朱元璋废除丞相制度，以六部分领庶务，六部权重一时，而后内阁生成，承担代替皇帝草拟诏令诰敕，起草批复奏章的“票拟”工作，致使阁权渐重，至洪宣之后，其首辅“偃然汉唐宰辅，特不居丞相名耳”（注：《明史》卷一○九。）。在让内阁“票拟”的同时，皇帝又使用宦官司礼监太监代替自己“批红”。因此，内阁虽号辅政，但往往要受宦官的钳制，实际上形成双轨辅政机制。在这种情况下，首辅权势大，则宦官阿谀首辅；宦官权势大，则首辅奉承宦官，两种机制的实权迭相消长，既相互排斥又紧密勾结和配合。这两种权势虽都集在中央，但其能量却不局限在京城一隅，而是直接影响全国，势必也会影响到州县官的施政行为。如严嵩专权，“虽州县小吏，亦以货取抚按之岁例，致有司递相奉承，而民财日削”。阉宦魏忠贤专权，天下为之建生祠。这些无不影响到州县官的施政行为以及为官作风。清代史学家赵翼在谈明代货贿问题之时指出：“是可知贿随权集。权在宦官，则贿亦在宦官；权在大臣，则贿亦在大臣。此权门贿赂之往鉴也。”（注：（清）赵翼：《廿二史劄记》卷三五。）这些权臣巨珰，凭借皇帝的权力，舞权弄法，顺昌逆亡，其影响范围自然波及全国，而州县官亦不免卷入其流。
    中央部院事权所在，对州县事务既有指导又有干涉。仅以经费来说，“由宗庙以至庶司百府，咸取给之，（州县）若日入不为额，而出焉无经，畴能谋之耶？”（注：（明）沈榜：《宛署杂记》，卷一五。）额定的经费，分文不能少，按季奏报（注：（明）祁彪佳：《祁彪佳文稿》载《祁忠敏公揭帖》。）；尚有常例，更是耽误不得；而各种名目的需索，则难以名状（注：（明）沈榜：《宛署杂记》，卷二○。）。至于部差、院使等奉部院之命行于各地的，其当冲要的县，对于这些差使，“正官无远近必亲往，加以奔走守候，尊卑酬应，带星往返，惟日不给，是劳之不暇节，非廨之不广也”（注：（明）沈榜：《宛署杂记》，卷二。）。仅是应酬就使州县官难有精力办理本地事务，更何况这些差使并非仁人君子，欺凌需索又乃是常事。在朱元璋重典治吏时，差使人越礼犯分的问题就很突出，朱元璋把此列入《大诰》，明令“若六部、都察院、在京诸衙门及驾前校尉、力士、旗军、行人等，非捧制书，止受批差，敢有似前越礼犯分者，许所在长官实对入递”（注：《大诰·差使人越礼犯分第五十六》。）。但这些差使都是奉公事而出，且以所在权力轻重为软硬。软者以诽语伤之，见报于将来；硬者以强势胁之，见报于当时（注：（明）王世贞：《觚不觚录》。）。即便是遇到强项之令若海瑞者，将欺凌之事付诸公案，其差使人之罪也仅是公罪，最多是杖六十而已（注：《明律》卷一二《礼律·公差人员欺凌长官》。）。处分从轻，实际上是承认这种以公事而横行于州县差使人的不良行为是合法的，州县官逢迎自然也是难免，这不但败坏官场风气，而且影响到州县政治。
    阁臣、貂珰、中央部院，虽与州县有关，但毕竟还不是直接统帅，中间还相隔一定距离。故此，虽事关州县官的前程，尚不至使州县官立见荣辱。直接关系州县官切身利益和荣辱的，当然是与地方事务有关的督抚、巡按、藩、臬、道、府、州等职在考察督责的监察官员和上司们。
    明代督抚制度经过一个萌发、形成和发展过程，在中叶以降，基本形成制度，其名虽列在督察院系统，而实际已起到地方大吏的作用。嘉靖时，“凡徭役、里甲、钱粮、驿传、仓库、城池、堡隘、兵马、军饷及审编大户、粮长、民壮、快手等项地方之事，俱听巡抚处置。”（注：《明会典》卷四○。）成为地方上举足轻重的重要职官。总督成为制度比巡抚制度要晚一些，此职一出现就具有“总领一方，节制文武”的权力，后来发展到“巡抚以下并听节制”（注：《明史》卷二○四。）。督抚制出现以后，藩、臬二司考察所属，均要经过督抚审定，然后再申送部院。更何况“督抚带风宪之衔，不独地方利弊可言，即朝廷大政无不可入告”（注：（清）孙承泽：《天府广记》，卷二三。）。在地方事权相对集中在督抚身上，尤其是在地方官的考课和弹劾决定权基本操之于手的情况下，州县官不得不畏之如虎。本来州县正官参谒督抚不行跑拜礼，按海瑞所讲，同为官员，彼乃“长兄弟”而已，但自督抚基本定制以后，“守令不问贤不肖，惟以奉承为臧否，跪拜频仍”（注：《明经世文编》卷一○○○。）。更有甚者乃“卑谄无所不至”（注：《明史》卷三○六。）。在这种情况下，州县官的施政，既使是督抚不加左右，州县官也难免望风承应。
    巡按是都察院派遣出巡地方的监察御史，其“代天子巡狩，所按藩服大臣，府州县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断”（注：《明史》卷七五。）。论级别，巡按御史不过正七品，与知县级别相同。但其“任纪纲之职，受耳目之寄，纠劾百僚，肃清庶政。巡按一方，则御史朝廷所差，序于三司之上”（注：（清）孙承泽：《天府广记》，卷二三。）。其位既尊，其权更大。按巡按出巡事宜规定，其有倚重监司、分道巡历、委任府佐、审取官评、督责县令、整饬纪纲、详慎审录、亲审词状、拿问官员、严禁访察、躬行节俭等十余种权力，几乎涉及所有地方事务。尤其是纠劾督责、拿问审评之权，不但直接关系到州县官的施政，而且关系到州县官的命运。如天顺朝，李纲巡按浙江，劾去官吏至四百余人（注：《明史》卷一五九。）；嘉靖朝，胡宗宪巡按口北、湖广、浙江，所到无不举劾和荐举“有司官员”，且直接提出处理意见，并且对布政使以下的府、州、县官员施加评语、考定政绩（注：参见日本德山毛利家藏《三巡奏议》。）。巡按直隶的李新芳因小误竟笞广平知县周谧，知府报不平，李新芳竟派遣推官去擒知府，且能调兵三千以助（注：（明）朱国桢：《涌幢小品》，卷二五。），可见巡按之权势显赫。
    藩、臬二司，即承宣布政使司和提刑按察使司。其“布政使掌一省之政，朝廷有德泽、禁令，承流宣播，以下于有司。凡僚属满秩、不称职，廉其称职，上下其考，报抚、按以达于吏部、都察院。”“按察使掌一省刑名按劾之事。纠官邪，戢奸暴，平狱讼，雪冤抑，以振扬风纪，而澄清其吏治。大者暨都、布二司会议，告抚、按，以听于部院”（注：（清）孙承泽：《天府广记》，卷二三。）。他们是本省的主要长官，也是本省州县的顶头上司，自然操州县于手中。在明前期，二司权力很大，如洪武十八年，浙江按察使陶晟，“将会稽县知县凌汉，吹毛求疵，入狱收监五月有余，有罪无罪，并不与决，故意枉禁凌汉”（注：《大诰续编·枉禁凌汉第三十一》。）。明中期以降，抚、按权重，二司渐变为承行之官，但在例行公事上，仍左右着州县。