据《故宫善本书目》，《宛委别藏》160 种藏于养心殿（目二函，书百函，共160种，其中由阮元所进者157种，与诸家所记不符，疑中有亡佚）；但民国二十四年（1935）故宫博物院编辑、上海商务印书馆影印出版《选印宛委别藏》40种时，因《五行大义》一书已有嘉庆本等刊本传世，故未收入。（注：《选印宛委别藏缘起》：“嘉庆迄今百余年，原进诸书什刊七八，故宫博物院择其未刊者四十……”。）1988年，江苏古籍出版社按原目录影印《宛委别藏》120册， 收《五行大义》于第70册。经笔者对勘，宛委别藏本与佚存本完全一致；未作任何校勘，因而不应视为一个独立的版本。当然，在考察《五行大义》在中国的流传过程时，阮元以其文坛权威的崇隆地位对《五行大义》所作的积极引介，还是很有意义的。在他的鼓吹下，《五行大义》的影响迅速扩大。与许宗彦、阮元同时的孙星衍“尤好斯学”，已藏有《五行大义》；（注：《孙氏祠堂书目》内编卷三“五行术数部”，有“《五行大义》五卷”。光绪九年，1883年，李氏木犀轩重雕，陶濬宣署。据许宗彦嘉庆本叙跋，孙星衍“尤好斯学”，所藏《五行大义》应为佚存本。）《续古文苑》卷十一“序上”，则将“隋萧吉《五行大义序》（日本国本）”作为古文范本予以郑重推荐。（注：《续古文苑》二十卷，嘉庆十七年，1812年，冶城山馆藏版。）
    嘉庆十八年（1813），歙县鲍廷博编辑《知不足斋丛书》，收《五行大义》于第二十六集（略称“知不足本”）。这是嘉庆本问世以来中国第二次正式刊刻印行《五行大义》。鲍氏作短跋于书后：
    隋萧吉《五行大义》失传已久。近德清许氏得自日本《佚存丛书》中，既校而刊之矣，惜传之不广。因重寿梓，以公同好云。
    另据严一萍《百部丛书·影印说明》称：“知不足覆刊佚存而加校订”，可知知不足本所用的底本还是佚存本。其版本的进步，体现在对底本又进行了一次修改，共比嘉庆本多了24处。由于《知不足斋丛书》印行数量很大，《五行大义》对学术界，特别是对清代和近代的文献考据学产生广泛而深刻的影响。除前引陈乔枞《齐诗翼氏学疏证》、孙诒让《札迻》外，朱右曾《逸周书集训校释》、赵在翰《七纬》、黄奭《黄氏逸书考》、陈立《白虎通疏证》、王先谦《汉书补注》、汪宗沂《太公兵法逸文》、刘家立《淮南内篇》等，也都先后引用了《五行大义》。
    光绪八年（1882），日本《佚存丛书》在上海由黄氏出版木活字排印本；光绪二十三年（1897），盛宣怀选辑编印《常州先哲遗书》，在第一辑子部中再次收入《五行大义》（略称“常州本”）。盛氏跋称：
    《五行大义》五卷，隋萧吉撰。……此书不见于《隋·经籍志》、《新唐·艺文志》，惟《旧唐·经籍志》五行类有“萧吉《五行记》五卷”，当即此书，但名小异。……《四库》未著录，阮文达从日本《佚存丛书》录出进呈，知不足斋又刻之，外间稍稍传布。
    盛氏读书不细，《新唐志》“五行类”明明有“萧吉《五行记》五卷”。同时，在述及版本源流时只提《宛委别藏》和稍后的知不足本，而未称及此前建有首创之功的嘉庆本，也是一个不应有的疏忽。常州本所用底本即便为佚存本，嘉庆本也显然是其最主要的参校本。许氏改定的成果，常州本全盘吸纳；不同于嘉庆本之处，全书正文共51处。当然，这并不是否认常州本确实具有重要的版本价值，它的一些修改颇具眼光。
    民国十三年（1924）上海商务印书馆影印出版日本宽政至文化年间印本《佚存丛书》，未作任何校勘。（注：江苏广陵古籍刻印社1992年据上海涵芬楼刊本影印者，亦为此本，并非《佚存丛书》1799年初刻本。）民国二十八年（1939），商务印书馆出版铅字排印本《丛书集成初编》，又收入《五行大义》（略称“集成本”）。出版说明指出了集成本所使用的底本：
    本馆《丛书集成初编》所选《佚存丛书》及《知不足斋丛书》皆收有此书。知不足本重刊佚存，故据佚存本排印。
    据笔者在校勘过程中的统计，集成本不同于嘉庆本、知不足本和常州本共40处。集成本的最大贡献是对《五行大义》作了比较精确的句读，从而使《五行大义》初步具备了现代定本的某些形式。本次整理、标点也参考了集成本的句读。刘永明主编《增补四库未收术数类古籍大全》第十集第五册，（注：江苏广陵古籍刻印社，1997年。）亦收入了集成本《五行大义》。
    自日本《佚存丛书》传入中国以后，共产生了上述四个《五行大义》版本（宛委别藏本未形成独立的版本，故不计）。各版所用底本均为佚存本，嘉庆本则是后三个版本最主要甚至是唯一的参校本。在无任何一种日本早期抄本可供比较的情况下，各中国刊本能达到那样的水准，许多涉及基本文意的校勘，竟与最古老的元弘本、天文本相合，实属不易。
    四
    笔者于1995年至1998年在京都大学人文科学研究所（原日本东方文化学院京都研究所）图书馆影印佚存本5册； （注：《佚存丛书》宽政十一年初刻本第一帙，原编号为命、将、辞、国、非。）又在奈良府天理市天理大学图书馆影印了吉田文库所藏之天文本。这两个版本在《五行大义》的流传历史上具有特别重要的意义。前者是联结日本元弘本系统与中国各刊本的关节点；而后者则是不同于日本元弘本系统的另一系统，是进行参校、对勘的主要文本。特此说明。