天文二十四年（1555），对抄写时未加标点的卷三以下各卷重加标点，并与“证本”对校一遍。
    按，卷一尾记不见“康治元年”纪事，尾记中只有“以家本见合了。内大臣藤原朝臣（御判）赖长”的记载。但藤原赖长（1120～1156）康治元年八月十六日丙午条日记，则有读《五行大义》的明确记录：“《五行大义》见了，所劳疗治间，不能早速终功。”据此日记，可以确定尾记中藤原赖长读“家本”的时间为康治元年。
    据上可知，这部抄本从1142年开始，至少经过413年的漫长岁月， 经由藤原家、三善家、安倍家的许多人之手，最后由卜部兼直、兼右等加工完成。由于这部抄本保存了当时其他抄本（如：“亻本”、“或本”、“秘本”、“他本”、“本”）的大量异文（据统计达168条）， 因而在校勘上具有相当高的价值。天文本现由奈良府天理市天理大学图书馆内的吉田文库收藏（按，笔者影印和使用的就是这一抄本）。
    属于天文本系统的抄本现有两种。一为江户初期的转写本，现藏于京都的阳明文库（略称“阳明本”）；一为宝历五年（1755）卜部兼雄的转写本（按，最后完成时为宝历六年），现藏于天理图书馆内的吉田文库。
    高野本。原由高野山三宝院收藏，现收藏于高野山灵宝馆，仅存第五卷，为粘页装订的残本。在其卷末记载有“宝治二年九月中旬校点之”，“宝治二年至天保十五年，五百九十七年，此本可珍重也”等字样。据此推测，此本是镰仓时代后深草天皇宝治二年（1248）以前的古抄本。据中村璋八将之与元弘本对校，发现仅第五卷就有466处异文， 因此可推断为属于不同于通行本（包括元弘本和天文本）的一个独立版本。昭和七年（1932），该抄本由高木利太氏影印出版，同时附有内藤湖南（虎次郎）所作的解题。（注：写于昭和七年五月，现收录于筑摩书房《湖南文存》卷五，题为《古钞本五行大义残卷跋》。）江户后期有这一抄本的影写本，由曾于明治十三年（1880）担任清朝驻日公使馆随员的著名学者杨守敬收藏，现存于台北故宫博物院（杨氏观海堂）。
    宝玲本。现收藏于奈良府天理市的天理大学图书馆，该抄本每半页8行，一行约18字，为无框断句本， 仅残存第五卷后半部分（即从“第二十三论诸人”中的“一论人配五行”开始到卷五末，中间还另有缺页、缺行，共约160字）。卷末记有“元久三年（按，1206 年）二月廿八日，以阴阳权助广基卿本，令前阴阳权守兼守书写了”，“同廿二日，比校了，神祗权少，卜兼直”，最后盖有“宝玲文库”的印章。另外，留在封面上的“足利中期书写本，清原宜贤自笔附训校合”的字样，是后人加上去的。宝玲文库原是美国外交官佛朗克·荷莱的文库，昭和三十八年（1963），转归天理大学图书馆收藏。由于这部抄本与天文本卷五书后所写大致相同，因此可以认为它是与天文本同一系统的一个本子。
    日本《五行大义》的活字刻本有元禄刊本（略称“元禄本”）和《佚存丛书》本（略称“佚存本”）两种。
    元禄本是一色（前田）时栋于元禄十二年（1699）校勘出版，共五卷，断句本，美浓版。按，书后跋文称：
    （此书）文章古雅，决非隋唐以下之作也，仍加校定，镂版公之天下。元本释子所誊写者，出于相州镰仓之古刹，跋其书后，云元弘三年癸酉书。按，元弘，后醍醐帝之历号，纪元仅一年。其岁帝蒙尘于芳野，光严帝即位于长安，改元正庆。癸酉是当于正庆二年，无所谓元弘三年者，盖此时天下瓜分，南朝、北朝各持鹬蚌之势；北朝改元，南朝犹用元弘历号乎？
    一色时栋明确说明元禄本以元弘本（虽然“元弘”纪年有问题）为底本。元弘誊写本，就是指元弘本。元禄本对元弘本作了大量的校定，不仅对元弘本正文中有疑问处（约30处）加上了“当作云云”、“或有脱简”、“衍字”、“误字”等顶注，还修改了470多个异体字； 再加上误字和误抄，约计361处，因而在很大程度上改变了底本的原形。 这一刊本，有元禄十二年（1699）的两个刊本，和天保四年（1833）的一个重刊本。现收入长泽规矩也编《和刻本诸子大成》第六辑的，（注：古典研究会，昭和五十一年，1976年。）即为元禄十二年刊本（按，笔者使用的就是这一刊本）。
    元禄本出版100年后， 德川幕府时代朱子学派著名代表人物林述斋（衡）于宽政十一年（1799）将《五行大义》收入《佚存丛书》第一帙，是为佚存本。林氏号“天瀑山人”，《题五行大义后》称：
    《五行大义》五卷，隋萧吉撰。案，《隋书》本传载其著述之目，而独不及此书，魏郑公偶未见之耳。唐、宋《艺文志》亦不著录，岂早逸于彼欤？（引者按：《旧唐志》、《新唐志》有《五行记》，《宋志》有《五行大义》）书中所论皆阴阳五行之书，不过汉儒余论，然其文章醇古，非复唐以下所能为。而其所援证，往往有佚亡之书，今不可得见者。且萧以阴阳算术著称，见其本传，则此书之出萧手万无一疑。世之相距千有余年，而此书独完然乎我焉，其亦奇矣，安得不校而传之乎？己未竹醉日天瀑识。