很显然，上海方面这时对“镇反”主旨的理解，与北京方面仍不十分一致。中共中央所以要发动“镇反”运动，根本上并不在“反特”。毛泽东很清楚，打击特务的现行活动，完全用不着在全国范围内搞如此规模的群众运动。他的目的，是要乘朝鲜战争这一“千载难逢”的机会，彻底清除各种可能会便利国民党复辟的旧的社会基础。因此，“镇反”不仅不是要抢救“失足者”，恰恰相反，它是要通过广泛的群众动员，挖出一切有过反对共产党，以及压迫共产党所依靠的社会群体的人的历史旧账，对那些可能会对新政权造成危害者，坚决予以“严厉镇压”。通过这样一种方法，不仅最大限度地消除隐患，而且要造成一种强大的高压态势，使任何有过历史污点者，或可能对新政权心存不满的分子，从此在心理上成过街老鼠，不敢轻举妄动。
    正是因为对“镇反”运动的主旨理解上没有到位，上海就“镇反”所做的种种部署一直未能达到毛泽东的要求。对此，毛泽东一度再三督促。
    中共中央1950年10月10日发出开展“镇反”运动的指示后，上海接连3个月几乎没有动作。1月份开始宣传动员，但却首先搞坦白登记，在杀人方面依旧顾虑于上海民主人士和资产阶级多，全国影响大，不敢大刀阔斧。为了使上海了解中央的方针，并给全国城市带好头，毛泽东1月下旬明确提出：“在上海这样的大城市，在今年一年内，恐怕需要处决一二千人，才能解决问题。在春季处决三五百人，压低敌焰，伸张民气，是很必要的。”（注：毛泽东：《关于镇反部署给上海市委的电报》（1951年1月21日），《建国以来毛泽东文稿》第二册，第47页。）接到毛泽东的指示之后，华东军政会也做出决定，强调：“华东地区过去为帝国主义国民党特务活动的中心，目前又处国防前线，因此抓住抗美援朝与土地改革的时机，在华东全境有计划地消灭人民痛恨的罪大恶极的匪首、惯匪、恶霸与真正有证据的重要匪首及会门头子，是完全必要的。”（注：《华东局关于镇压反革命的补充指示》（1951年2月7日），转见《建国以来毛泽东文稿》第二册，第117-118页。）但是，直到3月中旬，上海在杀人问题上还是雷声大雨点小。（注：其1月只公开处决两批14人，2月公开处决增至6批，但仅34人，3月底以前只公开处决一批5人。）
    鉴于各地，特别是大城市对于处决人犯的谨慎态度，2月21日，经中共中央提议和批准，政务院和最高人民法院联合颁布了《中华人民共和国惩治反革命条例》，对“反革命罪”做了明确的解释，并规定了处刑的标准。按其规定，凡有勾结帝国主义；策动、勾引、收买公职人员及武装部队或民兵叛变；持械聚众叛乱；参加特务或间谍组织；以反革命为目的组织或利用封建会门；抢劫、破坏公私财产和公共设施；投毒杀人；伪造公文证件；煽动群众对抗政府和挑拨团结，制造散布谣言，以及偷越国境、劫狱越狱、窝藏包庇反革命罪犯等行为和意图者，均可定为“反革命罪”。首要分子或情节严重者，均可判处死刑或无期徒刑。（注：《中华人民共和国惩治反革命条例》，《人民日报》1951年2月22日一版。）
    比较《条例》与上海1949年底提出的《处刑标准》草案，不难看出两者思路基本之不同。《条例》的提出，就是要在这一特殊形势下，给各地执法司法机关开一杀戒。毛泽东据此再度发出指示，批评包括上海在内的各大城市，均“还未认真地严厉地大规模地实行”“镇反”工作。他特别叮嘱：“从现在起应当开始这样做，不能再迟了。”像上海这些大城市，“是反革命组织的主要巢穴，必须有计划地布置侦察和逮捕，在几个月内，大杀几批罪大有据的反革命分子。”（注：毛泽东：《中央转发北京市委镇反计划的批语》（1951年2月25日），《建国以来毛泽东文稿》第二册，第139页。）随后，眼见北京、天津、重庆三大城市已开始动作，上海等城市仍未见积极响应，毛泽东又一次点了上海、南京等城市的名字。他专门批转了天津市的捕杀计划，要求上海、南京等城市要像天津一样，弄出一个具体的捕杀计划。他在电报中再度写道：“大城市是反革命分子及其领导机关潜藏的最主要的巢穴，必须用很大的力量去对付，必须认真研究，周密布置，大杀几批，才能初步地解决问题。”“天津准备于今年一年内杀一千五百人（已杀一百五十人），四月底以前先杀五百人。完成这个计划，我们就有了主动。我希望上海、南京、青岛、广州、武汉及其他大城市、中等城市，都有一个几个月至今年年底的切实的镇反计划”，“都能大杀几批”。（注：毛泽东：《转发黄敬关于天津镇反补充计划的批语》（1951年3月18日），《建国以来毛泽东文稿》第二册，第168页。）
    由于毛泽东的三令五申，华东及上海方面的领导人终于放下一切顾虑，按照毛泽东的要求，下决心定出了一个年内在上海分批处决两千人的计划来了。3月15日，饶漱石把这一计划转报给了毛泽东，毛泽东当即表示欣慰。3月24日，他满意地批示道：上海这次的计划总算“有具体执行的步骤，有时间，有准备杀关管的数目字，比过去大进一步了”。他同时要求上海扫除顾虑，放下包袱，建议上海向北京学习，用诉苦会的形式争取群众的同情和支持。他强调：“在北京的经验看来，民主人士和资产阶级是可以取得他们拥护的，只要我们工作做得好。”（注：毛泽东：《关于同意上海市委镇反计划给饶漱石的电报》（1951年3月24日），《建国以来毛泽东文稿》第二册，第192页。）