万历末年，由于香山参将的设置，海防同知的职权削弱，有关澳门税务之事主要由市舶司官员掌管。霍与暇言：
    澳门番船，外国宝贝山积，皆县官司榷课。（注：（明）霍与暇《勉斋集》卷十一《贺香山涂父母太夫人六十一序》。）“县官”即香山知县。崇祯时李侍问言：
    香山澳税隶市舶司，而稽察盘验责于香山县。（注：（明）李侍问《罢采珠池盐铁澳税疏》，载乾隆《广州府志》卷五十三《艺文》五。）又载：
    彝商贸易船之去来，呈报则有澳官，饷之多寡抽征，则有市舶司，本县於其丈量抽征之间，而稽核之类。（注：（明）李侍问《罢采珠池盐铁澳税疏》，载乾隆《广州府志》卷五十三《艺文》五。）可见，澳门之征税工作主要是由市舶司担任，香山县令只是在抽征完毕后去检查验实而已。
    这里还须指出的是，广东市舶司于万历十九年在香山境内设立了一间“抽盘厂”：
    （万历十九年十一月壬午）总督两广侍郎刘继文备防倭条议：……至澳夷内集，恐虞不测，合于澳门外建抽盘厂於香山大埔、雍陌地方。（注：《明神宗实录》卷二四二万历十九年十一月壬午条。）据《小榄镇初志》载：
    明嘉靖三十六年，葡占澳门后，澳门的租金在小榄慈恩大庙的都司衙门座收。（注：中山市小榄镇志编写组编：《小榄镇初志》。）万历十九年正式组建“抽盘厂”。设在大埔（当作“圃”）、雍陌一带，即在香山县丰乐乡谷字都，（注：（清）申良翰《香山县志》卷二《建置志》。）小榄是代表香山县对澳征收每年的地租银500两， 而抽盘厂则是代表市舶司对澳门番舶征收税银。可以反映当时市舶司的主要职能机构均在香山。康熙《香山县志》卷五：
    时，外裔贡方物，自香山入京，典其事者失封缄。（注：（清）申良翰《香山县志》卷五《宦绩志》。）外商进贡，亦得由香山“封缄”入京，可以反映由于当时明朝的对外贸易均集中在澳门，所以，广东市舶司的主要职能部门均设在香山。田生金《报暹罗国贡疏》称：
    据广东市舶提举司呈报，暹罗国贡使到省，……又经牌行广州府会同市舶提举司查报，随据该府申称，行准本府清军厅关称，奉文会市舶提举司复验进贡夷船，缘刘提举先往香山未回，该职亲贡船复验。（注：（明）田生金《按粤疏稿》卷五《报暹罗国进贡疏》。）这一条材料则更明确的证实，虽然广东市舶司之机构还在广州，但当时的主要职能部门则在香山，甚至市舶司的第一把手“刘提举”亦“先往香山未回”。所以，对贡舶的复验工作则由广州府的清军厅关执行。直至万历四十一年，李凤病危去职，再加上朝野士大夫对内臣监税的反对，太监钦差逐渐退出了广东市舶之职掌，而市舶司离开了内臣特殊权力，则又变成了一有职无权的机构。虽至明末，广东市舶司仍然存在，但其职掌则多由海道副使来兼领，前所言之“广东巡视海道兼市舶事李士琏”即为明证。
    市舶司的主要职能机构虽在香山，但市舶司在澳门城内亦设有类似海关的机构进行管理。万历时，郭尚宾言：
    又派之濠镜澳货二万两，榷解十余年以来，商民皮肉已尽，脂髓并穷。（注：（明）郭尚宾《郭给谏疏稿》卷一《粤邦独苦税金疏》。）《神宗实录》卷五七六：
    先年市舶于澳，供税二万以充兵饷。（注：《明神宗实录》卷五七六万历四十六年十一月壬寅条。）这“二万两”白银的税收是以何种方法榷征的呢？陈吾德《条陈东粤疏》：
    夷人只许在澳上交盘，不许引类径至省内。各处把海把澳官兵严戢百工商贾，遇有阑出，多方设法侦捕。（注：（明）陈吾德《谢山楼存稿》卷一《条陈东粤疏》。）“澳上交盘”即是在澳门港口进行抽分征税。时人霍与暇亦言：
    诚能於五月间，先委定广州廉能官员，遇夷船一到，即刻赴澳抽分，不许时刻违限。……於六月间，先责令广州府出告示，召告给澳票商人一一先行给与，候抽分官下澳，各商亲身同往，毋得留难。（注：霍与暇《勉斋集》卷十一《上潘大巡广州事宜》。）如澳门无海关，抽分官下澳如何盘查，如何丈抽，如何去收税。很明显，明政府应该在澳门设立过类似海关的机构负责澳门具体的征税。并不如黄启臣先生所言：“从嘉靖三十二年至康熙二十三年，似乎未设置有专门的海关机构和专官负责舶税的征收，而是广东市舶司责成守澳官和香山知县负责的。”（注：黄启臣：《澳门历史》，第169页。 ）我们从前面之论述即可证黄氏之说不确。学问长于考证的桂文灿在《广东图说》中称：
    万历初，因设海关于此（澳门）。（注：（清）桂文灿《广东图说》卷九《香山县》。）澳门土著学者亦称：
    澳门街，古只称大街，即今之营地大街也。昔时该街之两端，各设闸门一度，东曰：“石闸门”，西曰“红窗门”，中国设关扼守。所以石闸门外，今有关前街， 而红窗门之街名， 今葡文译作Alfandega -Ruada，即关卡也。 （注：章憎命《澳门掌命》之《澳城记》，《澳门日报》连载，1961年6月13日。）施白蒂《澳门编年史》：
    1597年（万历二十五年），中国海关第一次在澳门海域追捕葡萄牙船只。（注：施白蒂（Beatriz A.O.Basto da Silva）《澳门编年史》（中译本）之《十六世纪澳门》第17页及第28页，澳门基金会 1995年7月版。）张天泽《中葡早期通商史》亦称：