根据记载，萧吉直接参与了隋朝宫廷围绕着皇位继承而展开的激烈较量。
    房陵王时为太子，言东宫多鬼魅，鼠妖数见。上令吉诣东宫禳邪气，于宣慈殿设神坐。有回风从艮地鬼门来，扫太子坐。吉以桃汤苇火驱逐之，风出宫门而止，谢土于未地。设坛为四门，置五帝坐。时寒，有虾蟆从西南来，入人门，升赤帝坐，还从人门而出；行数步，忽然不见。上大异之，赏赐优洽。
    房陵王，杨勇死后追封的爵号，此时虽居太子位，但已出现了继承危机。文帝“思宠始衰，渐生疑阻”，独孤皇后、杨素也已达成了联手推动废立的默契。《隋书》卷四五《杨勇传》称太子对种种于己不利的危险迹象颇有察觉，但只是“忧惧，计无所出”。他召新丰人王辅贤占候（造诸厌胜），在后园建造屋宇卑陋的庶人村等等，在政治上得不偿失，反落下心存怨望的口实。他对文帝报告说：“东宫多鬼魅，鼠妖数见”，也表现出心乱如麻的精神状态。萧吉主持的“东宫赶鬼”，是一出闹剧，使太子的形象大受损害。本传称萧吉“又上言，太子当不安位。时上阴欲废立，得其言，是之。由此每被顾问。”
    萧吉又奉文帝之命参与了隋宫廷几次丧葬典礼的安排。文帝对他的意见虽很器重，但并非言听计从。本传：
    及献皇后崩（按：仁寿二年，602年），上今吉卜择葬所。 吉历筮山原，至一处，云：“卜年二千，卜世二百。”具图而奏之。上曰：“吉凶由人，不在于地。高纬父葬，岂不卜乎？国寻灭亡。正如我家墓田，若云不吉，朕不当为天子；若云不凶，我弟不当战没。”然竟从吉言。
    能说出“吉凶由人，不在于地”的话的皇帝，毕竟不是昏君。短短数语，虽然缓缓道来，其实暗藏深意，语气相当严厉。表态之后，“竟从吉言”，既说明文帝通情达理，不拂老臣面子，又表明对“卜择葬所”之类“游戏”无可无不可的态度，手腕非常高明。萧吉知道文帝虽然对自己假以辞色，但十分勉强，因此一直到次月，还试图用一些神奇的旁证来加深文帝对皇后墓地风水的印象。他呈一奏表，称：
    去月十六日，皇后山陵西北，鸡未鸣前，有黑云方圆五六百步，从地属天。东南又有旌旗、车马、帐幕，布满七八里，并有人往来检校，部伍甚整，日出乃灭。同见者十余人。谨案《葬书》云：“气王与姓相生，大吉。”今黑气当冬王，与姓相生，是大吉利，子孙无疆之候也。上大悦。
    萧吉编出这番“神话”，用心可谓良苦。
    皇后墓地建好以后，文帝准备亲自送殡。萧吉上奏劝谏：
    至尊本命辛酉，今岁斗魁及天冈（按《通志》作“罡”）临卯酉。谨案《阴阳书》，不得临丧。上不纳。
    这一次文帝不再掩饰己意，而是很干脆地拒绝了萧吉的建议。风水既然好得无以复加，文帝亲自为甘苦与共的结发原配送葬又有何不可？于情于礼，萧吉的看法都不免离谱。但实际上，萧吉却另有难以直抒胸臆的苦衷。《北史》本传称萧吉退出宫廷后，对他的族人萧平仲说了一段很值得捉摸的话：
    皇太子（按，扬广）遣宇文左率（按，宇文述，时任左卫率）深谢余云：“公前称我当为太子，竟有其验，终不忘也。今卜山陵，务令我早立。我立之后，当以富贵相报。”吾记之曰：“后四载，太子御天下。”今山陵气应，上又临丧，兆益见矣。且太子得政，隋其亡乎！当有真人出矣。吾前绐云“卜年二千”者，是“三十”字也；“卜世二百”者，取世二运也。吾言信矣，汝其志之。
    此番剖陈说明了几点：一，萧吉与杨广之间早有默契，太子废立完成于开皇二十年（600）十一月，据萧吉自称， 他在这之前就已经很深地卷入了这场宫廷剧变的酝酿，且属于晋王一党。二， 仁寿二年（602）萧吉奉文帝之命为独孤皇后卜择墓所，所谓“历筮山原……具图而奏之”云云，实际是在借花献佛。萧吉受已立为太子的杨广的密托，选择一块务必使他“早立”、亦使文帝早亡的葬母之地，代价是杨广即帝位“之后，当以富贵相报”。萧吉所选墓地的风水，保证杨广四年以后可登大宝。三，萧吉此前力劝文帝不必亲自为皇后送葬的真实理由，原来并不是什么“本命辛酉”，而是因为皇后墓地风水的气运已经应验，文帝如临丧，显示的将是葬隋之兆！杨广立储两年，真面目逐渐显露，已令众多竭诚拥立者心寒，萧吉所说“太子得政，隋其亡乎”，反映的可能也是这一上当以后的恍然大悟。四，萧吉关于皇后墓地风水之利，可保隋朝国运“卜年二千，卜世二百”的评语，是文帝同意按图建墓的理由。现在，萧吉亲自揭穿了这一评语的秘密，原来那是“绐云”，也就是蒙骗皇帝的假话。“二千”，可拆为“二丿十”，合观即为“三十”二字；“世二百”，《隋书》谓“三十二运”，《北史》、《通志》谓“取世二运”，《通鉴》引为“取世二传”，因“世”可拆为“卅”，“二百”也可拆为“三十二”。萧吉以拆字法自我营造了一个高明的“预言者”的形象，虽然不能不说是相当的勉强。杨广即位后（605）， 萧吉官升一级，“拜太府少卿（按，正四品），加位开府”。这个官职离炀帝许诺的“富贵相报”当然差距很远，但总算没有赖帐食言，或杀人灭口，毕竟论功行赏了。
    在这之后一年左右，萧吉在任上去世，时间估计在公元606 年前后。这样，萧吉享年约在75岁上下。在他死后，皇帝对他又有所表彰。在今本《五行大义》的自序中，记录了他的最后官衔为“上仪同三司城阳郡开国公”，按官品为从一品，（注：《文献通考》卷六六职官二十。）这显然是属于“哀荣”的追封，而非实授。由此也可见出萧吉在炀帝心目中的真实地位。
    萧吉的一生，身经四朝十五帝，有着罕见的丰富阅历。青年时昂首为梁宗室子弟；中年易帜入仕北朝，锋芒不减；老年时却偃首低眉成了隋帝的忠臣与弄臣，与闻密谋，充当鼓手。虽然头脑可能一直很清醒，亦为自己留下了申辩的余地，但终究有亏清誉。在很多方面，写了《五行大义》的萧吉都颇似西汉末年写了《五行传》的刘歆。（注：参见汤志钧等《西汉经学与政治》第七章第三节。上海古籍出版社，1994年。）