清代桐城派开创者方苞于康熙三十(1691)、三十一年(1692)游于京师，他正告心存疑惑的友人：
    凡所谓清议者，皆忠于君利于民之言也；而忠于君利于民，未有不害于小人之私计者。故小人不约而同仇，即用其言而挤之，以为是乃心非巷议誇主以为名者也。由是忠良危死于非罪，而无道可以自明。故君子之有清议，不独在位之小人嫉之，即未进之小人亦嫉之；盖自度异日所为，必不能当夫人之意也。
    他还一针见血地揭露，不惟当时之小人恶东林复社之清议，“即后世之小人亦恶之，以为吾君一旦而有鉴于前言，则吾侪之术不可以复骋也”，(83)此话一语道破了某些人歪曲历史的阴暗心理。
    方苞所言表明，虽然万斯同实际上已经主持史局，但清初社会思想十分混乱，顾宪成等人“讽议朝政”、“臧否人物”、“遥执朝柄”，仍然被一部分人视为非君子所为，如何评价顾宪成、东林党人乃至复社诸人，则是《明史》纂修中的一个重要问题，因此对顾宪成的最终定论，也不得不在一定程度上有待于《明史》的完成。为了配合修史，顾贞观不失时机地于康熙三十三年(1694)增订完成了其父顾枢所编《顾端文公年谱》，又在康熙三十七年(1698)汇刻了《顾端文公遗书》。先后师从马世奇和高世泰的无锡人张夏，在《顾端文公年谱》《年谱书后》中指出，“明代学脉混乱至正嘉时而极，朝议糊塗至万历季年而极，不有东林谁为救正”？顾宪成“以力持清议，蒙党魁之目，虽经洗雪，然局中之机绪最棼，生影之旁猜未释”；而《年谱》“字字有据，益知公正色立朝，矜也，非争也；同人于野，群也，非党也；闢邪卫正绝似搜真，不得已也，非好辨也。公之功上在宗社，下在世道人心，公真一代大儒哉”。他强调“是谱行可以釐学案，倂可以揆国史”(84)。《年谱》的修撰者还在《谱序》、《谱前》、《谱后》、《年谱后序》等部分中反复强调了顾宪成具有从祀孔庙的资格。如胡献徵在《年谱序》中说，“佥院请文庙从祀一疏业下礼曹，酌覆，俟史成之日定议举行”。又说，“至如公俎豆大典，则当日东林名贤所谓见而知之者，其言具在，更复奚疑”？(85)
    明史纂修初期，有的史官提出应依《宋史》体例，于《儒林传》外，别立《道学传》，汤斌认为，如立《道学传》，则应以薛瑄、曹端、吕柟、胡居仁、蔡清、罗钦顺等为一卷，王守仁、邹守益、钱德洪、罗洪先等为一卷，顾宪成、高攀龙、冯从吾、刘宗周等为一卷。他说：“道学不便用多人，诸公以道学均重，也不必入前大传矣。大约成弘以上，文清之派为盛，嘉隆之际，文成之派为盛，万历以后，顾、高诸君子终焉。”(86)又说，如不立《道学传》，止称《儒林传》，则可将薛瑄、王守仁等俱入列卿大传，其余则可入《儒林传》。康熙二十三年(1684)，徐元文、徐乾学与汤斌等《明史》总裁官详为商榷，撰成《修史条议》六十一条，决定“今宜如《宋史》例，以程朱一派另立《理学传》”，拟将薛瑄、曹端、吴与弼、陈真晟、胡居仁、周蕙、章懋、吕柟、罗钦顺、魏校、顾宪成、高攀龙、冯从吾等十余人列入。又说王守仁、刘宗周“功名既盛，宜入名卿列传，其余总归儒林”(87)。黄宗羲坚决反对，认为仅仅强调顾宪成、高攀龙的理学地位是不够的，他移书史馆说，“今于高、顾诸先生则入之，于阳明、蕺山则曰‘功名既盛’宜入名卿列传，高、顾功名，岂不盛乎”？于是他建议“道学一门所当去也，一切总归儒林”(88)。雍正元年(1723)，王鸿绪进呈三百一十卷本《明史稿》，体例上已不设《道学传》，明史纂修官汪由敦对此极表赞同，但他认为同以理学名天下者，入儒林与入大传应有分别，薛瑄“无他事业，自以儒学为重，宜列儒林”；王守仁“以功名显”，而顾宪成、高攀龙“以风节称，则应归之大传，而门人附见焉”(89)。《明史》最终的纂修结果表明，黄宗羲等人的建议被接受，而彰显顾、高“功名”与“风节”，乃是不立《道学传》的重要因素之一。
    雍正元年王鸿绪进呈《明史稿》后，“东林一案”仍“聚讼”不已，有人认为史局之人“拘于成见，往往偏袒东林，而于不党之人反轻视而弃置之”(90)。对此，被诏征继续修纂《明史》的王心敬致书《明史》总裁官朱轼，对东林有一番客观精彩的评论：
    要之，一二附会容有之。至如始倡名节，继抑权阉，终死国难诸君子，则东汉名节岂能或过。即其学术，东汉陈、窦诸公不且或让乎？且即谓激烈之过，论事太苛，责人太深，亦信有之，抑试思此何时也？仰观国事，既大厦之将倾；俯视士气，唯营私而附势。至奸阉挟滔天之威，举朝趋附不已而称功，树碑不已而建祠，新莽移汉之势浸浸乎不可量矣。诸君子欲横制颓波而赤手空拳，不得已而讲学术以维挽士风，鼓名节以号招正人，一腔热血，无非欲为维持宗社，扶翼生计，而可随时委蛇逐流浮沉耶！迨至逆阉横祸，罗织名流，而一时被收被黜被陷被戳者，首先东林之士，是何不与举世为仇而偏在东林耶？巨寇副君，国破家亡，而一辈死官死守死君死父死夫死兄者，皆东林正气之士之家，是固国家养士之报乎，又何其多东林之人也？迨至天运已迄，国破家亡，搢绅蹈兴周之首阳，衣冠作故殷之顽民。甚之文山叠出，亡身亡家，蹈九死而不顾者东林之士，犹指不胜屈以光耀于千秋。是则明社之亡同于唐宋，而尚赖东林一席，足为一代西山之红日，积阴之斜晕。(91)
    说到东林诸君，王心敬给予顾宪成的评价极高，甚至将其比作宋代之程颢，只可惜天不假年，明代无福：
    至若邹忠介元标，顾端文宪成，高忠宪攀龙，冯恭定从吾，孟云浦化鲤，皆不愧曾子所谓士之弘毅者也，而顾端文志量倍加宏矣，而年不永，位未高，犹昔人所谓伯淳无福，宋代无福乎(92)！