然而，在此後有关正统问题的讨论中，南北朝正闰之辨却依然是一个被反复提及的话题，只不过人们所关注的已不再是政治立场和意识形态问题，而主要是它所承载的价值判断与价值选择。一个明显的事实是，宋元明清以降，这个话题在不同的历史语境下已成爲历代士人华夷观念的一种表达方式。
    在中国人传统的华夷观念中，华夷界限通常是文化而不是种族。坚持这种价值判断的汉族士人，一般来说并不是不能接受北朝正统论。如北宋末年的陈师道曾经替王通《元经》所主张的北魏正统说做过这样的辩护：“或曰：魏假之华，齐、梁、陈斥之蛮，无乃悖乎？曰：夷而变，虽未纯乎夏，君子进之也……矧其纯乎！”(99)金代的杨奂也有类似的见解：“舍刘宋取元魏，何也？痛诸夏之无主也。……中国而用夷礼则夷之，夷而进於中国则中国之也。”(100)在他们看来，接受了汉文明的北魏王朝，完全有资格代表华夏正统，这就是典型的文化至上的华夷观念。
    不过，华夷之辨的标准并非是一成不变的。虽说传统华夷观念的主流是以文化作爲华夷之分水岭，但也常常可以看到与之相反的情形。一个带有普遍性的规律是，在汉民族处於强势地位、民族矛盾趋向缓和的时候，人们比较容易认同文化至上的华夷标准；而当汉民族遭遇异族威胁、民族矛盾非常尖锐的时候，人们往往就会强调种族至上的华夷标准(101)。在後一种华夷观念的主导之下，汉族士人对於南北朝正闰之辨则表现出完全不同的另一种姿态。如张拭作於宋孝宗乾道间的《经世纪年》一书，系以南朝爲正统，其自序对此书的书法义例做了如下解释：“由魏以降，南北分裂，如元魏、北齐、後周，皆夷狄也，故统独系於江南。”(102)张栻区别正闰的惟一标准就是种族，身处南宋特殊的历史环境之下，他的这种文化立场是完全可以理解的。对於王通《元经》所主张的北魏正统说，元代杨维桢在其《正统辨》中提出了严厉的批评：“有作《元经》自谓法《春秋》者，而又帝北魏、黜江左，其失与志三国者等耳。”(103)杨氏因不满陈寿《三国志》正魏而闰蜀的义例，至称其爲“《春秋》之罪人”，在他看来，《元经》在南北朝正闰问题上的立场错误，其严重性絶不亚於《三国志》。对於隋唐时代盛行的北朝正统论，南宋遗民郑思肖进行了不遗余力的抨击，尤其是对李延寿的《南史》、《北史》二史深致不满：“其曰《北史》，是与中国抗衡之称，宜黜曰《胡史》，仍修改其书，夺其僭用天子制度等语；其曰《南史》，实以偏方小之，然中国一脉系焉，宜崇曰《四朝正史》(原注：《南史》但载宋、齐、梁、陈，故曰四朝)，不亦宜乎？”(104)其言辞之激烈，态度之决绝，可谓罕有其匹。郑思肖可算是宋元时代最极端的民族主义者，他的种族至上的华夷观念通过南北正闰之辨得到了淋漓尽致的表达。
    在後代关於南北正闰之辨的讨论中，清朝统治者的态度尤其耐人寻味。以异族入主中原的清王朝，究竟如何看待历史上北族王朝的正闰之争，是一个值得关注的问题。长期以来，人们对清朝统治者的正统观念缺乏深入的了解，总是想当然地以爲他们的立场必定是倾向於北朝这样的异族政权。如陈垣先生指出，主张北朝正统论的王通《元经》实爲宋人阮逸之僞作，因谓“清人勇於辨僞，而《四库》编年类特着録《元经》，即以其进元魏爲中国，可以悦时主耳”云云(105)，然而实际情况却并非如此简单。
    乾隆四十六年(1781)，在编纂《四库全书》的过程中，围绕着杨维桢《正统辨》的评价问题，曾发生过一场意味深长的争论。《正统辨》是专门针对宋辽金三史的纂修义例而作的，按照杨维桢的主张，宋辽金三史理应取《晋书》之义例，“挈大宋之编年，包辽金之纪载”。元人论宋辽金正统者往往会涉及一个敏感的问题，即蒙元王朝的正统究竟是来自於宋还是来自於辽金？这实际上是承中原王朝之统还是承北族王朝之统的问题。杨维桢力主独尊宋统，倡言“论我元之大一统者，当在平宋而不在平辽与金之日”。《正统辨》在当时是一篇很有影响的文章，被陶宗仪收入《辍耕録》(106)。四库馆臣对此文谈及如此敏感的问题颇感忌讳，故乾隆四十六年正月抄讫的文渊阁本《辍耕録》已将此文删去，并在书前提要中对杨维桢的正统论予以批驳：“第三卷中载杨维桢《正统辨》二千六百余言，大旨欲以元承南宋之统，而排斥辽金。考隋先代周，继乃平陈，未闻唐宋诸儒谓隋承陈不承周也。持论殊爲纰谬。……今删除此条，用昭公义焉。”(107)恰巧高宗在抽查文渊阁本《辍耕録》时看到了这篇提要，於是便专门写了一篇上谕来理论这个问题。他认爲四库馆臣的正统论“似是而非”，并谓杨维桢《正统辨》“欲以元继南宋爲正统，而不及辽金，持论颇正，不得谓之纰谬”。且看他是如何解释的：
    夫正统者，继前统受新命也。东晋以後，宋、齐、梁、陈虽江左偏安，而所承者晋之正统，其时若拓跋魏氏地大势强，北齐、北周继之，亦较南朝爲盛，而中华正统不得不属之宋、齐、梁、陈者，其所承之统正也。至隋则平陈以後，混一区宇，始得爲大一统。……至於宋南渡後偏处临安，其时辽、金、元相继起於北边，奄有河北，宋虽称侄於金，而其所承者究仍北宋之正统，辽、金不得攘而有之也。(108)出乎馆臣意料的是，高宗对历史上北族王朝的正闰之争竟是这样一种认知！就连隋唐时代力主南朝正统论的汉族士人也从未将南朝之陈视爲正统，而高宗居然认爲南朝正统一脉相承以至於陈，直至文帝灭陈之後，正统始归於隋。显然，到了乾隆时代，清朝统治者的正统观念已经发生蜕变，他们从北方民族王朝的立场彻底转向了中国大一统王朝的立场，因此高宗才会如此高调地扞卫“中华正统”。这场争论最後以这样一种方式收场：高宗谕令馆臣，不但《辍耕録》中所载杨维桢《正统辨》不必删除，而且还应将此文补入杨氏《东维子集》，并让馆臣把他的这篇上谕分别冠於《辍耕録》和《东维子集》卷首。
    南北朝正闰之争早已成爲历史烟云，它之所以能够变成一个经久不衰的话题，是因爲人们已经习惯於借助它去表达某种价值主张和文化立场，正是由於这个原因，它同时也爲历史学家提供了一份绝佳的思想史的分析样本。