除此之外，海防同知还要对澳门之行政工作进行管理，前引郭棐书：
    近者督抚萧陈相继至，始将诸夷议立保甲，听海防同知与市舶提举约束。（注：（明）郭棐《广东通志》卷六九《番夷》。）清人王植《香山险要说》：
    前明著令，每月中六启闭，设海防同知、市舶提举各一员，盘诘稽察。（注：（清）王植《崇德堂稿》卷二《香山险要说》。）不仅要负责澳门的“盘诘稽察”工作，而且还要在澳门诸夷中订立保甲制度，直接对居澳葡人进行管束。可以反映从隆庆初到万历末年，海防同知在香山雍陌的驻扎，其对澳门的管治权逐渐取代了其上司海道副使，实际上，这一段时间海道副使已将实际对澳门的管治权移交给了海防同知一职。正如《澳门记略》所言：
    海道副使，其属有海防同知。（俞）安性复条具五事，勒石永禁，与澳夷约，惟海防同知命。（注：（清）印光任、张汝霖《澳门记略》卷上《官守篇》。）万历二十九年，广东税使李凤赴澳门索贿，激变澳夷，酿成大乱，赖“署印汤同知出示安抚”，才将事情平息（注：（清）印光任、张汝霖《澳门记略》卷上《官守篇》。）。反映当时澳门同知在对澳门的管理中确实起了十分重要的作用。到万历末年，广州海防同知一职曾要求裁撤，其原因主要是因为香山参将的设立。万历四十六年，正式设立参将府。“调千人守之”。（详见下说）由于香山参将亦有从水陆两路对澳门进行防范与稽查之责，故海防同知一职已成无用。万历四十六年（1618年）两广总督许弘纲、巡接御史王命璇联合上奏，要求裁撤广州海防同知：
    其广州海防同知，原议驻扎雍陌，今似可以无用，并乞束下兵部复议，从之。（注：（明）朱吾弼《皇明留台奏议》卷十四《参粤珰勾夷疏》，苏州图书馆藏万历三十年刻本。）兵部复议后，似乎没有同意裁撤，故至明末崇祯十三年时还有“海防解同知”到澳门处理澳事之记载，可证，海防同知一职一直保存至明末，但海防同知对澳门职权明显削弱不少。
    四、设关闸把总与前山参将
    最早议设关闸是在嘉靖末，庞尚鹏疏云：
    议者又欲将濠镜澳以上、雍麦村以下山径险要处设一关城，添设府佐臣一员，驻扎其间，委以重权，时加识察，使华人不得擅出，彝人不得擅入。（注：（明）庞尚鹏《百可亭摘稿》卷一《抚处濠镜澳夷疏》。）这一建议在万历二年（1573年）得以施行。《澳门记略》：
    万历二年，建关闸于莲花茎，设官守之。（注：（清）印光任、张汝霖《澳门记略》卷上《官守篇》。）暴煜《香山县志》卷八：
    明万历二年设关闸，委官守之，每逢一、六日开关，岁放米石，每月六启闭。广肇南韶道发封条六道，令文武官会同验收，事已关闭。（注：（清）暴煜、李卓揆《香山县志》卷八《濠镜澳》。）裴化行《天主教十六世纪在华传教志》亦称：
    1574年，中国当局靠土腰的最窄处--莲花茎，筑起一道高墙，中间留有一道大门，门上置有岗警。大门每隔五日开放一次，专为彼此交易，以后改为十五日开放一次。除规定的时间外，门上贴有六道封条，上面所写的中国字大意是“孚威怀德”。（注：裴化行（H.Bernard ）：《天主教十六世纪在华传教志》（中译本》上编第123页， 商务印书馆，1936年版。）葡文资料有不同的记载，施白蒂《澳门编年史》：
    1573年，中国官员以黑人去那里偷盗为由，第一次禁止葡萄牙人进入香山岛，于是，地峡上出现了关闸，起初每星期仅开一次，后来改为天天早上开放，晚上关闭，设把总一员，第二天早晨将关闸上贴的六张封条取下。（注：施白蒂（Beatriz A.O.Basto da Silva）《澳门编年史》（中译本）之《十六世纪澳门》第17页及第28页，澳门基金会1995年7月版。）1573年即万历元年，与中文记载相差一年。高美士（Artur Levy Gomes）《澳门史略》亦确指关闸建于1573年。 （注：高美士（ Artur levy Gomes）：《澳门史略》，1954年澳门版。）郭永亮则推论，以为关闸当建于万历元年，而成于万历二年。（注：郭永亮：《澳门与香港早期关系》第20页，第四章《澳门旧城墙界考》，台湾中国近代史研究丛书。）明代关闸守官，《澳门记略》及《香山县志》均言“设官守之”，但未言何官，施白蒂却言“设把总一员”。查《明神宗实录》卷五七六：
    （万历四十六年十一月壬寅）广东巡视海道副使罗之鼎言：香山濠镜澳为粤东第一要害，以一把总统兵六百防守，无裨弹压。（注：《明神宗实录》卷五七六万历四十六年十一月壬寅条。）田生金万历四十四年后上《参防汛把总疏》：
    访得香山寨把总以都指挥体统行事。（注：（明）田生金《按粤疏稿》卷三《参防汛把总疏》。）《明神宗实录》卷五五七：
    （万历四十五年五月辛已）兵部复广东巡按田生金会同总督周嘉谟条陈六款：……议将广州海防同知出镇雍防，会同钦总官严加查察，不许违禁夹带。陆路则谨塘基环一线之关，夷商入广，验明给票，方许停泊。（注：《明神宗实录》卷五五七万历四十年五月辛已条。）“钦总官”，即“把总”（注：（明）田生金《按粤疏稿》卷三《问过钦总林荣疏》称，林荣为“钦总官”，又称林荣为“广州里海把总”。）。可见，至万历四十六年前，澳门关闸的守官最高级别即是把总，葡文资料记载是准确的，当时驻守关闸士兵有六百人。