萧吉入隋后一段时间内政治上不太顺利。《北史》本传说：“吉性孤峭，不与公卿相浮沉，又与杨素不协，由是摈落，郁郁不得志。”“性孤峭”不是主要原因，“与杨素不协”才是问题的关键。杨素是隋朝元勋，不会看得起三易其主的萧吉；在一贯负手向天的杨素面前，萧吉也不能不觉得气短，因此，只能闭门读书，以求一逞。不过，萧吉“博学多通，尤精阴阳算术”的特长，终于为他提供了机会。他发现隋文帝“好徵祥之说，欲乾没自进，遂矫其迹为悦媚焉”。 开皇十四年（594），萧吉上文帝书，投其所好，大谈符命徵祥，显然是萧吉“考定古今阴阳书”所获心得的一部分。全文如下：
    今年岁在甲寅，十一月朔旦，以辛酉为冬至。来年乙卯，正月朔旦，以庚申为元日。冬至之日，即在朔旦。《乐汁图徵》云：“天元十一月朔旦冬至，圣王受享祚。”今圣主在位，居天元之首，而朔旦冬至，此庆一也。辛酉之日，即在尊本命。辛德在丙，此十一月建丙子；酉德在寅，正月建寅为本命，与月合德，而居元朔之首，此庆二也。庚申之日，即是行年。乙德在庚，卯德在申，来年乙卯，是行年与岁合德，而在元旦之朝，此庆三也。《阴阳书》云：“年命与岁月合德者，必有福庆。”《洪范传》云：“岁之朝，月之朝，日之朝，主王者。”经书并谓三长，应之者延年福吉。况乃甲寅遊首，十一月阳之始，朔旦冬至，是圣王上元。正月是正阳之月，岁之首，月之先；朔旦是岁之元，月之朝，日之先，嘉辰之会。而本命为九元之先，行年为三长之首，并与岁月合德。所以《灵宝经》云：“角音龙精，其祚日强。”来岁年命，纳音俱角，历之与经，如合符契。又甲寅、乙卯、天地合也。甲寅之年，以辛酉冬至；来年乙卯，以甲子夏至。冬至阳始，郊天之日，即是至尊本命，此庆四也。夏至阴始，祀地之辰，即是皇后本命，此庆五也。至尊德并乾之覆育；皇后仁同地之载养，所以二仪元气，并会本辰。
    上书中有许多文句或文意复见于今本《五行大义》，如“辛德在丙”、“酉德在寅”、“乙德在庚，卯德在申”之说，见于《五行大义》卷二“第七论德”关于“十德”的论述；“行年，与岁合德”之说，见于卷五“第二十三论诸人”之二“论人遊年年立”关于“年立即是行年”的论述；“甲寅、乙卯天地合”之说，见于卷二“第八论合”关于“五合”的论述。《乐汁图徵》，即今本卷三所引之《乐纬·汁图徵》篇，《隋书·经籍志》有《乐纬》三卷，宋均注，已佚。本传所引与《五行大义》所引，同为该书之佚文。《阴阳书》或为专书，或为同类文献之泛称，难以确定，今本卷二有《季氏阴阳说》。《洪范传》即刘向所著《尚书洪范五行传论》，今本卷五引为《洪范五行传》。《灵宝经》不知为何书，也不见于今本《五行大义》。《通志略》艺文略第五道家类著录有《灵宝经目序》一卷（陆修静撰）、《灵宝度人经》一卷（作者不详）、《灵宝五星秘授经》一卷（作者不详）、《灵宝玄微妙经》一卷（作者不详）等，都可略称为《灵宝经》。道教教派中也有一个创建于东晋末年的“灵宝派”。安帝隆安年间（402年左右），葛洪族孙葛巢甫附会引申，作《灵宝经》三十余卷，并胪列了一个上自元始天尊，下至葛云及其后嗣的传经系统。至南朝刘宋时，陆修静进一步增修，创制了灵宝派斋醮科仪书一百余卷。从萧吉的学问修养和知识系统来看，他引证的如是这类著作也并不奇怪。
    由于这份上书与《五行大义》有相当密切的关系，因此日本学者中村璋八推测，萧吉向文帝的上书很可能就是《五行大义》，（注：《五行大义的基础性研究》序论，26页。明德出版社，1976年。另请参见第二节所引李约瑟的意见。）而上书之年的594年， 也就是《五行大义》的创作之年。萧吉“考定古今阴阳书”导致了594年的上书， 而且上书与《五行大义》确实也存在着一定的联系，但若以上书等同于《五行大义》，或以594年为成书之年，其理由还有待商榷。
    上书颂扬帝、后与日月岁命合德，不仅是对帝、后个人的捧场喝彩，更重要的是论证统一王朝所拥有的最高的合法性基础。“帝受周禅，恐民心未服，故多称符瑞以耀之，其伪造而献者，不可胜计。”（注：《资治通鉴》卷一七九，隋纪三。）萧吉的周密推理、广征博引，比一般俗人的妄称滥冒高明得多，自然深得帝心，因此“上览之悦，赐物五百段”；虽远不够丰厚（当时文帝出手豪阔，赏赐动辄千段、数千段），但已表示了皇帝初步的信任，对萧吉政治地位的改善，无疑具有重大意义。从上书内容所及也可以看出，萧吉面壁十年，“考定古今阴阳书”，在阴阳术数领域内成绩斐然，已能融汇贯通，有了很深的造诣。《五行大义》资料的积累和初稿的编撰，很可能就开始于这一时期（ 584～594），何时完成则难以估计。不过， 《五行大义》既不避“坚”讳，也不避“广”讳，至少可以说明594 年所上之书不是《五行大义》，最多只是《五行大义》的一些节录。《五行大义》作为一部完整的著作，其阅读对象肯定不是隋朝的皇帝。已入老境的萧吉凭靠在当时已经算不得显学的阴阳术数、五行终始之说，（注：参见葛兆光《七世纪前中国的知识、思想与信仰世界》，第四编第七节。复旦大学出版社，1998年。）毕竟当不成“帝师”，隋文帝晚年深信的是佛道鬼神；对于萧吉来说，他总结考定历代阴阳五行学说，与当下的功利需求似乎没有直接的关系。