论者对部院衙门例案之繁导致书吏擅权的声讨是无所不用其极。胡林翼批评道：“大清律易遵，例难尽悉；刑律易悉，吏部处分律难尽悉，此不过专为吏部生财耳，于实政无丝毫之益。”(96)汤鹏则感叹：天下政事之弊，“因意而用法，因法而用例，因例而用案。……用法则吏胥擅周内，用例则吏胥擅苛比，用案则吏胥擅强记，于是君臣上下逊谢弗如，不得不挈大权以予之。”(97)部院司、堂各官不习吏事，一切案牍皆书吏主之。故每办一案，书吏检阅成案比照律例而定。堂司各官对例案不熟悉，“而祖孙父子世代相传者，惟吏耳。……司官欲检一案，每以属书吏，必援例，必检例案。而例案之堆积，高于屋齐，非熟手，末从得一纸。书吏皆世业，窟穴其中，牢不可拔，辄执例以制司官，司官未如之何”。(98)“文牍主义”的盛行给吏役专权创造了条件。
    上面的论说中虽有涉及地方，但言之较少。地方衙门是亲民衙门，任何事务的源头都在地方，其情形可想而知。地方上不仅要熟习中央制定的律例，还有可能在不违背前者的前提下制定出符合地方特色的条例法规，并存留下自己的例案，各省如此，府县亦如此。虽然是作为对国家法的补充，但对基层行政意义最为紧要。例款过多，不多用书吏势所不能；事务烦杂，不多用差役亦势所不能。例案如何对地方行政造成影响，以钱粮征收为例，冯桂芬说得比较具体和透彻：“凡户、工二部纪银钱之书，皆胥吏舞弊之书也。即如苏松重赋，数倍于他郡，二三十倍于他省，未尝不载于《赋役全书》，而《赋役全书》具在，骤阅之，但见款项之繁多，名目之猥琐，分合杂糅之离奇，非老于此事者，无从得其每亩征税之数。”(99)显然，江南地方衙门的行政能力同样经受了严峻考验。
    由以上几个方面还可以看出，尽管州县官的个人素质问题确实是其丧失行政自主权的要害所在，但详密的法典和律例仅仅是导致行政权旁落于衙门吏役的一个方面，并不能直接构成州县官的“不作为”；能力极强的地方官同样不能取代吏役的行政过程中的作用。
    2.清代地方科层制管理结构的缺陷
    结构缺陷首先表现在地方层级系统的复杂和严密。
    当完备的中国特色的“官僚主义”，成了行政管理的低效率和特权代名词的时候，重叠的机构设置、复杂而无用的公文履行、政策制定和指导工作脱离实际、互相推诿责任、干部在群众面前摆架子和追求特权等等，(100)即成为耳熟能详的“官僚病”，这些显得和清代中国的现实出奇地吻合。理想类型的官僚制，上下级之间等级严明，下级对上级绝对服从，由此导致的办事“高效”即是其积极面之一。然而强大的正功能必然伴随极为显著的负面效应，“低效率刚性”亦应运而生。
    清代的地方系统中，总督巡抚而下，尚有藩臬二司，以及特别机构“道”，直到府、州（厅）县。下级服从上级作为严格的科层制管理的特点，在层级重叠的中国传统统治结构中，在通讯系统尚不发达的时代，各级衙门之间各类文书的往来传输无限度地增加了衙门吏役的工作量。（常常看到的纸张经费在衙门公费开支中占有不小比例就能说明这一问题。）时人已有清楚的认识：清代地方治理结构的特色，即在于治官之官多而治事之官少。治官之官多导致政出多门，凡事以虚文相应酬。同时，下级对上级有着较严格、绝对的服从，这种服从不是由于个人魅力和其非凡的执政业绩产生的效应，也就是说实际上服从的是“职位”而非“个人”。彼得·布劳指出，等级制作为一种组织原则，“这种权威只限于工作范围，只能用来发布与公务有关的指令。超出这个范围，利用自己地位的特权去操纵下属并不是科层制权威的合法行为。”(101)帝制晚期中国的官僚结构中，这种不合法权威影响非常明显，地方层层节制，“以官制官”的特征更趋完善。官员虽享有在职位上被提升的权利，但获得这种权利的参考标准被上级官僚所掌握。结果谁都希望能够从“被别人掌握”向“掌握别人”的转变，下级官员要花大量的时间和精力在揣摩上司的心思、迎合上司的意图以及如何小心谨慎地供奉上司方面。相反其牧民的主要职责却被置于次要地位。低级官僚存在的意义很大程度上仅在于如何“事上”。正如瞿同祖曾经指出的，清代州县官处于高级官员的监督之下，详密的行政法典不允许州县官作出个人判断和创设规则，也没有给地方性差异留下变通的余地，因而“清代中国的地方政府是高度集权的”。(102)州县官以丧失行政自主权为代价保证了绝对的服从。
    治官之官多的直接后果，正如明代谢肇湖所云：“从来仕宦法罔之密，无如本朝者。上自宰辅，下至驿递巡宰，莫不以虚文相酬应。而京官尤可，外吏则愈甚矣。大抵官不留意政事，一切付之胥曹，而胥曹之所奉行者，不过以往之旧牍、历年之成规，不敢分毫逾越。而上之人既以是责下，则下之人亦不得不以故事虚文应之；一有不应，则上之胥曹又乘其隙而绳以法矣。故郡县之吏宵旰竭蹶，惟日不足，而吏治卒以不振者，职此之故也。”(103)这种自宋代以降中央集权日益加强的趋势，也引起过明末清初顾炎武的极大关注，首先他不认为这是“善治”的象征，称“尽天下一切之权而收之在上，而万几之广，固非一人所能操也，而权乃移于法。于是多为之法，以禁防之，虽大奸有所不能逾，而贤智之臣亦无效尺寸于法之外，相与兢兢奉法，以求无过而已。于是天子之权，不寄于人臣，而寄于胥吏。……守令无权，而民疾若不闻于上，安望其致太平而延国命乎？”(104)清代则在这条路上越走越远。
    和地方吏役借助律令例案作为行政过程中的必不可少的“手段”一样，“文法”政治转而成为地方官们追求的目标。社会压力迫使其对规则的遵从，直接导致清代地方行政繁琐、拖拉的作风以及低效率。这种现象被美国社会学家默顿称之为“目标转移”。(105)而推动这种转移的却是清代地方层级结构的缺陷。