先后为正在召开的全国医药团体大会出版《提倡中医中药运动特刊》，造成规模空前的舆论攻势。中医界喊出了诸如“提倡中医就是救国主义”，“中医中药团结起来，一致抵制经济侵略”等口号，引起了社会各界的关注。在这场中医存废论争中，中医界得到舆论界之声援，声势远远压倒了西医界：“各报不断发表来自各方面的文稿，其中十分之七都是指责西医和租界上的医院，怎样的腐败！怎样的以人命为儿戏！希望西医对医术方面要改善，其他零零星星的文字，都是说西医看不好的病，竟被中医看好的事实。所以在声势上，中医比较占上风”。[17]（p.77）
    不仅如此，中医界的抗争举动，还得到了上海其他社会团体的支持和声援，“从前上海有许多社会团体，如总商会、商联会、中华国货维持会、各地旅沪同乡会，每逢社会上发生什么重大事件，他们都要发表通电表示意见，此次废止中医问题，他们激于义愤，都有通电发表，是一致拥护中医中药的。”[17]（p.77）其中，商联会及国货会的通电，对卫生部及中央卫生会议的抨击尤为猛烈，并力促其收回成命。