《佚存丛书刊记》又称：
    皆为彼佚而我存者，虽世有整版，不复编入乎此。
    据题跋与刊记所说，林述斋在将《五行大义》编入《佚存丛书》时，似乎没有注意到早已存在的元禄本，同时也没有表示佚存本以哪一版本为底本。但是，佚存本与元弘本的不同，除有470多个异体字以外， 另有485处，而与元禄本的不同却只有151处，并且几乎全部订正了元禄本在点校、刊印中发生的错误。由此可以推测，佚存本也许并未直接依据元弘本以及别的抄本，而是以元禄本为底本。
    按，关于元禄本、佚存本的版本源流问题，内藤湖南为高野本所作跋文中有扼要的说明。兹略引如下：
    隋萧吉《五行大义》，久佚于禹域。我邦旧刻有二。一为元禄己卯一色时栋所刻，云原本出于镰仓古刹，元弘三年所书，流传已尟；一为宽政己未林述斋祭酒活字印本，以（已）经清朝学者称引覆刻行世，独广述斋跋，不言原本所由。校之一色本，不甚见歧互殆，乃由一色本出，非别据一古本也。古钞本见存者，久迩王府所藏，独为完全，以其系亲贵珍袭，无人能借校。昭和辛未，荻野学士仲三郎在高野山三宝院获一古钞，止有卷第五一卷，有宝治二年九月一僧人跋。浪华高木先生利太会养疴山中，闻之欲付玻璃板，以分饷同好，以记验其疾差之喜，属余跋之。因与一色本校读，其可以正刻本之k22j503.jpg者甚多。……昭和七年五月仲五，内藤虎书。
    此本与久迩王府本皆著录于《经籍访古志》，此本尝经小岛宝素影摹传录；而《访古志》所云粟田青莲院本乃久迩王府本也。久迩宫朝彦亲王初称尊融法亲王，以天台座主住青莲院，文久间天子命蓄发，称中川宫，后改久迩宫。是以青莲院藏书往往移入久迩王府，《五行大义》亦其一也。其书尝藏于镰仓相承院，后转入大和寿命院，再入青莲院。元禄间一色时栋就相承院迻录印行，乃一色本也。嚮余作跋匆卒，未及检《访古志》，因补记于此。壬申八月念（廿）六，虎。
    如上所述，日本的《五行大义》在传播过程中共产生了天平本、元弘本、神宫本、天文本、阳明本、卜部本、高野本、宝玲本、元禄本、佚存本等10种主要的抄本和刊本。其中最接近萧吉所著、因而版本价值最高的天平本已经失传。其余版本各有千秋，可互作参校。对中国文化界影响最大的，是属于元弘本系统的佚存本。根据当时德川幕府的命令，《佚存丛书》被专程送到中国。中国现存的几种《五行大义》版本，就是根据佚存本发展而来的。
    前面已经提到，中国最后一次正式著录《五行大义》的文献目录，是《宋史·艺文志》，时间在1343～1345年间。在这之后，《五行大义》就销声匿迹，不见了踪影。一直到十九世纪初日本《佚存丛书》进入中国，人们才重新发现这一与故土阔别460 年之久的珍贵典籍所具有的巨大价值，于是迅速作出了反应。
    清嘉庆九年（1804），德清许宗彦根据佚存本翻刻《五行大义》五卷（范氏古欢堂），这是自《宋志》著录《五行大义》以来中国人第一次正式印行此书。此时距《佚存丛书》的印行仅仅5年。 许氏《叙录》称：
    《唐志》“萧吉《五行记》五卷”；《宋志》“萧吉《五行大义》五卷”，藏书家均未著录。近日本国人刻《佚存丛书》，此书在焉，用活字印行，多误舛。宗彦校其可知者，改定数十字，余仍其旧，俟知者而别梓之。……观吉之书，文朴义质，徵事咸有条理；秘文坠简，多世希觏。推五行之数，合诸辰日、音律、性情、年命，曲而不枝，约而不僻。虽其麤涉津涯，未足究神秘、探奥迹，融畅于大道；以视术家所诵习，则倜然远矣，岂可以传世无绪、来自远方而忽之哉？
    嘉庆本以佚存本为底本，版式也与佚存本大致相同。虽然自称“改定数十字”，但实际改动多达407处。
    嘉庆十二年（1807），阮元编选《宛委别藏》进呈。原稿共174 种，总目中有：“《五行大义》五卷，隋萧吉撰，日本《佚存丛书》本”。据阮元为《宛委别藏》各书所撰之提要，（注：即《四库未收书目提要·五行大义提要》，《揅经室外集》卷二。）称：
    是编日本人用活字板摆印。前有自序，称“博采经纬，搜穷简牒，略谈大义，凡二十四段。别而分之，合四十段。二十四者，节数之气；总四十者，五行之成数”云云。……今观其书，文义质朴，徵引谶讳诸籍，有条不紊。且多佚亡之秘籍，尤非隋唐以后所能伪为也。