章士钊是在清末新政开始后登上历史舞台的。客观地说，清帝国这最后十年的改革成绩卓著。一个美国教授写道：“粉碎了经历2100年中国帝制政府模式及其哲学基础的，不是孙中山（1866～1925）及其同伴为中心的1911年政治革命，相反地却是1901至1910年以晚清政府新政为中心的思想和体制的革命。”（注：任达著李仲贤译：《新政革命与日本》，江苏人民出版社，1998年，第1页。）不管中国史学家是否同意美国同行如此尖锐的结论，无可辩驳的史实是：中国现代政治、经济、法律、教育、文化……体制，都是在那一时期奠定基础的；思想变革的深度也有不少令今天的读者吃惊之处。例如，就现代法治的基本原则和法律体系而言，民国和90年代的人民共和国，都在继承乃至回归清末新政确立的东西。（注：参阅袁伟时：《刑法的变迁与20世纪中国文化的若干问题》，《中国现代思想散论》，广东教育出版社，1998年，第266～289页。）原因很简单，清末起草的新民法、新刑法等法律和建立的司法制度，都是在日本法学家帮助下，移植现代西方法治的成果；而这些成果已经成为人类文明的共同财富。这是史实，不管人们的价值观念如何，都无法改变这铁的事实。
        可是，当时的改革是片面的。清政府是在内外交困的状况下被迫走向改革之路的。领导改革的大臣，都对现代社会缺乏全面深刻的了解。从军机处到各部大臣，受的都是传统教育，耳闻目睹，吸取一些新知，顶多是新旧参半的人物。像伍廷芳那样成长于香港，受业于英伦，放弃已有事业，受聘李鸿章，历练20年，得以出任修律大臣的是绝无仅有的例外；而且这类凤毛麟角式的人物，根本无法左右政局走向。当时的统治者群体不了解抽掉思想和学术自由，就没有所谓现代学堂；而没有法治和民主政治，现代经济也不可能健康发展。一个突出表现是肆意剥夺国民的自由权。张之洞、袁世凯是新政的重要支柱。但他们又是自由思想的坚决压制者。1902年，袁世凯向清廷报告：“大学堂聘用各教习，皆平素主张民权自由之人，若以此化导学生，则将来之祸，必更甚于戊戌！”（注：转引自桑兵：《晚清学堂学生与社会变迁》，第83页。）其他顽固大臣更不用说了。这不是某一个人的认识问题，而是清政府的基本态度。他们冀图在建立现代经济、教育制度的同时，尽可能维护中世纪的纪纲。于是，各地封报、压制言论自由之类的事件层出不穷。
        这些镇压的直接后果是把年轻一代驱向革命。当时，梁启超的思想日趋成熟，在倡导自由特别是个人自由和逐步建立君主立宪的民主制度的同时，强烈反对“反满革命”、“社会主义”等激进主张；反对中国已亡于满族的“亡国论”，主张调和满汉矛盾。90年代初，有的学者说自己“最关怀的是梁氏在调适方面的主张，以及为何他的主张在这个思想抉择的关头为多数人所放弃，这些问题都很复杂，尤其是第二个问题目前尚未完全厘清。”（注：黄克武：《一个被放弃的选择：梁启超调适思想之研究》，台北：中央研究院近代史研究所，1994年，第179页。）这的确是值得人们反复探讨的重要问题。
        窃以为后一问题的重要原因之一，是压制激发了激进。当时国内学潮，大都是由禁止阅读《新民丛报》之类的新书报和对校内管理不满引起的。而对海外留学生接受新思想，清政府也采取严厉处罚政策。面对无理的镇压，梁氏等人的主张，不管有没有道理，在年轻人眼中，都是不合时宜的说教。例如，1902年11月南洋公学的学潮，是当时影响很大的事件。有的当事人回忆：“记得《新民丛报》刚刚出刊，看的人很多，我们那班差不多个个人看。但是各中文教员却禁止我们看……如对意大利三杰，对卢梭等新人物、新事物都看得起劲。而中文教员就是不许我们看。”（注：《南洋公学的1902年罢课风潮和爱国学社》（座谈记录），《辛亥革命回忆录》（四），第68～69页，中华书局，1963年。）在这样的大背景下，有一次一个国文教员上课，不知是谁恶作剧，把一个盛着清水的墨水瓶放在教师的座椅上，这个教员竟会同学校开除三个学生！说理无效，全校二百多学生一齐退学，在各方援助下组成爱国学社。这个学社“上课是很少的，每月都要到张园去演说一次，开演说会。演说的内容都是爱国主义、排满、革命等等，这样子人数就越来越多了。”（注：《南洋公学的1902年罢课风潮和爱国学社》（座谈记录），《辛亥革命回忆录》（四），第73页。）后来还与《苏报》联合，写出不少鼓吹革命的文章在报上发表，而由报社月给他们200元。导致包括章士钊在内的一批学生退学的南京陆师学堂风潮，也是由学堂当局禁止阅读新书报引起的。一批革命者就是这样制造出来。在当时这带有普遍性。
        任何国家在社会转型期，都会出现思潮激荡，极端流派盛行的状况。是激化为剧烈冲突，还是转化为有序的改革？这不取决于无拳无勇的思想家，关键在掌权者和他们管理下的政府有没有建立灵敏反映民意的机制和及时化解民怨的能力。为此，民怨必须有畅通的制度化的宣泄渠道，这就是言论自由和民主制度。清政府可悲之处不但在缺乏这样的制度，更在没有必须及时建立这些制度的认识，愚蠢地以为镇压可以带来安定，丧失了化解矛盾的时机。
        二、走向成熟之路
        1904年冬章士钊出狱后抵达日本。从那时到辛亥革命前后，他做了几个出人意料的选择，达到毕生思想的巅峰，在中国现代思想史上留下璀璨的一页。
        第一个选择是闭门思过和读书，拒绝参加同盟会。
        1905年，麇集东京的革命者热火朝天筹组中国同盟会。孙文、黄兴邀他加盟，他却坚决拒绝。章太炎和孙少侯甚至把他关了两天，逼他参加；他仍不答应。作为华兴会的重要成员，热情洋溢的革命报人，这个选择可谓反常。