实际上，中医在理论上必须废止是一回事，而在实施中能否废止又是一回事。余岩亦意识到，废止中医并非易事，“不能迅速扫荡”。其云：“然旧医问题，不如伪《尚书》、伪《易图》之简单，不能迅速扫荡。推其故有两大原因：其一为皮相问题，其二为饭碗问题。”何谓皮相问题？“曰世人见旧医传习之广，就医之众，史册所载，口碑所传，亦往往有愈病之成绩，遂不思病之何以愈，及旧医对于病之根本智识者何。其所挟之治病者，据何理，操何术，茫然不加审察，漫然以为旧医学说未可令废，而怀疑吾辈破坏之苦心。”[8]认为这个问题解决之法，就是揭露中医之虚妄，说明中医之所以愈病者，与其学理方术毫无关涉。在他看来，中医之所以愈病者，其故有四：一是贪天之功；二是利用人类本能所发明之事实；三是精神上之慰藉；四是传语之过量。经这样的解释，社会民众“深知旧医说之不可信”，皮相问题即可“摧枯振落，迎刃而解”。[4]
    在余氏看来，废止中医的最大障碍，乃中医“饭碗问题”。因为废止中医就意味着打破其“饭碗”，危及其生计，因而必然引起其激烈的抗争。他批评道：“饭碗问题，则牢不可破，必尽力支撑，尽力抗拒，尽力破坏余医学革命之计划，尽力阻挠余医学革命之进行。不顾是非，不论曲直，不察国计民生之幸福，不计教育内政之前途，凡有可以保持其饭碗，延长其势力者，无计不施，无孔不入，真莫大之障碍也。”余氏看到，“饭碗问题，则只有个人之利害，无是非可言，无诚伪可说，无真理可喻，无学问可讲。其眼孔所注，心思所萦，曰利害而已。”故该问题是阻止“医学革命”之最大障碍。解决之道，“必须维持其饭碗，继续其血食，或改造其职业，然后有所归而不为厉矣。”[4]
    尽管余氏认识到废止中医必然引起中医界为“饭碗问题”而殊死抗争，他自己也没有为中医之生存预留一条活路，但本着“医学革命”之信念，为了“民族民生”之发达，他坚持认为中西医界绝无调解可能，必须雷厉风行地废止中医：“到了今日，新旧两医，恶战剧斗到许久了。这个事体非常重大，是民族民生的根本问题，不单单是新医旧医的饭碗问题。”[9]还表示：“要知我人今日所闳闳辩论者，乃党国之大事，社会之问题，公论不可让步，私交不妨融和，宜有别也。”[10]将中医存废视为关系国家社会的大事。
    在余岩等人看来，中医不合乎科学，早该废止了。之所以迟迟未能废止，是由于没有贤明政府。一旦有了贤明政府，那么中医之末日便会到来。其云：“夫旧医之宜废也久矣。所以延宕至今者，国无贤明之政府故也。”[11]果不其然，国民政府奠都南京后，西医界人士得到当局的支持，废止中医之举愈演愈烈。1928年全国教育会议上，汪企张首次提出废止中医案，未获通过。但在翌年2月卫生部召集的中央卫生会议上，余岩等人再次提出废止中医案并获通过。“废止中医”从理论上之主张，终于变成了付诸实施之措施了。
    二
    1929年2月23日至26日，南京国民政府卫生部召开第一届中央卫生委员会。会议由西医出身的卫生部次长刘瑞恒主持，参加者有中央执行委员褚民谊、中华民国医药学会上海分会会长余岩、上海中央大学医学院院长颜福庆、南京卫生局局长胡定安等14人，均为西医界代表，且多主张废止中医。围绕着“废止中医”问题，余岩、褚民谊等人先后提出了四项相关议案：即余岩提出《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》（中字第14号）、《统一医士登录办法》（生字第22号）、《制定中医登记年限》（生字第36号）、《拟请规定限制中医生及中药材之办法案》（生字第42号）。这四项提案因内容相似，故合并为《规定旧医登记案原则》。这四项议案的内容，基本上包含在余岩的《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》中。
    余岩这个提案，被公认为“废止中医”之纲领性文字。余氏对废止中医之理由、原则及具体办法作了明确的说明和规定。他认为，“今日之卫生行政，乃纯粹以科学新医为基础，而加以近代政治之意义者也。”中医在卫生行政上毫无地位，应当立即废止。其举出四条废止中医的理由：“今旧医所用者，阴阳五行六气藏府经脉，皆凭空结撰，全非事实，此宜废止一也。其临证独持桡动脉，妄分一部分之血管，为寸关尺三部，以支配藏府，穿凿附会，自欺欺人，其源出于纬侯之学，与天文分野，同属无稽，此宜废止二也。根本不明，诊断无法，举凡调查死因，勘定病类，预防疫疠，无一能胜其任，强种优生之道，更无闻焉；是其对于民族民生之根本大计，完全不能为行政上之利用，此宜废止三也。人类文化之演进，以绝地天通为最大关键；考之历史，彰彰可按；所谓绝地天通者，抗天德而崇人事，黜虚玄而尚实际也；政府方以破除迷信，废毁偶像，以谋民众思想之科学化，而旧医仍日持其巫祝谶纬之道以惑民众，政府方以清洁消毒训导社会，是人知微虫细菌为疾病之源，而旧医仍日持其冬伤于寒，春必病温，夏伤于暑，秋必疴疟等说，以教病家，提倡地天通，阻碍科学化，此宜废止四也。”这四条理由，将西医界废止中医之各种意见尽纳其中。正因如此，余氏之结论为：“旧医一日不除，民众思想一日不变，新医事业一日不向上，卫生行政一日不能进展。”[12]（pp.267-268）