道光六年，由于山后的噶玛兰(宜兰)开垦完成，形成独立的地域经济区。清廷乃开乌石港为正口，与福州五虎门对渡，米是主要出口商品。(15)另一方面，台湾中部地区发展迅速，单鹿港一口已不敷实际需求，加以台运官谷到福建之需，(16)遂新开海丰港(又称五条港，今云林县麦寮)一口，成五个正口与中国内地对渡。(17)
    道光初年，原来的正口对渡限制已渐放宽，两岸商船的贸易网络也逐渐向中国沿海南、北两地延伸，以鹿港为例：
    鹿港泉、厦商船向止运儎米、糖、籸油、杂子，到蚶江、厦门而已。近有深沪、獭窟小船来鹿者，即就鹿港贩买米、麦、牛骨等物，儎往广东、澳门、蔗林等处。回时采买广东杂货、鲢、草鱼苗来鹿者，称南船。(18)
    可见，鹿港的主要贸易点原局限于福建蚶江和厦门。然而，1830年代初期，泉州各小港的船只已常来贸易，甚至回航至广东、澳门等地。“四、五月时，船之北上天津及锦、盖诸州者渐多”(19)。
    除了五个正口作为各区域的吞吐口之外，清中叶之后，台湾各地的开垦趋势，亦已由平原向丘陵地发展，村庄、街市纷纷出现，地域经济区逐渐形成。因此，各地区又发展出小吞吐口，如竹堑港、中港、后垄港、大安、北港、盐水港、打狗港、东港。(20)嘉庆、道光以降，这些港口除了按官方规定透过最近的正口进出口商品之外，大陆商船为规避台运米谷配累，常直接来港贸易或偷漏商品出去，称“私口”。(21)之后，随着港口政策日趋宽松、台运米谷逐渐改为折色(米谷折银)，(22)因应各地经济发展与民生用品之需以及船只规费可作为公私经费等因素，使得道光末年至同治年间地方厅县逐渐开放沿海贸易私口与大陆内地港口贸易，称作“小口”。(23)对外贸易的地点，也不再限于福建地区，可直透至中国大陆沿海各地贸易。再者，道光年间，台湾北部地区，每年樟脑出口数达40万斤，(24)西洋船只和商人也尝试来台湾贸易。道光十八年(1838)，已有欧洲商船驶至基隆，企图偷运鸦片来台，淡水商民易以樟脑。(25)1847年之后，西洋人开始为了煤矿而来到基隆。(26)西洋船艘东来以及鸦片战争之爆发，也促使台湾海防渐受重视，深水良港逐渐崛起，同时为下一阶段台湾开港揭开序幕。最后，清初台湾仅与福建对渡的政策也有所调整。道光二十三年十二月(1844)，清廷为了避免“走私漏税”之弊，进一步化暗为明，正式开放浙江的宁波、乍浦与台湾贸易。(27)至此，打破了清初以来长达160年的台湾与福建正口对渡贸易制度，而台湾与华中的直接贸易终于合法化、体制化。
    总之，因应地方经济发展、港口政策的调整以及西力冲击之下，清初全岛型的经济区已逐渐转变成北、中、南三大区域型经济区，并于后山出现噶玛兰独立的地域经济区。
    二、以鹿耳门-府城为中心的区域型经济区
    鹿耳门-府城区域型经济区的范围，北自北港溪，南至率芒溪，主要包括台、凤二县以及嘉义县南部地区。清中叶本经济区的范围由于海岸线变迁，产生巨幅变动。特别是八掌溪以南至二层行溪一带海岸变化剧烈，原来所谓的台江内海和倒风内海明显陆化。清初倒风内海面积宽约60平方公里。自康熙中叶，汉人积极入垦台南地区，就近围垦舄湖成鱼塭或盐田，导致倒风内海逐步陆化。18世纪末，急水溪冲断蚊港沙洲出海，倒风内海变成有两个出海口，其后八掌溪也改道流入倒风内海，两溪挟带大量的泥沙，加速淤填内海。海岸线变迁后，初浮覆的海埔地因饱含盐分，主要作为盐田和鱼塭之用，部分深入平原的低地成为埤塘。(28)盐、水产成为本区域冠于全台的物产。
    倒风舄湖的消失，使得部分港口完全失去港湾机能，有些港口则由海港变为河港。(29)至于台江舄湖，则于道光三年(1823)大风雨之后，境内溪流改道而逐渐浮浅；仅余安平至四草湖间之内海，未被淤填。(30)台江内海浮复之后，鹿耳门日益淤浅，1830年往来船只只能停泊港外，1840年左右已成废港。(31)其南边的安平大港，原只供南路小船出入，其后港口略深，南北二路载重六七百石船只可以出入，郡城三郊船货并转由该港进出。安平港遂取代鹿耳门，成为府城对外门户。1840年，安平已有居民千余家，大部分商业贸易仍于府城进行，港口并驻副将、中营游击及右营都司，防守府城及凤山县各口。(32)
    不过，1840年代以后，自内地来台大商船，皆改泊于鹿耳门迤南的四草湖或北边被曾文溪冲成港的国赛港，该港并设文武馆稽查商船。(33)另外，三鲲鯓亦因水冲成港，小船可登岸，成为“郡城门户”之一。(34)府城外原来浩瀚的台江内海，至此转由国赛港、四草湖、三鲲鯓及安平港分担商船驳载机能，其中安平港最显著，府城则为其核心商业区，与其腹地形成一个区域型经济区。
    清中叶，台湾府城仍是全岛最大城市，并已建造石城，街道分化更为细致，至少有78条街道，主要特征有：第一，专业化市街持续增加，如鞋街、竹仔街、做篾街、米街、石街等，反映府城商业机能的多样化和城市之繁荣，第二，许多大街一再分化，如原来的南濠街已分成内、外、上、下四段落，第三，由于城市规模不断扩大，街区划分除了原来郑氏王朝时代的四坊之外，又出现宗教祭祀范围的“境”。最早出现的境是元会境，也成街道名。巷弄则新增四嫂巷、抽签巷，(35)第四，商店铺户名称更加复杂，除十三铺外，还有绸缎铺、杉行铺、碗铺等。(36)1830年，府城至少有86条街道，(37)较1750年代，几乎增加一倍。境和铺类型大幅增加。(38)商人团体也大幅扩张，郊数达22个，为全台之冠，(39)都市规模应已相当巨大。贸易繁荣，所谓“商船贾贩，以油糖为重利”，(40)米谷则仰赖台、嘉、凤三县供应。三县米谷并经由鹿耳门输出至内地，民生日用货物也大都往来鹿耳门取汲。(41)