辛亥革命后，临时政府也来弄一个《民国暂行报律》，虽然已剔除送审等条款，仍属言论自由的障碍。他再一次挺身而出捍卫言论自由。他大声疾呼：“民国当求真正之言论自由！！！”在引述戴雪等英美法学名家的论述和申说自己的意见后，他写道：“以是理由，本报（民立报）对于内务部之报律，其所主张，乃根本的取消！无暇与之为枝枝节节之讨论！以后并灌输真正之自由理想于国民之脑中，使报律两字永不发于国会议员之口。”（注：章士钊：《论报律》，《章士钊全集》，第2卷，第68、70页。）
        捍卫财产自由是章士钊关注的又一热点。民国元年6、7月间，湖北省议会通过决议，要没收汉冶萍公司，理由为那是反对辛亥革命的前清官僚盛宣怀的财产。章士钊立即撰文，除指出该会判断有误，这个公司确是由股东会负责的商人资产外，特别对当时开始兴起的“社会主义”或“社会革命”进行了严肃的批判：“吾国夙患财产分配之不均，迩来不完全之社会主义尤频闻于国中……所谓社会革命者，即财产革命也。于是嫉视资本家前以形格势禁不敢昌言者，今则昌言以外，进而实行。”在揭露传统痼疾藉革命之名而突显后，他语重心长地说：“吾人财产不均之苦，果何若欧美？……以人道言，自应鼓吹社会主义以救正之，而通世界之生计家未敢放胆此言者，则实鉴于近世生产之发达为资本凝集之结果；苟资本动摇，则生计状态将立见退步也。……使以后所有商办实业微，有资者相戒裹足不敢投焉，此不谓自杀之愚计不可得矣”！（注：章士钊：《论湖北省议会议决没收汉冶萍公司事》，《章士钊全集》，第2卷，第391～392页。）当时，私有财产总的说来为朝野各界所尊重，章士钊却如此警觉，历经近90年的风风雨雨，人们不能不佩服章氏见微知著的卓识。
        言论和财产两大自由是现代公民全部自由的基础。章士钊的这些言论，可谓抓住了根本。那么，如何保证这些自由？他从制度建设的高度，着眼于健全法治。1912年3月11日临时参议院通过并公布了《临时约法》，第二天，章士钊立即撰文揭露它有两大缺陷：
        1、没有解决公民自由的保障问题。“《约法》曰：‘人民之身体，非依法律不得逮捕、拘禁、审问、处罚。’倘有人不依法律逮捕、拘禁、审问、处罚人，则如之何？以此质之《约法》，《约法》不能答也。”他指出，这是许多成文宪法的共同缺陷，应该吸取英美法系的优长予于补救：“然人欲滥用其权，中外一致。于是英人之保障自由，厥有一法。其法维何？则无论何时，有违法侵害人身之事件发生，无论何人（或本人或其友）皆得向相当之法廷呈请出廷状（Writ of Habeas Corpus，现译人身保护令）。法廷不得不诺，不诺，则与以相当之罚是也。出廷状者乃法廷所发之命令状，命令侵害者于一定期限内，率被害者出廷，陈述理由，并受审判也。英人有此一制而个人自由全受其庇荫……兹制者，诚宪法之科律也，吾当亟采之。”（注：章士钊：《临时约法与人民自由权》，《章士钊全集》，第2卷，第85、86页。）
        2、为行政侵犯司法独立留下了隐患。《临时约法》第10条规定：“人民对于官吏违法损害权利之行为，有陈诉于平政院之权。”章士钊敏锐地揭露，所谓平政院属于行政裁判系统。“平政院者，即行政裁判所之别词也。凡有平政院之国，出廷状之效力必不大，何也？人民与行政官有交涉者，乃不能托庇于普通法廷也……使行政权侵入司法权，则约法所予吾人之自由者，殆所谓猫口之鼠之自由矣。”（注：章士钊：《临时约法与人民自由权》，《章士钊全集》，第2卷，第86～87页。）因此，他坚决主张删除这一条。
        他的思路非常明晰：要吸收现代法学精华，建立完备的法治体系和司法独立制度，为保障公民的自由和国家长治久安奠立坚实基础。
        （3）清除历史积垢
        近代中国的思想家无不碰到一个问题：如何对待传统。深信自由、民主为中国必不可少的思想家大体遵循两条路径：
        1、从批判传统中为自由、民主在中国植跟扫除障碍。2、托古改制，重新诠释传统，挖掘其中近似自由、民主或有利于自由、民主生根的因素。
        后者的长处是可以满足民族自尊心理，便于为俗人说法，预期有减少阻力之效。可是，它无法回避一个根本问题：中国传统文化从整体上看是专制主义的意识形态。虽然这两条路径有时可以相互为用，但在专制主义意识形态成为公民觉醒障碍之际，批判成了历史的必然。民初的章士钊便处在这样的位置上。
        当袁世凯打败了国民党，与康有为之流互相呼应，企图立孔学为国教的时候，章士钊旗帜鲜明坚决反对。他说：“吾国之尚孔，本班固所谓利禄之途使然……惟今之尊孔者，舍其所习，丧其所守，离学而言教，意在奉孔子以抗耶苏，使中华之教，定于一尊，则甚矣其无当也。”（注：章士钊：《孔教》，《章士钊全集》，第3卷，第70页。）说这些话，意在维护思想和信仰自由。
        对孔学本身，他也不无微词。
        首先，他不满孔孟之徒言行不一。在肯定基督教在西方和中国的贡献后，他写道：“吾孔子之徒，名教之士，蓄妾狎娼，纵欲无度，口仁义而心盗贼，敢为伤天害理之事，倡尊孔愈甚，修行愈恶者，视之大有愧色焉。”（注：章士钊：《孔教》，《章士钊全集》，第3卷，第74页。）
        其次，他认为儒家好些基本观点也是极为错误的。
        例如，国家与统治者--君主不分，“报国之事，同于报君”，“儒家既以此垂为大训，历世之独夫民贼，复崇其说以便于己。以是举世之聪明才力，悉为所禁制，而不敢一为是非之思。”（注：章士钊：《自觉》，《章士钊全集》，第3卷，第180、181页。）