由于不满俄国在中国借款问题上将德国排除在外，德国在还辽条件问题上与俄国的矛盾和分歧更大，一反此前对日本的强硬态度，转而为日本说话，反对俄国向日本提出苛刻要求。首先，在撤离辽东半岛问题上，德国外交大臣马沙尔认为不能要求日本立即撤离，如能确定在支付部分战争赔款后某日撤离，或者在付清补偿金后的某一日撤离，三国就应该满足。至于澎湖列岛问题，德国不主张要求日本承诺拆毁或者不重建防御工事，认为这些工事只是被用作征服和防守台湾的军事基地；表示日本只需在法律上保证不将澎湖列岛让与其他列强，而且永远不对外国海军关闭台湾海峡即可，并以台湾问题关系整个欧洲利益为由，主张邀请英国参与这一问题的谈判。至于行动方式，俄国建议三国列强在东京递交同文照会，德国认为应该与前一次一样，采取友好劝告的方式。（101）
    在吸收法、德两国尤其是法国建议的基础上，俄国放弃由三国外交代表和中国代表在东京与日本举行谈判的方式，仍按照此前的方式，先在欧洲三国之间达成协议，然后由三国驻东京使节与日本政府协商，最后由中日之间签订协定。1895年5月22日，俄国建议法国和德国向各自驻日公使发出以下训令：（一）尽力将归还辽东半岛的补偿金减少到一个较小的数字，从严格的法律角度讲，日本不能为其刚刚所作的主动让步向中国要求补偿，因为这是它无条件作出的让步，而且是向三国所作的让步，而不是向中国作出的让步。（二）一旦首批还辽补偿金支付后，尽可能立即确定日本撤兵的条件。（三）关于澎湖列岛问题，原则上确定台湾海峡的通行是绝对自由的，询问日本能为航行自由提供什么样的保证，如果日本不肯承诺不在澎湖列岛上修建新的防御工事，也不答应不将这些岛屿让与第三国的话，可协商发表一个笼统的声明。（四）以上三点应该成为日本政府与三国使节互换照会的内容，三国代表应促使谈判在和解和彼此友善的氛围中进行。（102）
    在大体达成基本共识后，6月5日俄、德、法三国公使一起与日本外务大臣举行会晤，转达三国政府要求。（103）7月19日，日本外务大臣就归还辽东半岛和撤兵问题向三国公使作出答复，要点如下：（一）中国为日本退还辽东半岛支付5000万两补偿金。（二）在中国支付这笔补偿金和《马关条约》规定的第一期赔款后，日本将军队撤退到金州半岛以内，在中国支付两期战争赔款并在短期内交换中日商约批准书后，日军将完全撤出辽东半岛。（三）日本承认台湾海峡为国际交通要道，不在日本的控制和独占范围之内，承诺不将台湾和澎湖列岛让与任何列强。（104）
    对于日本所作的这一回复，德国和俄国出现严重对立和分歧。德国认为日本的这一要求合理、适中，明确向俄、英、法三国表示不应反对日本的这一要求，声称：“不能认为日本五千万两的要求过高。辽东是最重要军略地点之一，日本占领它能随时威胁北京城；日本放弃它，是剥夺自己的一个最重要的胜利果实。在这种情形下，上述数字似乎是适度的”；“且日本作此要求，主要是为缓和国内舆论。”（105）而俄国认为日本的这一要求过分，不能接受。首先，在还辽补偿金问题上，俄国认为日本的要价过高，主张减半，必须运用压力使日本将补偿金降至2500万两。（106）俄国外交大臣向德国驻俄大使拉度林（Radolin）明确表示日本“对中国不能再行吮吸骨髓”。其次，在日本撤军日期问题上，俄国坚决反对将还辽和日本撤军日期与清政府履行《马关条约》各项义务和互换中日商约批准书等问题进行挂钩，强调日本撤退辽东的日期应不受中日商约及《马关条约》的牵制，务必在撤退日期上达成谅解并规定期限。（107）当时，俄国对德国的亲日态度极为不满，怀疑德国政府可能在暗中鼓励日本，至少是迁就日本。（108）为此，俄国甚至想撇开德国，与法国一起自由行动。8月3日，法国驻俄大使蒙塔佩罗在一封绝密电报中告诉阿诺托：“罗拔诺夫亲王今天问我，‘我们是否可以重新恢复我们的自由，光我们两国采取行动？’”（109）
    在德俄出现裂痕之际，法国在坚守法俄同盟的前提下，尽力调解德俄矛盾，维持三国的共同行动，并主张以牺牲中国的利益满足日俄两方的要求，促使辽东问题尽快解决。在还辽补偿金问题上，法国一方面表示不能断然拒绝日本的要求，相反可以利用它要求日本再次明确它的还辽承诺，同时建议与日本讨价还价，将补偿金削减到1亿法郎（约合库平银2500万两）或1.5亿法郎（约合库平银3750万两）。在撤离辽东问题上，法国一方面赞同俄国的看法，认为日本非常巧妙地将撤离辽东的条件与《马关条约》的执行两件事掺和在一起，显然为了达到拖延目的；从法理上说，这两者是有区别的，《马关条约》的执行将中国和日本连在一起，而关于辽东半岛的承诺则将日本和列强连在一起。但法国也承认这两者实际上存在某种关联性--中国对《马关条约》条款的执行将有助于列强促使日本完全履行它的承诺。因此，法国主张日本撤离辽东半岛应与清政府支付还辽补偿金及前两期战争赔款4亿法郎（约合库平银1亿两）同时进行，但不赞成日本将清政府批准中日商约和付清全部战争赔款作为撤离辽东的条件，认为后者不是三国与日本签订协定的内容，它属于日本与中国之间的事情，如果需要的话，列强可以劝告中国。（110）
    另一方面，法国也直接做日本政府方面的工作，规劝日本接受三国的建议。7月25日，在与日本驻法公使曾祢的会谈中，阿诺托就劝说日本不应将撤离辽东半岛问题与中国履行《马关条约》和签订商约问题混在一起，“它们是不应该互相混淆的；在将来的谈判中，日本应同意把这两件事分开处理”。同时，他还建议日本政府尽快履行诺言，满足列强的要求，并利用这一态度要求列强对中国施加压力，以便尽快解决所有的问题，得到日本想要的东西，指出：
    既然日本政府自愿并友好地答应撤离辽东半岛，既然它实际上已经部分同意撤离，那么它似乎没有必要守卫或者防御旅顺港，处在它的位置，我会设法赶紧收获直截了当的好处。我不会关注次要的谈判细节，我会非常沉着地盘算我应该争取的东西，然后明确地说出来。既然我答应撤离，我就撤离，而且如果需要的话，我会利用这一态度要求有关的列强对中国施加压力，以便尽快解决所有的问题，这些问题的解决将有利于确保和平。这一政策除了可能会使你们迅速解决仍然悬而未决的难题，而且还会给你们带来良好的声誉。此外，还可以让你们腾出双手去应付你们的对外政策。（111）