在经济管理方面，明初江南的一些市镇设有税课局，掌收商税、河泊所收渔税。明代税课局，“府曰司，县曰局”，下设“大使一人，从九品，典税事。凡商贾、侩屠、杂市，皆有常征，以时榷而输其直于府若县。凡民间贸易田宅，必操契券请印，乃得收户，则征其直百之三。明初，改在京官店为宣课司，府州县官店为通课司，后改通课司为税课司、局”。(23)江南市镇中所设税课局主要负责本镇及周边村镇的税课，如枫泾镇，元时设有白牛务，“明初改为税课局，兼收王店、新丰、新行、钟带、白马堰等市课程，后废”。(24)
    从方志记载及相关文献来看，明代江南地区设置巡检司与税课子局之市镇为数不少，苏州府设巡检司的便有震泽、汾湖、平望、同里、简村、木渎、光福、陈墓、许市、泗桥、石浦、江湾、福山、甘草、茜泾等镇市，设税课子局的有丘墟、安亭、同里等镇(25)；松江府的亭林、新场、周浦、青龙、泖桥、朱泾、张堰等镇设有巡检司，张堰、小官、叶谢、下沙、周浦、八团等镇旧有盐场，朱泾、北七宝、乌泥泾、新场、唐行等镇设有税课局，青村镇旧有千户所(26)；嘉兴府的斜塘、陶庄、风泾（即枫泾）、青镇等镇设有税课局，玉带、澉浦、石门、皂林等镇设有巡检司，澉浦、乍浦等镇另有千户所(27)。
    江南市镇中税课局与河泊所的设置于明初洪武年间较多，明中叶以后，随着渔利的下降与税收的减少，一些税局与河泊所被裁革或合并。如黄渡镇，“洪武初设河泊所大使，管嘉定、昆山、华亭、上海四县渔户。弘治三年（1490年），松江知府刘璟奏革，“其渔课归秋粮项下带征，系苏州府者，并入沙头河泊所”。明初亦曾于嘉定设税课子局九处，黄渡镇为其一，而到“嘉靖四十二年，巡按御史陈瑞奏革”。(28)作为政府管理机构，这些只是税务征收与管理的需要，并不是县级以下或是镇一级的正式行政建置，只有巡检司才算是县政府派出的下属机关，并且诸多地方巡检司的设置一直延续到清代。因此，相比之下，巡检司对江南市镇发展的影响远较税课局与河泊所为大。
    巡检司作为县级以下基层的行政管理组织，还保留了比较浓厚的军事色彩，“乡镇之防，巡检司之职也，故曰分防、曰巡檄，役亦曰弓兵”。(29)巡检司管辖范围以市镇为主干，包括环绕市镇的乡村。如湖州府南浔巡检司署设在南栅笺字一圩，管辖南浔镇及乌程县十七区及二十三区地方，于水陆丛杂之地弹压巡缉(30)。明初嘉定吴塘巡检司，初时以黄渡镇为驻地，管辖墩汛凡九：“青冈墩、黄泥泾墩、外冈墩、城西墩、石冈门墩、马陆墩、黄渡墩、冯家桥墩、沙冈墩。万历三年，裁归江湾巡检司兼辖。”(31)后来，江湾巡检司合并了吴塘巡检司，共辖十八墩九汛(32)：“领墩凡十八：沙浦墩、汤字圩墩、吕字圩墩、生字圩墩、南翔墩、周家浜外墩、周家浜里墩、衣有字圩墩、致字圩墩、东潜字圩墩、西潜字圩墩、中潜字圩墩、大场墩、胡陆湾墩、江湾墩、清水洼墩、五圣庙墩、秦家店墩；辖汛凡九：江湾、南翔、真如、大场、安亭、黄渡、纪王庙、栅桥、殷行。”(33)这“十八墩九汛”基本上涵盖了江湾镇及周边的主要市镇及乡村。当时江湾巡检司内设有弓兵四十名，巡司一员，管理形式是由“巡司督率弓兵沿乡巡缉”，主要是水陆治安巡逻，监视和盘查人口，维持治安，并不代辖市镇、村庄。(34)
    巡检司有正式官署，也有赁居民房者。正式的巡检司署，其建筑颇有讲究，以体现巡检司作为地方基层权力机构的某种特质。如吴淞江司，乾隆九年（1744年），建官署于法华寺东（后历任修葺），“嘉庆十一年，巡检宋肇署前植柳数株。竖杆，夜设灯火，以照行人。咸丰三年八月，毁于闽匪。后之来者，或假庙宇，或赁民舍，无定所焉”。(35)
    巡检司制度于明清两朝一直存在。作为县级以下的行政管理机构，虽然其驻地及增汰时有变动，但在维持地方治理方面发挥了重要的作用。明清江南的一些市镇，尽管其建置规模多有变化，却始终维持巡检司的管理模式。如湖州府的双林镇，明洪武时由距双林镇二十四里的琏市巡检兼辖，清初设双林汛，康熙后镇市繁盛，“号称万家”，则移琏市巡司驻双林，仍以巡检司为主要管理机构。(36)
    但是，巡检司毕竟只设从九品的末等官员，司下额定编制仅吏员一名，不得随意增设，其下召募来的弓兵十余名，其职务又往往局限于擒捕盗贼，难以承担管理市镇的繁杂任务。而且由于明代巡检司职能监管的缺位，在其设立之初，各类违纪事件就屡有发生：诸如巡检和弓兵在收取了所截获的逃军或逃囚的钱财之后，便“纵令逃去”；“及至拿住赃盗，不行火速解官，却乃教唆诬指平民。拿获私盐，允其骗诈民众。”(37)为此，朱元璋曾多次颁布诰令，严加惩治(38)。到明中后期，巡检司制度更是日趋涣散，“公勤守法者少，贪婪废事者多，止知取钱肥己，罔有肯用心盘诘”，敲诈勒索成为当时巡检司弓兵的家常便饭(39)，巡检司维护一方安宁的管理作用日趋减弱。
    另一方面，随着江南经济的日益繁荣，市镇规模不断扩大，市镇人口日渐增多，三教九流混杂其间，“万民辐辏”、“五方杂处”的局面不仅令市镇的社会治安隐患越来越多，日益繁盛的市镇经济也对市镇管理职能提出更高的要求，而这些已远非巡检司所能胜任。因此，明代中后期开始，江南地区的市镇管理面临着新的挑战，特别是一些界跨两县或两府的大镇，面临的问题更为繁杂。由于市镇本身日益重要的经济地位，官方不能漠视其管理上的困境。于是政府不得不打破原有的“府-县-镇-乡、都、图”的传统行政层级模式，在一些比较大的市镇直接设立府、县级别的官员予以管理。