这里首先就朱子升配与所谓文化思想控制的关系作一点简要的讨论。文化和思想的控制不是仅通过简单地提倡某种理念和学说就能做到的，需要一系列的手段来保证提倡者事先预期的接受者能够服从和接受它们。例如，元明以来强化理学的独尊地位之所以成功，与理学被列为科举考试的标准答案关系密不可分，没有这样一个硬性的制度保证，理学此后是否能产生深远影响亦未可知。(42)但是，即使是这样的制度保证，也没有阻止理学在明中叶后的衰落和阳明心学的崛起。而且，这种衰退直到康熙时代仍然没有停止。目击这个变化的著名古文家方苞在《再与刘拙修书》就感慨道：
    夫学之废久矣。……浙之东，则黄君梨洲坏之；燕赵之间，则颜君习斋坏之。……二君以高名耋旧为之倡，立程朱为鹄的，同心破之，浮夸之士皆醉心焉。(43)
    而根据王汎森先生对清初讲经会在北京活动的精细勾勒，我们不难发现，当时以批判理学、强调经世致用的讲经活动在康熙中期的北京非常活跃，甚至得到满汉高层官员的支持和赞助。(44)而朱子升配只是宣示皇帝和朝廷口头上推崇什么思想，没有明确地说明如何惩处和奖赏那些朱学的信奉者和反叛者。以这种方式发出来的整合思想的努力，显然是徒有其表，没有任何可行性和震慑作用。结果，如下所论，即使在朱子升配的决定颁行全国后，以攻击理学而著称的颜李学派依然为北京王公高官青睐有加(详后)。
    更糟糕的是，康熙本人对朱学心口不一的态度及其在臣民面前的毫不掩饰，进一步削弱了朱子升配对文化思想界可能拥有的整合意义。时下不少论者，在谈及康熙和理学的关系时，总是因为康熙诸多对程朱称颂又加的文字，就认定康熙尊信理学。这些文字固然可以证实康熙在公开场合和口头上对朱熹的肯定，但是，就此推论康熙尊信之，而对其对理学的心口不一之处很少注意。其实，研究这种心口不一之处更能反映清朝和理学的真实的关系，揭示理学与清朝专制政权内在的和天然的矛盾。程朱理学与现代极权主义(如纳粹德国的国家社会主义)有巨大的不同。它不是清朝执政集团自我建构自我垄断其诠释权的话语体系，而是在清朝统治确立前就已经成熟定型的思想体系。不管其中有多少内容满足专制皇权巩固政权的需要，但是，由于其产生发展的背景和语境不同，许多内容与清廷和康熙本人的政治目标不相吻合乃至冲突。有鉴于此，康熙即使口头上声称朱熹之学如何完美无缺，事实上在多大程度真正认同，仍是一个需要通过具体的个案分析才能准确回答的问题。这里。笔者以两个事例来考察康熙和朱学关系的实相。
    如前所述，李光地极度不满康熙中叶以来大量编修刊行有关诗文的典籍，对于理学“道理”忽略不见。李光地牢骚所体现的，可以说是最正统的理学观念。从程朱以来，不论他们个人留下多少诗文之作，他们对于文章之学的关系有一个牢不可破的见地，那就是文以载道，文章只是一种工具，相形之下，对于程朱学术义理的体悟和实践才是学者最重要的工作，沉溺于辞章不仅无助于内在心性道德完善，反而是通向这条道路上的羁绊。因此，朱子和二程并不支持士大夫在辞章之学上花费太多精力。(45)而康熙自中叶后，却重用徐乾学、高士奇等对程朱理论毫无兴趣之人，大量编纂各类辞章之书。康熙这样做，有自己的用心，那就是要显示清朝文治之盛大，强调清朝统治的合法性，同时拉拢江南士大夫群体。很显然，在理学的心性伦理和现实功利目的之间，康熙更偏向于后者。
    这同样体现在康熙对朱子华夷观念的看法。如前所引，康熙虽然在朱子升配案的有关诏书中认为朱子“发明圣道，轨于至正”，但是，其内心深处，未必真如此认为。朱子的华夷观念，就让他忧心忡忡。在这方面，李光地的《榕村续语录》提供了其他文献没有的重要细节。该书卷七有言：
    大冶(余国柱)、北门(郝惟纳)欲倾孝感(熊赐覆)，遂先打朱子，孝感并不痛。说朱子做《纲目》，贬夷狄，尊中国，骂金人。皇上最不平是《续纲目》夺元朝之统。(46)
    这里提到的“说朱子做《纲目》，贬夷狄，尊中国，骂金人”，都是在现存其他清代公私文献找不到的细节。这些细节正好透露了康熙中期理学在朝廷的真实地位。余国柱等人公开在朝堂之上攻击朱熹，特别是其华夷观念，显然有康熙的默许甚至纵容、指点。其中提到的《续纲目》，是朱子《通鉴纲目》的效仿，康熙对之不满，其实是间接表达对朱熹的有关学说的不接受。这样的朱熹学说，绝不是康熙认同和接受的。
    由此可见，康熙对朱子学，绝不是如其朱子升配案有关谕旨中所体现的那样虔敬，相反，他在实际的政务中有巨大的保留和拒绝，甚至不惜默许、纵容朝臣公开攻击。这种功利主义的朱学姿态，还有意识地展示在他晚年所编的两部官修理学大著《性理精义》和《朱子全书》二书中。有关前者的学术宗旨，陈荣捷先生在1980年代已经有详细精湛的分析，根据他的研究，该书是以经世致用为宗旨而编著的。(47)至于《朱子全书》，虽然迄今为止，还没有专门的研究讨论，但是，如果看其宗旨和篇目安排，不难发现它和理学正统的背离。《朱子全书·凡例》言：“《语类》及《性理大全》诸书，篇目往往以太极、阴阳、理气、鬼神为弁首，颇失下学上达之意。”(48)因此，这部分内容完全被放在四书五经之后。太极理气阴阳学说是宋明理学之所以成立的根据，也是宋明儒学不同于汉唐儒学和一般道德解释的关键所在。宋儒注经的特点也在于以性理心命理论来解释儒家经典。宋学中心虽然以伦理道德实践为旨归，但其核心则在于阐释心性理气的义理体系。朱子本人甚至强调，没有对性理心命的哲学体悟和理解，就没有真正坚实和正确的伦理实践。(49)因此，明代理学以宋儒义理之学为中心编注理学典籍，才是对理学真正的承袭和弘扬。(50)《朱子全书》开篇就在《凡例》中贬斥朱子心性之学意义和价值，把理学理气理论置于经书注解之后，就是因为这些理论和康熙的政治功利需要不相吻合。李光地《进校完朱子全书札子》：
    《性理》《语录》诸书所分门目，原以理气、太极、阴阳为首，臣面奉天语：“朱子平生功夫在《四书》《六经》，须以《四书》《六经》为首。”臣仰见睿识高卓，远出宋元明诸儒万万，片言之下，遂令朱子之书规模一新矣。谨遵以序列编端，继以分门云。(51)