从以上文字可以看出，杨氏以上对“耶稣遗孽”及其“妖书”论点的批判，维护中国民族文化“道统”的观念颇为明显，杨氏仅仅以大清接“三皇五帝之正统”，清儒辅相“周公、孔子之道统”为据来反驳耶稣会士的种种论点，未免和耶稣会士以宗教史和中国史进行简单“嫁接”类似，由于耶稣会士和清儒均对于对方文化缺乏实质性的接触和义理疏通，双方各执一端，自说自话，因而辩论基本不具有严格意义上的学术价值。以后，随着辩论的益趋激烈，清儒开始自觉寻找具有“说服力”的证据，尝试性地从义理方面对耶稣会士的论点进行反驳。(54)杨氏从中国道家哲学“无，名天地之始；有，名，万物之母”(55)及“天下之物生于有，有生于无”(56)的理论出发，反证“天主属无”；杨氏接着反驳说：“设天果有天主，则覆载之内四海万国无一而非天主之所宰制，必无独主如德亚一国之理”。显然，杨氏的反驳，仍站在中国文化立场上，运用中国哲学思维，“论证”天主“独主一国”之谬。显然，这仍有将中国文化和哲学思维强加给耶稣会士的感觉，也很容易让对方找到把柄，从而招致对方的反击。以下，杨氏又从年代学方面寻找“证据”，以证“天主即是耶稣”之“无稽”：
    天主欲救亚当，胡不下生于造天之初，乃生于汉之元寿庚申?元寿庚申，距今上顺治己亥，才一千六百六十年尔。而开辟甲子至明天启癸亥以暨于今，合计一千九百三十七万九千四百九十六年。此黄帝《太乙》所记。从来之历元，非无根据之说。太古荒都不具论，而天皇氏有天干之名，伏羲纪元癸未，则伏羲以前已有甲子明矣。孔子删《书》，断自唐虞，而尧以甲辰纪元。尧甲辰距汉哀庚申，计二千三百五十七年。若耶稣即是天主，则汉哀以前尽是无天之世界，第不知尧之钦若者何事，舜之察齐者何物也；若天主即是耶稣，孰抱持之而内于玛利亚之腹中?齐谐之志怪，未有若此之无稽也!(57)
    在我们今天看来，杨氏所依《太乙》等文献所记中国上古年代数，是否“非无根据之说”，暂不作论定，但其敏锐地发现天主教纪年和中国上古代年代数之间存在着难以调和的矛盾，则绝非毫无根据的信口乱说。事实上，杨光先的“经典”根据，和天主教的“年代学”根据同是一类，“都是神话传说，并非确凿的事实”(58)，“但是，从中国的经典中寻找更早的创始年代，确实是打击天主教的最佳策略”。(59)除此之外，杨光先还批判利玛窦“历引中夏《六经》之上帝，而断章以证其为天主”(60)，则亦击中李祖白等耶稣会士征引中国儒家经典以证“中国之教，无先天学”论点之要害。
    综上所述，明末清初，耶稣会士以宗教史简单嫁接中国史的种种“假说”，对于战国以来中国学者编排的从盘古到三皇五帝的古史体系及建构的牢不可破的中国上古民族文化起源本土一系说第一次提出激烈的挑战。与此同时，中国学者对耶稣会士种种假说的强烈抵制与批判，偶有击中对方要害之论，首次点燃了西学东渐初期中西民族文化碰撞、会通的星星之火。然而，由于中西方学者均对于对方文化缺乏实质性的接触和义理疏通，耶稣会士的“假说”和来自中国学者的强烈抵制与批判，多缺乏严格意义的学术价值，辩论双方均未建立起令对方完全信服的融通中西的中国民族文化形成和发展理论。激烈的辩论背后，中国民族文化起源的中西“道统”之争，旨趣格外明显。
    三、清初耶稣会士对中国学者批判的反击及“西学中源说”的流行
    清初杨光先等对耶稣会士假说的激烈批判，最终引发清初历史上的“康熙历狱”事件。事件平息不久，耶稣会士继续对杨光先等人的批判进行猛烈回击，从而将明末以来中国民族文化起源的中西“道统”之争，不断向前推进。
    在《不得已辩》中，利类思针对杨光先“天设为天主之所造，则亦快然无知之物矣，焉能生万物有哉”的发难，予以新的解释，在利类思看来，“天”可以区分为“有形象”的“苍苍之天”和“无形象”的“主宰”，“无形象之天”即“主宰”，“先我而无元，为万有之根源”。(61)如是利类思将“天”加以区分，并加以发挥，巧妙地回答了杨光先的发难。利类思还批判杨氏“天主虽神，实二气中之一气。以二气中之一气，而谓能造生万有之二气”的论点之“自相矛盾”、“悖谬”、“荒悖殊甚”。(62)
    利类思以“神为有灵，气为无灵”作为反击清儒“天主虽神，实二气中之一气”论点的立论基础，突出强调“天主者，万有之初有也”，“一切万有有形无形，悉出于此，是为天主”，并在此基础上力驳清儒“天主虽神，实二气中之一气”论点之“荒悖殊甚”。此外，利类思还用大量篇幅反驳清儒“所谓无始者，无其始也。有无始，则必有生无始者之无无始；有生无始者之无无始，则必又有生无无始者之无无无始。溯而上之，曷有穷极?而无始亦不得名天主矣”之“大谬”(63)；批驳清儒“误以无始为天主，则天主属无而不得言有”之论“更谬”(64)等等。其中，更应值得注意的，则是利类思对清儒中西年代数论点的反驳：
    中国自伏羲以后，史书载有实据，自此以前，尚数万年多难信者。盖羲轩尧舜之时，生人至少，岂有数万年之久乎?……南轩氏论尧舜以前之事，曰其中多有不经；又曰作史当自伏羲造端无疑也。太史公曰：“夫神农以前，吾不知矣。”《纲鉴》亦曰：“不信传而信经，其论始定。”今吾据经载，自帝尧迨顺治元年，正四千年，此与六经义不远，而与天主经相合。由此而知，“天皇氏有干支之名，伏羲纪元癸未”，皆外纪荒唐不经之语也。(65)