府、县级官员的管理作用还体现在支持地方水利工程的改造、促进地方经济发展方面。例如娄塘镇，从明代天顺三年（1459年）知县龙晋浚盐铁塘、双塘、娄塘及它河，至乾隆二年（1737年）知县王盘浚东黄姑塘及它河，前后共四十余次的疏浚河道，共有三十九次由知县主持进行。(75)南翔镇从明代万历三十四年（1606年）知县吴道长疏浚走马塘开始，至雍正八年 (1730年）知县江之炜浚封家浜、南翔镇市河，有记载的河道疏浚共十五次，也全部是在知县的主持下开展的。(76)水路的畅通是明清江南商品流通与市场体系得以发展完善的重要条件，也是江南市镇得以勃兴的重要契机。
    作为明清江南市镇基层管理的辅助力量，基层的乡里、保甲组织对于市镇民众的日常管理也起着重要作用。乡里组织遵照地方政府的政令以管辖民众，清查户籍，完纳赋役，维持地方治安，并把族规家法糅合于乡规民约之中。乡里保甲组织的首领基本上是由地方推举出来的，经官方承认而备案后，享受官方给予他们的一些特权。(77)它们虽然不纳入行政系统，却在地方上发挥实际的行政效能，时人称此制有息盗贼、广教化、移风俗等“三善”，“凡禁暴缉奸，化民成俗，皆由于此”。(78)以浙江湖州府归安县的双林镇为例，由明至清，双林镇的建置规模不断扩大，最终发展成为一个三四千户的万人大镇，但其在行政管理方面却始终由巡检司管辖，这不能不说得力于其比较完善严密的保甲制度。据方志记载，双林镇“明季严保甲，岁登民数，通计一镇烟户序为三十堡（保），堡立一正长，一副长，凡统十甲，甲各十户。后又举总理一人，司一镇之事，栅正五人，以老成诸生为之，各主东、西、南、北、中五处。每正统长十二人，每二长共一堡，六堡属焉。岁编丁籍，核实无漏，行之最久”。清初基本上因袭了明朝的做法，“国初寇盗猖獗，防御尤严，始亦仍前法”，只不过“又推千总二人，一分东南堡，一分西北堡，堡各统长副十余人，督居民，严器械以自卫，县官(79)亲临治事”。后因其“事烦任重，仍分五堡，堡立二长，长各统五百余家”。不久，又“复为三十堡，堡属百余，各以一长领其任，且岁以更替，以便相沿永久。堡内户口，每长造保甲，挨门册一式数本，一以存点，余俱献之司、道、府、县，有事则按图而察，无事则计口而治，盗息民安，诚良法也”。然而随着后来保长任事日益繁重艰难，弊端百出，“人畏保长之役甚于畏盗矣。康熙十二年，里人倪中行、郑敬山等，以禁害事具呈，田抚院颁示勒石禹王宫，永禁保正副名色，用甲长代之，挨甲更替，一月一换，周年一脱，担任甚轻，民咸称便”。(80)
    还需值得注意的是，明清江南地区有些市镇虽然在行政区划上分属多个府县管理，但出于安全、防盗的考虑，很多市镇特别是一些颇具规模的大镇，其周围一般建有四栅，甚至有的市镇还有城墙、城门、护城河、吊桥等。例如，地属青浦、昆山两县管辖的朱家角镇便设有水栅，“村镇水栅之设，以防盗船出入。在镇，栅夫岁暮里中给钱，以充工食；在乡，则村民轮值。晨启夜闭，于地方实有裨益”。(81)又如南浔镇原有高三丈，宽一丈，周长一千六十六丈五尺的城墙，明初拆除，设四栅，有吊桥，东西三里，南北七里，周长近十二里，其西栅还驻有分防南浔千把总署。(82)而“二省、三府、七邑”(83)交界处的乌青镇，更有建置牢固、管理严格的东、西、南、北四栅，“宵深而闭，未旦而启”，一旦有盗匪之虞，立即报警，其西栅还设有墩台“以备守瞭”。(84)这一切，令市镇自身俨然成为一个独立的实体。江南市镇四栅的设立及其有序的管理，是明清政府在市镇管理方面的又一独特之处。正是通过这种上下互通的管理模式，政府得以维持市镇正常的社会秩序，保证市镇的稳定发展。这些均显现了在传统国家行政框架之下，政府的行政机构在融合国家行政体系与基层社会关系上具有不可替代的作用。
    另一方面，史籍中也不乏政府机构内各级官员胥吏扰民、累民的记载。以明代乌青镇而言，嘉靖十七年（1538年）时请建县治，“以版籍未可纷更”没有实行。嘉靖十九年（1540年），又疏请添设通判一员坐镇。但从史料记载来看，当时所委通判职责不明，且主要居住府城，并不常驻乌镇，“倏来倏去与无官同”，府员被指为冗员，最后官署也被镇民焚烧，“通判”亦于隆庆初年被裁革。(85)政府在镇设立府级官员加强管理以示重视的同时，其所下属的各类吏员队伍也日益庞大。例如，仅其“湖州府添设同知”下所招的土著兵勇就有127名，其“督捕同知”下面配备主要人员则有经制典吏、经制书办、额设清书、额设招书等各类人员总共102人，遑论青镇司巡检、乌镇驻防、青镇驻防等众多其他管理机构的人员配置了。从人员结构上看，这是一支庞大的行政管理队伍，其行政费用也是一笔数目不小的开支。不仅是乌青镇，南浔镇也不例外，特别是清后期，以其一镇之规模，竟有分防南浔汛千把总署、水师统带办公所、厘捐局、湖属盐捕水师营办公所、洗心迁善局、自治局、禁烟局、邮政局、电报局、巡警局、团防局、民团公所等十余所各类军政管理机构，其行政机构的设立远远超出了普通“市镇”的建置规模，这一切自然大大加重了民众的负担，不能不引起人们对其行政效率与管理成本的关注。这也反映出，在同一传统国家行政框架之下，政府的行政机构在融合国家行政体系与基层社会管理方面仍是任重而道远。
    综上所述，明清时期政府各类行政机构的职能发挥与江南市镇的发展并不是同步的。明中期以后，随着江南商品全国性市场乃至海外市场的不断拓展，市场交易日益繁荣；特别是清代，许多市镇因经济的发展而兴起，规模日益扩大，市镇经济结构与人员构成也日趋多样化，这些新形势、新变化都对政府的职能管理提出了新的更高要求。对此，政府对于不同的市镇实行不同的管理模式，体现了传统行政管理体系某种程度的灵活性，并且也发挥了相应的作用。但是，江南市镇传统的行政机构仍按其固有的惯性职能在运转着，政府对市镇行政管理的主要思路是以绥盗安民、维护社会安定为首务；在经济上则是以首先保证政府的财政收入为目标。政府并没有将各个市镇（包括那些规模宏大的万人巨镇）当作一个新兴的、完整的经济实体来看待，这从诸多江南市镇在行政区划上仍分属两府或两县可窥见一斑。由于其赋税催征沿袭了传统的里甲、都图制，使得同一市镇分属不同县府的行政区划对于政府的赋税征收没有产生大的影响，便也掩盖了其行政管理机制方面的诸多缺陷。总体而言，这种以治安、赋税征收为主要目的的行政管理模式，没有过多强制性地干预市镇商品经济的发展，给予了江南市镇商品经济一定的相对宽松的发展空间；另一方面，由于政府的行政管理始终缺乏主动意识，其诸多行政管理措施的出台在多数情况下是出于对已暴露出来的社会问题的被动应付，缺少与市镇经济发展需要同步配套的相应举措，政府在行政管理机制方面有诸多缺失，这最终也制约了江南市镇的进一步发展。