不仅如此，在蔡元培等到来前，袁世凯的长子袁克定，就已经在同袁的一些心腹幕僚和第三镇统制曹锟等密谋发动兵变，以恐吓欢迎使团，阻止袁世凯南下。第三镇参谋杨雨辰详细记述了策划过程：
    在二月二十一日（旧历正月初四日），袁世凯的长子袁克定，曾在地安门黄城根他的公馆里召集姜桂题、曹锟、杨士琦、杨皙子等人谈话。因为我是曹锟的参谋，经常跟他在各处走动。这一天，我虽没有跟随曹锟一同前去，但他们开会的情况，曹锟却在事后闲谈中向我讲过。据曹说，当时先由袁克定把南京政府的情况简单作了一番介绍，最后说到，南边坚持要大总统南下就职，大总统要走，兵权就得交给别人。……大总统只能带一标人去作卫队，至多也不能超过一协，其余的人恐怕都要裁汰调动。袁说到这里，大家都很动容，因为这是直接影响个人前途出路的事。……于是你一言我一语嚷嚷了半天，可是谁也想不出个正经主意。最后袁克定忍不住了，就说：“我看等那些专使来的时候，把他们吓回去再说。”……到了二月二十三日（旧历正月初六日），袁克定又找曹锟到他家去，这天我也去了。……袁克定又把那天所说的话重复了一遍，最后加重语气强调说：“难道大清皇上逊位，北洋军官也要逊位吗？”袁克定“启发”了半天，大家还是没有人吭声，于是曹锟就说：“我想这件事他妈的好办，只要去几个人把专使的住处一围，一放枪，大伙儿嘴里再嚷嚷：‘宫保要走了，我们没人管了’只要咱们一吓唬，他们就得跑。”袁克定听了，不住点头说：“只要你们一闹，把他们吓跑了，那就好办了。到那时候，外交团也能出来说话，不放总统南下。这样建都北京就不成问题了。”在兵变发生以后，袁世凯曾把曹锟叫去厉声申斥了一顿。据曹锟事后在闲谈中说：“那一天可把我吓坏了。宫保把我叫去，大声喝道：‘跪下。’我立刻跪下了。接着他就把两个大眼珠子狠狠地瞪住我说道：‘你摸摸你的脖子，脑袋还在脖子上长着没有？’接着把我大骂了一顿，才叫我‘滚蛋’。这么冷的天，吓得我混身是汗。我跟宫保多少年，从来没有见他发过这么大的脾气！”由此可见，袁世凯似乎不曾“密令”曹锟来一次北京兵变。（96）
    袁世凯的女儿袁静雪后来也说：“兵变的借口是反对我父亲离开北京。事后听说这次兵变的把戏，是我大哥串通第三镇统制曹锟搞起来的，我父亲事先并不知道。”（97）
    兵变使袁世凯南下就职之事戛然而止。由于制造兵变的是袁的亲信部队，袁又是兵变受益者，因此后来的人们很自然将怀疑的目标指向袁世凯。于是，南方为请袁世凯南下就职而做的种种退让被有意无意掩盖了、忽略了，袁世凯有关南下的积极表态和实际动作，则莫名其妙地被研究者看成袁世凯为导演兵变而实施的障眼法。而杨雨辰所记袁克定策划兵变一事，则又常被研究者以一种怀疑的态度，勉强解释为袁克定很可能得到了袁世凯的命令或同意，否则他怎敢擅自发动一场兵变。其实，作为袁世凯的长子，袁克定虽然没有乃父的谋略，但也久历官场风涛。袁世凯任直隶总督时，袁克定便“纳粟为候选道”。后为盛京将军赵尔巽“招入幕，参军事”。光绪、宣统间已官至农工商部右丞署左丞。在袁世凯迫清帝逊位过程中，袁克定也“与有力焉”。（98）曾在陆军部任职的恽宝惠说：“凡袁世凯的部属，皆称克定为‘大爷’，克定久随乃父左右，与北洋将领皆有交情”。（99）袁克定的妹妹袁静雪则说“他对旧时官场中的事情，非常熟悉通达，因而他在政治上也很有野心”。（100）然而，由于他平日“建言策政”，袁世凯“多不纳”，他的野心一直没有能够得到施展，为此“心辄郁郁”。（101）袁南下就职将直接威胁他和袁周围其他一些人的前途和既得利益，因此，他才利用其在北洋将领中的影响，私自策划了这样一场兵变。这当中，不能排除袁克定策划兵变，是担心袁世凯南下就职后，其“皇太子”的美梦将会破灭，因此他以袁若南下北洋军将会遭到裁减这样一种可以说得出口的煽风点火之词，挑唆曹锟等制造兵变，从而达到阻止袁南下就职的目的。袁的幕僚张一麐就曾暗示袁克定发动兵变的目的是为了“夺清帝位，效黄袍加身故事”。（102）这应该不是空穴来风。只不过清帝虽已逊位，当时尚有禁卫军护卫，袁克定的目的未能达到。
    三
    百年来几乎人人都将袁世凯视为兵变主谋，但出人预料的是，竟然没有一条令人信服的材料可以证明这一点。被研究者广泛征引的刘成禺所记“民元北京兵变内幕”，其实是一条假材料，并不能证明袁世凯就是兵变主谋。而那些可以证明袁世凯对于兵变事前并不知情的材料，则总是被研究者有意无意弃而不用。
    仔细翻检兵变后一个月内，即1912年3月的各种报刊报道及评论资料，到目前为止，还没有发现一条材料明确将袁世凯视为幕后主使，这不能不让我们怀疑长期流行的袁世凯策划北京兵变说的可靠性。在其他资料中，也只有极少人怀疑或暗示袁为主谋。如《泰晤士报》记者戴·福来萨在给莫理循的信中，猜想兵变可能性之一，是“袁策动这一事件以说明他难以到南方去，结果控制不了自己放的火”。（103）京师大学堂总监督严复在给友人的信中谈及兵变后外交团对袁的态度变化时，有“即项城亦有悔怯之萌”，“使其早见及此，其前事必不尔为”等话，（104）暗示兵变系袁所为。但不论福来萨还是严复，都是与兵变毫无关系之人，而且都未提出任何证据。
    1912年4月，胡鄂公所著《辛亥革命北方实录》出版，其中写道：“二月二十九日，予返天津。是夜即有北京兵变之事。在世凯之意，不过暗示曹锟部下士兵一二排哗变以为自己藉口而已，但影响所及，而北京、保定、天津、通州之兵亦尤而效之。是即所谓一夫夜呼，乱者四应。”（105）这大概是目前所能看到的明确将袁视为兵变主谋的最早记载了。然而，胡鄂公乃革命党人，并非知晓袁内幕之人，且兵变当时他并不在京，因此其所言并无说服力，后来研究者也未见有引以为据的。再往后，将袁世凯视为兵变主谋的，就是1916年6月袁死当月由上海文艺编译社印行的《袁世凯全传》与《袁世凯轶事》了。前书编译者不详，后书署名“野史氏”编辑。关于兵变，《袁世凯全传》写道：“袁既不愿南来，又苦无所借口，乃嗾令北京一部份之军队，以二十九日夜间顿起暴动，数日以内都城全市尽在兵匪纷扰之中，烧商店，杀良民，抢劫一空，备极残酷。”（106）《袁世凯轶事》则写道：“先是袁以南方要求甚力，却既不可，留亦无辞，正计议间，杨度忽以煽动兵变之策进。袁掀髯大笑曰：‘皙子真可儿也。’因立召统领曹锟至，密语良久，曹唯唯听命。是夜其部下兵士即四出焚掠，三日后秩序始渐恢复，然人民之生命财产损失已不可胜计矣。蔡元培、汪兆铭辈皆书生也，绝不料此事为袁之主谋。”（107）
    需要特别指出的是，上引《袁世凯全传》关于兵变的记述中，从“以二十九日夜间顿起暴动”以下至“备极残酷”一句，基本抄自日人内滕顺太郎所著《袁世凯》一书的中译本。该书中译本共有两种，一种由“江宁范石渠”翻译，上海文汇图书局1914年9月初版发行；另一种由张振秋翻译，上海广益书局1914年10月发行。关于兵变，范译本写道：“不意二十九日夜间，北京一部份之军队忽焉暴动，数日以内都城全市尽在兵匪纷扰之中，烧商店，杀良民，抢劫一空，备极残酷。”（108）张译本则写道：“然至二十九日之夜，北京一部之军队，俄然暴动，数日数夜之间，北京都城化为兵匪纷扰之衢，商厦被烧，良民被杀，抢掠一空，惨憺已极。”（109）而《袁世凯全传》中的“袁既不愿南来，又苦无所借口，乃嗾令北京一部份之军队……”一句，则在两种中译本都没有。由此可知，无名氏编译的《袁世凯全传》将袁视为兵变主谋，完全是其个人添加的内容，而且没有提供任何证据，故后来研究者绝少引以为据。《袁世凯轶事》绘声绘色地记述了杨度献策、袁世凯主谋兵变的情形，但因没有提供任何证据，同样很少为研究者引用。其中所云“留亦无辞”也非事实，袁留京有充足理由，并且数次向南方提出过，此点前文已有详细论证。30年代白蕉编著的《袁世凯与中华民国》认为兵变为袁世凯“用杨度计，嗾令第三镇曹锟所部于二月二十九日晚在北京哗变”，（110）很可能是采信了《袁世凯轶事》的说法，但同样极少为研究者征引。此后还有一些人将袁视为兵变主谋，如邹鲁《中国国民党史稿》、居正《梅川日记》以及《胡汉民自传》等等，（111）但因出自革命党人一面之词，并不能作为可靠证据。