对这个机构最主要的倡导者福莱斯特尔和埃伯斯塔特来说，基于对罗斯福时期总统在外交和国防决策上绕过正式制度程序而导致严重的“行政混乱”的不满，以正式的、制度化的组织程序框定总统决策行为，以某种决策集体化机制限制总统权，是一个隐含在国家安全委员会的创意当中的目标。由是之故，国家安全委员会曾被谑称为“福莱斯特尔的报复”——强调程序化、制度化的官僚机构对专擅的总统权的报复。(99)在福莱斯特尔等人关于NSC的概念中，英国战时内阁体制即“帝国国防委员会”(British Committee of Imperial Defense)是一个范本，而国家安全委员会就是某种战争内阁。(100)《埃伯斯塔特报告》中对NSC职责的用语是“制定和协调政治和军事领域里的总体政策”(101)，暗含总统的权责要归于这个机构或者与这个机构分享的意味。杜鲁门是因前任突然亡故而上台的，对于这样一个“事故总统”(accidental President)缺乏对外政策经验的担心，以及那些“有经验的人”分享更多的决策权力的企图，也是促使福莱斯特尔等属意于推动设立NSC的一个动机。所以不难理解，对维护总统权力极为敏感的杜鲁门总统起初对国家安全委员会的设置并不热心，甚至疑虑重重。他在1945年12月19日向国会提交的改组方案中，并不包含《埃伯斯塔特报告》中强烈提议的国家安全委员会。当时作为总统班底的预算局(Bureau of Budget)以及国务卿马歇尔等人也对NSC持怀疑态度，担心如赋予其法定政策权力，则势必削弱总统在决策程序中的地位。在此后《国家安全法》的起草过程中，有关NSC的内容和军事机构的问题一样，也充满争议和妥协。杜鲁门最后接受NSC，在很大程度上是为换取海军方面支持武装力量更大程度的一体化而做出的一个妥协。总统及其班底想让它成为一个纯粹的咨议机构，没有法定权威性职能，其附属办事机构由总统任命。结果，在最终通过的《国家安全法》文本中，并没有规定其为决策机构，而是突出咨议性职能。除了对其法定成员的明确规定外，关于NSC的地位和职责的用语相当含糊(102)，而这显然是反映了白宫方面要求的刻意之举。(103)NSC与国会的关系是独特的：与总统行政办公室的其他机构不同，它不向国会报告，其班底完全由总统任命而不需国会批准。
    《国家安全法》难以消弭关于NSC性质和功能的认识分歧，总统和国防官僚集团之间的竞争在NSC运行的初期就展开了。向来作风高调强势、于1947年就任防务首长的福莱斯特尔力求使军事部门在NSC内掌握更多的权力，意图把NSC与“国家军事机构”在实际上混同起来，使国家安全委员会办公厅(NSC Staff)尽可能与防务首长办公室合为一体。他还主张总统不必经常出席NSC会议，而由防务首长主持其日常运行。但在另一方面，总统和预算局则力求将NSC定位于一种咨议性角色，防止其演变为一个掌握实际决策和执行权力的“运作实体”，建议在总统缺席时由国务卿主持NSC会议。双方的竞争还表现在NSC的办公地点上，福莱斯特尔想把NSC的办公地点放在五角大楼，以便于使NSC体制与国防体制合而为一。而代表总统意愿的预算局和白宫办公厅则成功地排除干扰，最终将其置于白宫旁侧的老国务院大楼内，与总统行政办公室的其他部分连为一体。此中防止军事部门对NSC影响力过大的意图昭然可见。(104)
    杜鲁门维护其总统特权的决心及其个人性格在对NSC运作方式的塑造中发挥了突出作用。在1947年9月26日国家安全委员会第一次会议上，杜鲁门就告诫与会者：这是“我的委员会”，每一个成员都不要在其中有任何充当“首席女高音”的做法，迫使福莱斯特尔当场表示他理解NSC是属于总统的咨议机构。(105)总统控制NSC的另外一个办法是抑制NSC的作用，包括少举行会议，他本人尽量少出席NSC会议，以此造成决策出自总统而非NSC的例规。在1947年9月26日第一次NSC会议之后10个月里，他再也没有出席第二次；而此后在朝鲜战争爆发前，在56次NSC会议中他只参加了其中的11次。(106)而NSC会议最初均安排在白宫的内阁会议室(Cabinet Room)举行。杜鲁门还通过在NSC内厚此薄彼的方式确保NSC按照自己的意愿运作。在1949年8月副总统加入NSC前，杜鲁门通常委托深为其信任和倚重的国务卿马歇尔主持NSC会议，使后者成为NSC实际上的第二号人物。同时由国务院政策计划办公室承担对外政策长期计划和起草NSC主要文件的职责，政策计划室主任凯南挂名NSC顾问，以此作为压制与总统多有抵牾的福莱斯特尔和军事部门的影响力的安排。(107)
    总统驾驭NSC的一个更重要途径是将NSC办公厅作为总统行政办公室的一部分，使之成为不折不扣的“国王的人马”。杜鲁门选用的首任行政秘书西德尼·索尔斯忠实地履行了维护总统权力的使命，对以后NSC的工作模式产生了重要影响。索尔斯将自己的职责定位为总统的“亲信”和“仆从”，以及NSC和各部门之间的中立协调者，承担秘书和管理性质的工作，着意于不让NSC内来自个人和部门的意见和压力干扰总统。他和NSC办公厅其他成员一方面主导NSC工作文件的流程，另一方面又尽力确保NSC仅有咨议职能而无决策权力，仅行使协调功能而不负责执行。(108)由此NSC的办公厅实际上成为总统直接掌握下的负责对外政策的工作班底。
    1949年年初国会负责审查国家安全组织的胡佛委员会也指出总统对外政策决策体系“以许多缺陷为标记”，要求总统在执行政策之前应该更多地在行政部门内以正式渠道寻求建议。但当年夏天以胡佛委员会建议为基础的国防重组对NSC影响不大，只是改变了NSC法定成员的构成——三军部长退出，而副总统进入；同时将NSC办公厅从属于总统行政办公室的既成事实予以确认，进一步明确国家安全委员会作为总统的咨议机构，而不是决策机构的地位。为了协助NSC处理具体问题，开始建立某些专门常设委员会，如跨部情报会议和内部安全跨部委员会。(109)
    朝鲜战争爆发前，杜鲁门着意抑制NSC机制，并非由于他认为这个机构没有用，(110)而是因为他要防止这个新的官僚机构对自己构成掣肘。既然经过一段时间后，杜鲁门已经将NSC变成自己掌握下的一个方便顺手的工具，他就会更多地利用它，提升它在决策体系中的地位。1949年发生“中国事变”和苏联的原子弹试爆，使得杜鲁门感到迫切需要考虑长期政策规划问题，于是指派国防部和国务院联合组成特别委员会，考察政策目标和战略计划问题，其产物作为“NSC68号”文件于1950年4月提交给总统。为了保障NSC68的执行，NSC办公厅的地位的又有所加强，规模也有所扩大。(111)
    1950年朝鲜战争爆发更导致NSC在决策体系中作用提升。1950年7月19日，杜鲁门给NSC各位成员发出训令，表示鉴于目前的国际形势，他希望在NSC中讨论与国家安全有关的各项政策，要求所有重大的国家安全政策都要通过NSC机制上达总统，NSC会议增加为每周一次，而且总统亲自出席。从1950年6月28日到1953年年初其任期结束，国家安全委员会共举行71次会议，而总统参加了其中的62次。(112)为了提高NSC会议的效率和影响力，杜鲁门明确规定了NSC会议的参会人员，包括五位法定成员加上财政部长、参联主席、中央情报局长，以及作为总统特别助理或者顾问的哈里曼(W. Averell Harriman)和索尔斯。杜鲁门还重新组织了NSC办公厅，建立了由来自国务院、国防部、国家安全资源委员会、财政部、参谋长联席会议、中央情报局等机构的派驻代表（一般是助理部长以上的官员）组成的高级办公机构(Senior Staff)，由NSC行政秘书统领其工作。根据冷战形势和政策演进的需要，NSC机制继续扩张。1951年的《共同安全法》设共同安全署，其署长成为NSC法定成员。1951年春，NSC下建立心理战略委员会。(113)
    1947年《国家安全法》并没有设置后来“国家安全顾问”的职位，但总统仍致力于在NSC的机制中制造出脱离常规官僚机构的、作为“国王的人马”的对外政策顾问。首任行政秘书索尔斯实际上就部分地履行后世总统国家安全顾问的角色，尽管他是以很低的姿态和高度“中立”的方式履行一种“管理性”（程序性）的职责，而不介入实际政策制定。1950年索尔斯行政秘书任职结束后，旋即被总统任命为军事和外交政策方面的“特别顾问”。在1946～1950年间，在国家安全事务方面向总统提供国家安全事务咨询的还有身份属于白宫顾问系统的克拉克·克利福德(Clark Clifford)。朝鲜战争的爆发使得设置更正式也有影响力的国家安全助理职位的进程又向前迈了一步。1950年6月，总统任命哈里曼为新的总统特别助理，其职责没有清晰界定，但在朝鲜战争事务以及代表总统协调国防部长和国务卿的活动方面发挥特别作用。所有这些安排，共同构成了肯尼迪以后在决策体系中地位显要的国家安全顾问一职的制度起源。(114)
    杜鲁门任期结束时，这个本与总统权大有龃龉的新生官僚机构可以说已经被总统权“驯服”了，其基本制度地位和运作模式已然被确定。但在美国历史上，每一个总统都以自己的方式和偏好或多或少地重新塑造总统权，这同样表现在艾森豪威尔总统利用NSC的方式上。出身职业军人、讲究组织规程的艾森豪威尔在竞选期间就公开批评杜鲁门政府NSC运作，表示要赋予这个机构以关键的重要性，将其用作帮助总统在“高层政策”和机密政策的制定上的主要机制。(115)入主白宫后，艾森豪威尔立即着手改造NSC，基本方向是强化组织规范性，并大幅度扩展其业务范围。为此艾森豪威尔在NSC内新设了两项机制：“计划委员会”(Planning Board, PB)和“行动协调委员会”(Operation Coordination Board, OCB)。前者对杜鲁门后期“高级办事机构”的模式有所承续，由在NSC法定成员代表资格和列席会议资格的各部门的助理部长一级的官员组成，负责为NSC起草重要的对外政策文件，其中最重要的是一种新设的名为“基本国家安全政策”(Basic National Security Policy)的年度评估报告，旨在为国家安全政策提供纲领和宏观指导。OCB则由杜鲁门建立的心理战略委员会脱胎而来，成员包括副国务卿、国防部副部长、CIA局长等，其目的在于监督推动各部门执行已经制定好的政策。首任国家安全顾问卡特勒曾打过一个比方来形容艾森豪威尔时期有条不紊的决策过程：如果把国家安全政策制定程序看做一座山峰，则国家安全委员会居于顶端，在其中的一个政策创议通过PB向上流动；如果总统接受了一个政策建议，则政策要顺着OCB的一侧向下流到个部门机构，由后者负责制定具体计划和执行。(116)