从制度的层面来看，尽管唐、宋以后，文武已经分为两途，但当时所设职官，内而枢密，外而阃帅州军，尚文武参用。惟自明代中期以后，文武之间，已经截然不相出入：“文臣之督抚，虽与军事而专任节制，与兵士离而不属。是故莅军者不得计饷，计饷者不得莅军；节制者不得操兵，操兵者不得节制。”(77)明初制度创设者的本意，或许是通过文武“犬牙交制”的设计，使文武互相制约，不能反叛。然事实正好相反，文武相判的结果，反而导致以下两大弊病：一是“好名”之过。文臣以《诗》、《书》发家，则“援武事以示可用”；武将以骑射为业，则“掠儒术以示有文”。从表面上看，似乎文臣善于阵法，武将善于属词，其实名不副实，“及试之事，宽则蠕望，急则狼狈，失故步矣”。二是“喜功”之过。按照明代的制度，三军之命系乎将，而将之调遣及其纠举之责在于总督与巡抚。但事实并非如此。武将在疆场效命，所立战功，往往被总督、巡抚所掠夺，使奖赏失去公平性；反之，武将一旦有所失利，而总督、巡抚并不分担罪责(78)。随之而来者，则是文武之间交讥互诟：或“武则非文，文则非武”(79)；或“此以彼为俗夫，彼以此为腐儒”(80)；或“文人谓武人不足语，武人谓文人无用，不识时务”(81)。无事则互相讥讽，有事则互相倾轧。
    其实，文武之间的关系，正如张居正所言：“夫戡乱之时，固宜用武，亦必济之以文；守成之时，固宜用文，亦必济之以武。”(82)尽管在不同的时期，文与武各有所偏重，但必须将文与武结合在一起，方为治理国家的全体。所以，自晚明以来，文武合一之论，又一时甚嚣尘上，且不乏文武合一之人。
    在这股文武合一论的大潮中，戚继光可谓最为典型的倡导者乃至实践者。首先，他从上古时期的射礼中，窥探出文武合一的底蕴：射一旦“失诸正鹄，反求诸己，因败而思”。而“胜者不矜其功而不伐”，更是一种“至德”。射原本属于“武人之技”，而“为士者习之”，究其目的，就是为了“合文武之道”(83)。为此，他提出了“人无二身，则文武无二道”之论(84)。其次，他借助“一张一弛，文武之道也”之说，进一步奠定他的文武合一之论。他认为，“武固以勘定为事，古人率兴礼乐于抢攘之中，当文化雍熙之盛，必忧忘武之危，便当振举”(85)。再次，他对岳飞之说加以辨析，借此确立“无分文武”的思想。岳飞曾就宋代形势有一句名言，云：“文官不爱钱，武将不惜死，天下太平矣。”戚继光认为，岳飞此说，不过是一时救弊之言，并非“至论”，应该“无分文武”，惟有以“正其谊不谋其利，明其道不计其功”为法(86)，克去个人的私欲，才能实践文武合一。
    本于上述三点认识，戚继光将“仁将”、“儒将”视为一生追求的典范。换言之，节制之师，理应“杀人安人，无不使天下归仁”(87)。为此，他将“行伍”与“歌诗”合而为一，认为在行伍中，选择一些忠义激烈的“戎言”、“戎诗”歌之，可以感发意气，愤悱志向，使将士“习尊主庇民之道”(88)。
    明末清初，文武合一之论更是有所深化。黄宗羲从明朝覆亡的历史教训中，得出了文武必须“合为一途”的结论。他认为，“儒生”必须充分认识到，“兵书战策非我分外，习之而知其无过高之论”；“武夫”必须知晓“亲上爱民为用武之本，不以粗暴为能”(89)。张履祥认为，“文武本无二道”，兵事亦“儒者当知”，兵法亦是“一种学问”(90)。俗语有云：“世治用文，世乱用武。”对此文武径庭之论，张怡提出了质疑。他认为，“有治而乱即随”，随着时代的治乱相因，必须“能文而武为辅”。文武之间，不可“轩轾太分”(91)。
    与文武合一之论相应者，则是自明代中期以后，文武合一之人才辈出。若是细加分类，可以分为以下两类：一是文而武，即文臣兼有武功；二是武而文，即武将兼有文采。
    就前者而言，其最为典型者当数王阳明，其次分别有茅坤、唐顺之、赵时春、陈第。
    王阳明确乎实践了儒家“内圣外王”之说。换言之，王阳明一方面能坐而讲道，另一方面，却又能树立戡定之勋，体现了他的文武全才。史载王阳明在江西较射，三发三中，北军欢呼，许泰等皆失色(92)。尤其是他巡抚汀、赣之时，正值宸濠之乱，“深机曲算，内戢奸幸，外防贼徒，抚定疮痍，激励将士，日夜如对劲敌”，最终平定叛乱，建立不朽功勋(93)。
    茅坤以文武之才自命，好谈兵事。他在任广西按察司佥事时，“府江贼”盘踞鬼子等砦，督抚拟会兵攻剿。茅坤认为，“会兵非数十万不可。贼走险旅拒，劳师费财，非计之得也。”请求自己选择5000人，“自署以往”，“以奇兵直捣其巢，连破十七砦”，荡平“累年负固之贼”(94)。作为唐宋派文学的领袖人物，唐顺之仅仅是一个文吏，却始终惓惓于论兵(95)。赵时春虽为“文士”，其志向则“专在攘夷狄复祖宗之疆宇，遗后世以长治久安”，故“喜骑射谈兵，日以边备不修为恨”(96)。陈第少为儒学生员，在音韵学上具有相当高的成就。后被俞大猷召致幕下，“教以古今兵法，南北战守事宜，劝以武功自见”。谭纶一见陈第，称之为“俞、戚之流亚也。”后投笔从戎，“起家京营，出守古北，居蓟镇者十年”(97)。