咸同战乱对清代财政经济变化产生深远影响。嘉道地方亏空在此战乱时期更趋混杂。咸丰七年(1857)以前，山东应追赔亏空银71万余两；七年以后，交代案积压200余起，其中挪垫亏空仍较多。上司派员监算盘查，地方官以开报初参敷衍。咸丰十一年(1861)上谕斥责：“玩泄侵蚀，库储日亏。积习相沿，殊堪痛恨。”(39)
    光绪时期，各省州县交代不清，亏空依旧。光绪元年(1875)，薛福成指出：清前期，交代尚能认真办理，“降及晚近，州县交代，不尽依限完结。上司惮处分之繁，亦遂不依限题参，往往藉辗转驳查，宕延岁月。”随着时间的推移，旧任“困于旅费，无款可交，终身寄寓，子孙流离，皆所不免”。新任官员“以旧款未清，转相牵率”，以致“交代不结者什有八九，而上司亦随有参不胜参之势”(40)，最终库款亏缺。光绪四年，御史梁俊奏：“各省亏空正杂钱粮，大省不下百余万，小省亦不下数十万。”(41)光绪前期的亏空既是嘉道亏空的延续，又是咸同战乱给财政带来消极影响的必然结果。光绪八年，晋抚张之洞奏：“晋省患贫至今日而极，然非匮乏之患而弊混之患。何也？自咸丰军兴，费广用急，纷纷牵补，不为断限，以至于今。盖上距道光二十九年，未经彻底清查者三十三年矣。外困于供亿之繁，内困于垫款之巨，亏挪掩复，无有穷期。藩吏以淆杂为秘局，有司以拖欠为得计，若再不为之所，譬如上填下漏，虽休养数十年，岁入数百万，无救于贫。”(42)山西不属遭受战争扰害最剧烈之区，亏缺挪垫尚如此严重，其他战区财政形势当更严峻。
    光绪十年，户部奏江西交代历史迟延，同治八年虽经刘坤一奏定章程办理，但收效甚微，“旧案奏报九百余任，完结者无几。其新任虽经陆续造报，亦未能依限清结。”各州县“后任牵扯前任，纠缠数案，朦混不清，轇輵不断，遂使延搁至十数年，积压至数百案，亏空挪移钱粮至盈千累万”。督抚、藩司瞻徇回护，“十数年来，曾未见揭报一案，参劾一员，任听各州县□□搪塞，掩饰亏挪而莫之禁。”(43)再如直隶，李鸿章奏：“藩库款目最繁，自道光三十年清查，至今阅时又久。其间历办军需善后及常年支款，均因本款无存，辗转借垫，轇輵甚多。”(44)咸同之后，在清亏问题上，各级官员弥缝遮掩，交代不清，亏空较少被揭破。这种情况相当普遍。光绪十年，户部奏：“道光以前，各省司库亏空之案层见叠出。自咸丰年间军兴以来，各省司库多未清理，亏空绝少破案。”(45)
    虽然战乱是导致亏空每况愈下的客观原因，但官员的贪腐亦加剧亏空恶化的速度与严重程度。光绪十三年(1887)，户部奏：“数十年来，军务倥偬，仕途混杂，朝廷崇尚宽大，而巧宦因缘为奸，遂致钱粮正款，视如私囊，任意亏挪。”(46)光绪后期，广东历年挪用库款830余万两，未报户部者580余万两。咸丰五年至光绪二十四年，官经36任，总共不敷银830余万两。州县交代亏空极多，光绪十至二十四年，参追169案，共银52万余两，陆续缴银14万两(47)，不及应追补银总额三分之一。清中后期地方亏空不绝如缕，成为清廷财政危机的集中体现。
    二、清廷整治亏空失效之原因
    清中后期的亏空问题未曾如清前期有效解决，其根本原因在于固化的财政体制与社会经济的发展变化越来越不适应。严刑峻法在治理亏空问题上已然失效：“监守自盗之案，康熙、雍正及乾隆之初，惟贪墨之尤者偶一犯之。自乾隆二十年以后渐渐多有，是以乾隆二十六年始改定完赃不准减等之例。犯者殊死，然而亏空益多。嘉庆四年，谓其法严而发觉者少，改复旧例，而亏空如故。……数年以来亏空仍复不减，非立法轻重之不当。”(48)
    官员廉俸本不充裕，加以“摊捐”、“扣廉”等名目，更加剧其拮据的经济状况，钱粮焉得不亏。光绪二年(1876)，张规准奏亏空层出不穷的原因：“州县廉俸有数，乃无端藉公科派，名曰贴赔，曰使费，总名曰捐款。因其出之自公，故不甚爱惜。每由首府首县垫出，然后摊派各州县，每岁赔至千两、数百两不等。如力不能应，有时延缓，上司即于其征解钱粮时作某项捐款，而钱粮则批令另解，是以国家维正之供抵私款也。亏空之积，由此深矣。”(49)光绪二十七年(1901)，刘坤一、张之洞奏请“课官重禄”，指出办公费不敷导致官吏病国殃民：“州县瘠区则苛派鬻狱而病民，冲繁则亏挪库款而病国。……州县多一分之繁费，则国帑暗伤一分之进款”，各级官员“皆须令其办公有资，然后能尽心于国事民事”(50)。在内忧外患、政治腐败的晚清社会，如许改革难以落实。清廷治理亏空失效的主要原因有以下几个方面。
    1.清查无效，弥补无力
    清中后期地方亏空已趋普遍与严重，涉案官员众多，若按律例惩治，必致地方行政系统陷于瘫痪，故嘉庆帝采取秘密清查、徐图弥补的措施，令督抚将亏空密奏，禁止咨明户部，亏缺之员予限分赔追缴。
    嘉庆四年，直隶总督胡季堂为追缴悬欠款项，请将现任官员提集保定，按限追缴；升迁外省并已回旗籍者，行文各原籍及督抚，将欠款各员提至省城。清廷认为此举易引发行政与人事系统紊乱，在理论与实践上均不可行(51)。因直隶差务繁多，清廷将该省亏空公开，从宽办理，他省不得援引(52)。
    嘉庆五年，江苏巡抚岳起将亏缺情弊奏闻，并将奏折底本及朱批抄录，咨送户部。嘉庆帝训斥：“大属非是。从前皇祖世宗宪皇帝时，诸臣有将密谕泄露一二字者，曾经从重治罪，岳起岂未闻知，何不晓事体？”(53)安徽巡抚荆道乾也将亏空情形，声明咨户部。为此，清廷再次密寄各督抚：“各省仓库亏缺，经朕密谕各该督抚逐一清查，设法弥补以归实贮。原以亏空之案，官非一任，事阅多年。若概行查办，则经手亏缺及接任虚报各员，皆当按例治罪，人数未免众多，或尚有贤员，亦觉可惜。是以宽其既往之愆，予以弥补之限。”(54)次年，江西巡抚张诚基又请将亏空数额咨明户部，分限追补。嘉庆帝极为不满：“所奏大谬，无此办法。各省钱粮仓库原应存贮充实，不得丝毫短少。设稍有亏缺，该督抚本当据实参办。至于‘弥补’二字，原不可直达朕前，岂可公然咨部办理？”(55)嘉庆十四年，湖南巡抚景安请将追赔筹补数额咨明户部，清廷否决：“该抚不思设法筹补，辄欲仿照直隶成例办理，似严实宽，殊非妥协办公之道。”(56)次年，云贵总督伯麟请将亏空情况咨户部查核。嘉庆帝亦拒绝：“此不可行。该督抚惟当密为办理，上紧弥补，仍于每年岁底将实在弥补若干据实具奏一次，交军机处存记以备查核。”(57)
    虽然清廷为慎重库款起见，秘密清查亏空，责令官员分赔，但由于官员升迁降调等因素，追赔效果十分有限。嘉庆十八年(1813)，两江总督百龄奏：“江苏省清厘各州县亏垫案内应行咨追各员，有现任升调外省及已回旗籍者，每藉词推诿，希图延宕，请由该督抚即委员押解来苏质算严追。”这与前述胡季堂所请如出一辙。嘉庆帝认为不可行：“江苏州县中此时升调外省者，道府州县等官各省皆有，该督抚岂能以现任官员不奏明解任即擅行押解赴苏？如一一奏明，尚何密办之有？且江苏一省如此办理，此外现办清查省分尚多，若皆仿照咨解，势必将实缺道府州县各官纷纷互相解质，来往梭织，治丝而棼，尚复成何政体？”(58)