2月29日晚，也就是蔡元培等到达京城两天后，属于曹锟第三镇的一部分士兵突然发起兵变，焚烧店铺，抢劫财物，并且很快就袭扰了专使驻地。从当晚到次日清晨，使团成员陆续逃至六国饭店集中，所带行李尽失。由于兵变发生在夜晚，袁世凯采纳了总统府秘书许宝蘅的建议，没有贸然派兵出营镇压，而是命令其他各营坚守营地，以防未变之兵亦加入抢劫。但由于清帝逊位以来，北方基本处于无政府状态，军队平日纪律涣散，加之存在兵饷被克扣或减发以及强令剪发等情况，又有宗社党人从中煽惑，土匪亦趁火打劫，结果兵变很快失去控制。3月1日、2日在京城内外接连有多处被烧抢。此后兵变又蔓延至天津、保定等地。鉴于北方局势混乱，袁既要平定叛乱，又要安抚列强，一时难以南下，蔡元培等致电南方，建议袁世凯在北京就职。3月10日，袁世凯在北京就任临时大总统。
    兵变使袁世凯成为受益者，但也给袁以沉重打击。由于发动兵变的是袁的亲信部队，袁世凯的威望不仅在国人心目中大打折扣，而且使一直对袁稳定局势的能力深抱信心的外交使团大为失望。袁不得不发出英文信函向外交团道歉。为了稳定局势，袁试图向列强提出增兵保护北京，结果遭到舆论尖锐批评。更为严重的是，原本与英法美德四国银行团达成的借款协议，也因兵变而中止，使得新政府的建立和运作遇到极大困难，在一段时间内成为一个弱势政府。
    注释：
    ①较为著名者如曹亚伯著《武昌革命真史》（1927年），邹鲁著《中国国民党史稿》（1929年），李剑农著《最近三十年中国政治史》（1930年），白蕉著《袁世凯与中华民国》（1936年），陈伯达著《窃国大盗袁世凯》（1946年），李宗一著《袁世凯传》（1980年），章开沅、林增平主编《辛亥革命史》（1981年），李新主编《中华民国史》第一卷（1982年），胡绳武、金冲及著《辛亥革命史稿》（1991年），李侃等著《中国近代史》第四版（1994年），徐中约著《中国近代史》（2002年），章开沅、朱英主编《中国近现代史》（2009年）等等。
    ②如吴相湘：《袁世凯谋取临时大总统之经过》，吴相湘主编：《中国现代史丛刊》，台北：正中书局1960年版；丁中江：《北洋军阀史话》，中国友谊出版公司1992年版；唐德刚：《袁氏当国》，台北：远流出版事业股份有限公司2002年版。
    ③《致孙中山电》（1912年3月4日），中国蔡元培研究会编：《蔡元培全集》第10卷，浙江教育出版社1998年版，第129页。
    ④《告全国文》（1912年3月11日），中国蔡元培研究会编：《蔡元培全集》第2卷，浙江教育出版社1997年版，第31-32页。
    ⑤谷钟秀：《中华民国开国史》，泰东图书局1914年版，第80页。
    ⑥谷钟秀：《中华民国开国史》，第80-81页。
    ⑦《伟晋颂领事致朱尔典爵士函》（1912年2月22日），胡滨译：《英国蓝皮书有关辛亥革命资料选译》下册，中华书局1984年版，第492页。
    ⑧《致袁世凯函》（1912年2月18日），中国社会科学院近代史研究所中华民国史研究室等编：《孙中山全集》第2卷，中华书局1982年版，第107页。
    ⑨《复章太炎函》（1912年2月22日），中国社会科学院近代史研究所中华民国史研究室等编：《孙中山全集》第2卷，第121页。
    ⑩《伟晋颂领事致朱尔典爵士函》（1912年2月22日），胡滨译：《英国蓝皮书有关辛亥革命资料选译》下册，第492页。
    （11）《朱尔典爵士致格雷爵士函》（1912年3月18日收到），胡滨译：《英国蓝皮书有关辛亥革命资料选译》下册，第490页。
    （12）《告全国文》（1912年3月11日），中国蔡元培研究会编：《蔡元培全集》第2卷，第32页。
    （13）《补录专使谈论》，《大公报》，1912年2月29日，第1张第5版。
    （14）《袁总统与唐代表之会谈》，《大公报》，1912年2月29日，第1张第3版。
    （15）《专使会议要闻录》，《民立报》，1912年3月7日，第7页。
    （16）[日]内藤顺太郎著，范石渠译：《袁世凯》，文汇图书局1914年版，第177-178页。按：此书日文本于1913年由东京博文馆印行，名《袁世凯正传》。
    （17）邹鲁：《中国国民党史稿》，民智书局1929年版，第932页。
    （18）[日]内藤顺太郎著，范石渠译：《袁世凯》，“自序”，第6-7页。