1960年冬黎澍就任近代史研所副所长，并任《历史研究》杂志主编。鉴于当时史学界的教条主义倾向严重，缺乏实事求是的精神：只讲阶级斗争，忽视历史主义；只强调党性，不重视科学性。黎澍向教条主义发出的第一炮，就是“反对放空炮”。1961年1月太平天国起义110周年纪念会上，范文澜（近代史研究所所长）的讲演词是黎澍起草的，题为《反对放空炮》。《历史研究》杂志发表这篇讲稿时，黎澍将其中的具体事例都删掉了。编辑丁守和向黎提出：“范老的文章本身也是放空炮，没有实例。”黎说：“放空炮、说空话的，不是那一个人的问题，而是一种倾向，现在只能这样。如果放实炮，那不打着人了吗？”（丁守和的《关于〈历史研究〉的若干回忆》），原载《〈历史研究〉四十年》）此文发表后，仍然遭到某些人的非议。1960年冬，黎澍几次同蔡美彪谈到中国农民战争史讨论中的一些现代化倾向问题，建议蔡写篇关于这个问题的文章。1961年《历史研究》第4期发表了蔡写的《对中国农民战争史讨论中几个问题的商榷》一文，南京军区负责人见了很生气，认为共产党就是靠农民战争取得胜利的，我们对农民很有感情，否定农民战争，就是“反革命”。黎澍听说此话，即对丁守和解释：研究历史有时会激发人们的感情和义愤，这是可以理解的，但义愤不能推进科学，还是应该冷静地研究分析。如果将古代农民战争和我们领导的农民战争说得差不多，那不行，古代农民战争是没有前途的，或被镇压，或被招安，或转化为封建专制，如刘邦、朱元璋，我们是这样吗？（据丁守和的《关天〈历史研究〉的若干回忆》）毛泽东在《中国革命和中国共产党》中，提出民族资本主义的来源是地主、官僚、富商。黎澍研究分析了大量史实，认为买办资本也是个重要来源。他把这个意见告诉了丛翰香，经过丛的充分论证，在《历史研究》1963年第6期发表了《关天资本主义萌芽诸问题》，受到史学界的重视。1955年兴起的批评《红楼梦》运动中，许多人认为只有依据资本主义萌芽的观点来评说此书，才算是历史唯物主义的看法。有些著名的历史学家竟说明朝的资本主义萌芽已有相当发展，以致“萌芽说”越说越高。黎澍不同意这种看法，经过多方考证，写成《关于中国资本主义萌芽问题的考察》，提出清朝在鸦片战争以前，农业和家庭手工业的分离，还是非常个别和非常轻微的现象，中国社会的基本结构，仍旧是农业和家庭手工业的统一。他对中国资本主义萌芽的基本估计是起点很晚，发展很低。（据李侃的《略谈黎澍史学思想的特色》，原载《历史研究》1989年2期），此文一出，推动了百家争鸣。1963年《历史研究》第4期发表了《论历史主义的阶级观点》一文，也是黎澍商请宁可写的。黎澍请人写文章，有时先谈谈自己的观点，然后摘抄马克思主义的几条语录供人参考。在那个以阶级斗争为纲的年代里，提出历史主义，就是对阶级观点的冲击，就是犯了王法，因而受到关锋、林聿时的批判。在教条主义日益猖狂时，黎澍只能以沉默表示抵制。
    （七）从噩梦中醒来
    史无前例的“文化大革命”，是从批判《海瑞罢官》和炮轰“三家村”开始的。当时“四人帮”的文学侍从，曾到近代史研究所借用吴晗与胡适的通信史料，以作攻击吴晗的炮弹。该所图书室职工说：按规定可以在这里查看，不能借走。此事，黎澍根本不知道，却被指责为霸占史料，遭到炮轰。1966年6月3日，《人民日报》发表了题为《夺回被资产阶级霸占的史学阵地》的社论，批评黎为“东霸天，西霸天，像奸商一样垄断。”并在第二版的《假批判真包庇》一文的按语中说：“自从1961年《历史研究》来了个新主编，硬把这个刊物变成资产阶级霸占的史学阵地，发表了一系列大毒草。”不久，黎澍被勒令搬出中宣部宿舍住进由房管局管辖的大楼里，有人问黎所操何业？黎答以研究历史，问者为之骇然，接口就说：“太危险了！”此时黎澍早已遭受他所在机关的“革命大批判”了。批判的罪名之一，就是把黎澍指点蔡美彪写成的《对中国农民战争史讨论中几个问题的商榷》一文，指责为反对农民战争的大毒草，要黎澍向农民请罪。批判的罪名之二，就是把宁可在黎澍支持下撰写的《论马克思主义的历史主义》一文，指责为降低了阶级观点的重大作用，篡改了马列主义，以致两人受到了很多的批斗。批判的罪名之三，就是指责黎澍主编的《马恩列斯论历史科学》一书中，“坚持科学性”，即是“反对革命性”，只讲“阶级分析方法”，未讲“阶级斗争史观”，是把“观点”贬低为“方法”。批判的罪名之四，就是把朱务善写的《五四运动是否就是新民主主义革命》，指责为反毛泽东思想的大毒草，朱被迫害致死，黎也受到多次批斗。还有其他一些文章，都被指责为“一系列大毒草”。1970年1月初，林彪一号命令下达后，黎澍随社会科学院于是年初夏下放到中央科委河南五七干校劳动改造。