《明史》的纂修时间漫长，在没有最终完成的情况下，增祀明儒于孔庙显然不可能，康熙二十年(1681)，王士祯任国子监祭酒，曾上疏请以明儒曹端、章懋、蔡清、吕枘、罗洪先增祀孔庙，疏下部议，最后康熙帝决定，“俟《明史》告成核定”(93)。不否认清代增祀先贤先儒于孔庙开始于康熙五十四年(1706)，这一年准以宋臣范仲淹从祀西庑韩愈之次，但终康熙朝仅此一例。雍正二年(1724)有一次空前规模的从祀大典，清世宗命增复祔饗先贤先儒，于是廷臣集议，宜复祀先贤四人，增祀先贤六人，复祀先儒二人，增祀先儒十四人，共计历代贤儒二十六人。在增祀先儒的十四人中有明儒蔡清、罗钦顺，这是自清朝开国以来第一次将明儒从祀孔庙，而蔡、罗二人均为明中期之人(94)。乾隆一朝仅准元儒吴澄复祀(95)，明儒只有刘宗周、黄道周于乾隆四十一年(1776)分别赐谥忠介、忠端。这时理学已成强弩之末，学术界的思辨风气业已荡然无存，兴盛一时的所谓“乾嘉汉学”将知识分子引入穷经证古的道路，嘉庆皇帝继续遵循前朝的思想禁锢政策，在位期间无崇祀历代先贤先儒之举，这在康熙以后历朝绝无仅有。纵观顺治、康熙、雍正、乾隆、嘉庆五朝，清廷对明儒从祀孔庙一事慎之又慎。
    乾隆四年，钦定《明史》修成，遗憾的是这部官修史书没有完全改变一些人对东林及复社的不良看法，这一点可以从方苞《书杨维斗先生传后》一文中得知，他说虽然《明史》已成，“惟逐秉谦屏吕、钱之义，与泾阳之显明臧否，至今为淫辞所蔽晦”。(96)距崇祯皇帝钦定逆案110多年过去了，官修《明史》已成，但对顾宪成等人的偏见仍然未能消除，这使顾宪成从祀孔庙变得十分渺茫。然而这还不是起决定作用的因素，起决定作用的是乾隆皇帝对东林书院讲学的彻底否定。
    四 清高宗对东林讲学的彻底否定
    (一)清高宗的自相矛盾处
    乾隆四十三年(1778)，清高宗在《钦定四库全书·东林列传》的御题中完全否定了东林讲学的积极意义，他说：
    不能守祖业，徒以国亡殉节为有光，有是理乎！即如东林诸人，始未尝不以正，其后声势趋附，互向标榜，柔杂混淆，小人得而乘之，以起党狱，是开门揖盗者，本东林之自取，迄明亡而后已。
    又说：
    有讲学必有标榜，有标榜必有门户，尾大不掉，必致国破家亡。汉、宋、明，其殷监也。夫至国破家亡，黎民受其涂炭者，不可胜数，而方以死节殉难者，多为有光于古，收讲学之效。则是效也，徒成其为害。真所谓国家将亡，必有妖孽而已……陈鼎此书……其邪说背理，则不可不揭正。(97)
    清高宗的御题，从东林诸人“始未尝不以正”，直到“国家将亡，必有妖孽”，层层偷换概念，有意颠倒是非。他首先将“不能守祖业”的责任归咎于东林，这本身就不符合事实。接着又指责东林“徒以亡国殉节为有光”而不及其余，东林诸人一向躬行实践，并非“徒以亡国殉节”，此又大谬。小人“以起党狱”是不错，但并不是因为柔杂混淆而起党狱，而是矛头一开始就直指顾、高、杨、左等诸君子，受迫害的东林党人有几个是趋附之徒？因而所谓“开门揖盗”、“本东林之自取”云云，乃无稽之谈。讲学“必致国破家亡”，岂不是说明亡是由于讲学，具体说是由于东林讲学所致，如此说来，齐、宣、崑、浙各党的卑劣行径，崔、魏阉党的倒行逆施以及温体仁的误国误民又将如何看待？众所周知，汉、宋两朝的覆亡并非由于讲学所致，冯从吾在驳斥朱童蒙等人对首善讲学的诋毁时就曾上言：“宋之不竞，以禁讲之故，非以讲之故也”(98)。“以死节殉难”是由于“收讲学之效”，这本来是正确的，但乾隆帝反而说“则是效也，徒成其为害。真所谓国家将亡，必有妖孽而已”，于是以身殉国成了“害”。而“妖孽”所指为何？是东林讲学之人还是魏阉及奸党？语焉含混，不知所云。
    《御制题东林列传》作于乾隆四十三年，而仅在三年前，即乾隆四十年(1775)十一月，清高宗遵循顺治皇帝赐谥范景文等二十位殉难明臣之先例(99)，决定依据《明史》并参以《大清一统志》及各省通志等书，命大学士九卿等官员详查集议，对明季其他“尽节诸臣”一律予以赐谥褒奖。他说：
    当时(顺治朝)仅徵据传闻，未暇遍为搜访，故得邀表章者只有此数。迨久而遗事渐彰……如史可法之支撑残局，力矢孤忠，终蹈一死以殉。又如刘宗周、黄道周等之立朝謇谔，抵觸佥壬，遭际时艰，临危受命，均足称一代完人，为褒扬所当及。其他或死守城池，或身殒行阵，与夫俘擒骈僇，视死如归者……皆无愧于疾风劲草，即自尽以全名节，其心亦并可矜憐。虽福王不过仓促偏安，唐、桂二王并且流离竄跡，已不复成其为国，而诸人茹苦相从，舍生取义，各能忠于所事，亦岂可令其湮没不彰……诸生韦布及不知姓名之流，并能慷慨轻生者，亦当令俎豆其乡，以昭軫慰……良将如刘綎、杜松等皆没于阵……孙承宗、盧象升等之抵拒王师，身膏原野；而周遇吉、蔡懋德、孙传庭等以闯、献蹂躏，遇贼亡身，凛凛犹有生气。搃由明政府不纲，自万历以至崇祯，权奸接踵，阉竪横行，遂至黑白混淆，忠良泯灭，每为之切齿不平。(100)
    乾隆四十一年，大学士舒赫德、于敏中等奉敕将明朝殉节应谥诸臣姓名及事迹勒为一编上呈，清高宗命名为《钦定胜朝殉节诸臣录》，宣付武英殿刊刻颁行“用以垂示久远”(101)。该书列明季“仗义死节者”三千六百余人，分别予以专谥、通谥。通谥又分为“忠烈”、“忠节”、“烈愍”、“节愍”。至于“微官末秩、诸生韦布、及山樵市隐”等姓名无考者，不能一一议谥，则并入所在忠义祠(102)。所列殉节者，各按“封疆殉节”、“甲申殉节”、“福王殉节”、“唐王殉节”、“鲁王殉节”、“桂王殉节”、“寇难殉节”分类。在予谥和褒奖的诸臣中，东林党人和复社成员占有相当大的比例(103)。清高宗又亲自题诗并作序冠以卷首，给予殉节诸臣极高的评价：
    各能忠于所事，不可令其淹没不彰。特敕大学士九卿等稽考史书核议，予谥入祠，以诏轸慰……夫以明季死事诸臣多至如许，迥非汉、唐、宋所可及。录而旌之，亦累朝所未举行，似亦足以褒显忠贞，风励臣节。
    其诗赞曰：
    信史由来贵瘅彰，胜朝殉节与羶薌。五常万古既云树，潜德幽光允赖扬。等度早传辽及宋(宋李若水从钦宗至金营不屈而死，金人相与言曰：“辽国之亡，死义者十数，南朝惟李侍郎一人”)，后先直邁汉和唐。诸臣泉壤应相庆，捨死初心久乃償。(104)
    三年后，他不仅将明亡归咎于讲学，还指责死难之人“不能守祖业，徒以国亡殉节为有光”，前后两论，其意相悖；前论较客观，后论逻辑混乱。