朱本源研究的起点是孟子的命题“《诗》亡然后《春秋》作”。他认为，孟子的这一表达，有着“诗”先于“史”的维柯式历史性思维。于是，由孟子而及《春秋》，论证了孔子作《春秋》开创了科学的历史，这一历史贡献堪比西方历史之父希罗多德作《历史》，他们各自完成了中西由诗性历史向理性历史的过渡。至于孔子何以能够完成这一过渡，是之前有着西周和春秋时期出现的人道主义和理性主义作为其思想的准备，并且人们开始能够用散文式的语言来写作。而对于人们关注的春秋之义，朱本源认为，“《春秋》之‘义’正是来源于‘《诗》教’的兴、观、群、怨”。（50） 孔子藉《春秋》之“义”赋予其作品这四种社会职能，“使中国历史学一开始就具有‘训诲的作用’，从而使中国的传统史学思维成为目的论的，历史事件也就被看成‘意义的关系网络’，看成是价值的体现者”。（51） 由于中国传统史学以“义”为根本追求，这也就导致了其历史思维与古希腊的以及19世纪西方的历史思维大异其趣。
    朱本源在此走了一个和余英时相反的方向，即认为中西史学的目的相同，即均服务于人文主义的旨趣，但它们的思维类型不同、实现目的的手法或手段不同，这需要进一步阐明和深入比较。这意味着，朱本源在论证了中国史学的人文主义之后，进而将服务于“人”视为中西史学不可否认的共同性和出发点，开始了更深入层次的比较，即中西史学思维类型之异同的比较，而不像在余英时那里，中西史学均有“人文主义”传统成了一种最终论证的结果。朱本源事实上便是以中西史学本身的历史性和实践性充当了柯林武德所说的那种“先验的想像”，而不是以抽象的、一致的人性作为比较的前提，这样才可能完成中西历史思维类型的比较。
    朱本源在《孔子史学观念的现代诠释》一文中主要根据《春秋》系统说明了孔子的历史编纂学理论，在《孔子历史哲学发微》一文中则根据《易传》阐发了孔子历史哲学的微言大义。自然，两文继承前者风格，处处体现作者汇通古今中外思想佐证、比较，以诠释孔子史学理论思想为鹄的，然而，就中西史学理论比较而言，朱本源取得了两项极为重要的突破。
    其一，朱本源借助于西方哲学的概念，认为孔子的“性命之理”是他为其历史哲学建立起来的形而上学本体论，而孔子的历史哲学是一种道德形而上学：
    “性命之理”的“理”与西方古代哲学的“逻各斯”在研究方法上有一个根本的差异，这一差异意味着东西哲学一开始就具有不同的取向，形成了两种不同的思维模式。这种不同主要表现在：希腊的逻各斯哲学的研究目的在求“真”，孔子的“性命之理”的研究目的在求“善”，这也就是说，前者是认识论的，是诉之于理论的理性的；后者是伦理学的，是诉之于实践的理性的。（52）
    朱本源据此将中西史学理论置于两种不同的思维模式之上。由于孔子的历史哲学是一种道德形而上学，其“‘天人合一’的哲学研究不是为了追求认识论上的‘真’，而是伦理学上的‘善’”，它“在中国文明史上不曾导致自然科学和逻辑学的发达，而是导致道德学（身心性命之学）和历史学的发达”。（53） 根据之前的论述，由于孔子奠定的中国传统史学的理论基础经过司马迁的传导而影响后世，事实上，我们可以从朱本源的论证中得出结论，即中国传统史学与近代西方史学在思维模式和类型上的差别至为根本。当然，这并不意味着朱本源认为中国和西方各自以求善与求真为其唯一的史学理论指导思想，他所要表明的，只是作为中国传统史学和近代西方史学的主流史学理论之根基的差异。我们看到，朱本源注意到了沃尔什对康德历史哲学的评价，认为它是康德道德哲学的一种派生品，由此我们更确信朱本源的认识有其精要之处：因为，西方后现代主义史学思想中以其对历史文本中伦理和道德因素的重视，批判近现代西方史家对于“客观性”和“真实”的偏执和崇信，而他们的理论资源，往往可以通过德国的历史主义、新康德主义，再上溯到康德的历史哲学思想。由此我们也可以再次明确，朱本源的中西史学理论比较，其对象更确切的乃是中国传统史学和作为近现代西方史学主流的实证主义学派。
    其二，朱本源在对孔子的史学理论思想进行解释时，大量借助西方史学、哲学的概念和思想，对于自己进行研究而立足的认识论基础有着充分的自觉，这种自觉，也令我们明白比较研究的对象和成果，实际上一开始就受到我们自身立场的左右。他说：“在理解和解释本文时，我们不可避免地受到当代的历史意识，特别是我们所接受的西方哲学、史学观念的影响，所以自言不讳地把本论文的标题称之为对孔子史学观念的‘现代诠释’。我们勿需自我解嘲，因为从诠释学的方法论看，任何一个诠释者都具有他自己的时代意识。”（54） 朱本源的方法论来自于德国解释学和中国传统诠释学，他将两者综合，为自己提供了上述三篇大作的认识论基础，而对这种方法论的自我反思，更将中西史学理论比较研究带到了一个新的高度，即比较研究作为一种文化的社会实践，从此不止于对比较对象（客体）的关注，对于比较者（主体）的立场及其历史性，也应当得到足够的重视，据此我们才可能更深层地分析比较者的认知与其比较研究的成果之间紧密的关联。
    朱本源说，我们接受西方的观念，勿需自我解嘲，这是一段很自信的文字，这种自信向读者展示了当代中国学者对于西学兼容并包的态度，而学问乃天下公器，本无中西之分，中西史学理论的比较研究目的不在于证明孰优孰劣、孰先孰后，而是为了开辟我们认知过去、认知现实的新的道路。
    何兆武亦有如此看法。在《所谓中学与西学》一文中，何兆武认为：“从近代中西思想文化接触的一开始，中国方面就陷入了一个形而上学的思想误区而不能自拔，即她给学术思想划定了一条截然不可逾越的分界线，认定了有所谓中学、西学之分。应该承认学术与思想可以有高下之分、优劣之分、正确与错误之分，但在本质上并无所谓中西方分。”（55） 何兆武认为，从治学之目的而言，我们无需分中西以画地为牢，但我们要了解不同的学术思想，却可以深入到学问发生的历史性情境中去了解。不同的学问存在着时代性的差异。