这套近乎理想与现实之间的对“道”的传承意识至少延续到了明末，变成了士人放言干政的精神支柱。清初士人反思明亡教训，自然要拿心学开刀，宋学一度被皇权崇为正统，这种局面至乾隆时有所变化，乾隆帝崇经学而淡化宋学的功用，其目的是建立起以礼仪为核心的政治体制。乾隆帝自幼受的是理学教育，但中年以后却突然转而推崇经学，特别是对朱子大加批评，有学者以《四库全书》修纂前后作为乾隆尊崇经学，贬抑理学政策的分野。⑦
    章学诚在崇周公而抑孔子表述的背后，也有攻击理学的言论，如他就把理学看作是“离器而言道”的标本：“宋儒起而争之，以谓是皆溺于器而不知道也。夫溺于器而不知道者，亦即器而示之以道斯可矣。而其弊也，则欲使人舍器而言道”（《原道下》，见章学诚著、仓修良编注，2005:105）。意思是说，脱离“器”而言“道”是不合“三代”规范的，也同样不合孔子传递周公意旨的传统。又有一段话攻击宋儒更加直接：
    第其流弊，则于学问、文章、经济、事功之外，别见有所谓“道”耳。以“道”名学，而外轻经济事功，内轻学问文章，则守陋自是，枵腹空谈性天，无怪通儒耻言宋学矣。（《家书五》，见章学诚著、仓修良编注，2005:822）
    如此攻击宋学，虽攻伐的是其缺乏经世能力，却足以使它丧失独立传承“道统”的合法性。也就是说，士林自身若如此这般操戈于内室，开始质疑“道统”传承的话，那么“道”的超越政治的力量自然就被化解于无形，也同样失去了制约王权的魔力。
    章学诚“六经皆史”的著名论断也参与了对“道”的神圣性的颠覆过程。他写道：“夫道备于六经，义蕴之匿于前者，章句训诂足以发明之。事变之出于后者，《六经》不能言，固贵约《六经》之旨而随时撰述以究大道也”（《原道下》，见章学诚著、仓修良编注，2005:104）。这段话实际上给六经赋予了时间性。意思是说，六经只能部分描述出“三代”等特定历史时段存在的“道”的意义，一旦时过境迁，“道”的含义就会发生流转，并非能固守原来的意义。这样一来，孔子通过六经传道也要受到历史时间的制约，即可能反映出的仅是春秋时“道”的含义，以此类推，宋代及以后朝代对“道”的传承也是有时间性的，可能只适用于特定的历史场合。如此推断之下，“道统”完整传承的谱系是否真正存在就立刻变成了一个问题。
    “六经皆史”这个论断如同一把双刃剑，它既蕴含着一种消解六经神圣感的危险--即不但孔子以后特别是宋以后“道统”传承的普遍性有可能受到质疑，同时消解了“三代”观念对不同时代的普遍制约作用；另一方面，由于强调了六经出于王官之守，因此容易使人误解“道”与“治”只能在互为一体的情况下才能产生作用，因此为皇权后来的“道治合一”的体系建构提供了最为有力的支持。乾隆曾经就此有段话说：“盖视德与政为二者，莫不谓德为体而政为用，有内外之分焉。惟其分而为二，是物我之念生。而其爱物之政，究非体天之德也。夫圣人视德与政皆一体之事，本天良而修德，而不见其修之为我也。率天德而施政，而不见其施之及民也。德即政，政即德”（《高宗（纯）皇帝实录》（二），卷九八，乾隆四年八月庚辰，页485）。可见如此局面的形成首先是帝王操纵的结果，但士人自身对王权操弄行为的认可仍是一个必须考虑的因素。
    清人入关以后，清初的几个帝王显然对以往士林频繁阐释的“道”“治”分立的历史深有了解，故一直致力于把“道统”与“治统”合于一身。其方法是，以政治力量强行介入文化领域，从干预直到控制文化思想的发展导向，以限制士林所拥有的针对皇权而言的思想超越性。但要达此目的显然并非易事，不仅帝王在处理繁重的政事方面必须显示威临天下的能力，而且在儒家学问的修养上也要展示卓异的才华。特别是在江南士子众目睽睽的逼视之下，能不坠帝王的文德风采绝非易事，意味着必须付出超乎寻常的心血和代价。清初即已有士人开始认可康熙帝具有“道治合一”的超凡能力。李光地就说过：“自朱子而来，至皇上又五百岁，应王者之期，躬圣贤之学，天其殆将复启尧舜之运而道与治之统复合乎？”（《进读书笔录及论说序记杂文序》，见李光地，1829：卷十，页3上－3下）
    除了阿谀献媚的成分之外，李光地虽然用的是问句语式，但并不包含着他对康熙拥有“道治”双重身份的疑问，这可以从章学诚的记忆中得到印证。他有一段笔记记述了康熙帝如何对待学问与事功之间的关系以及自己由此生发出的心理反应。这段追忆源自有一位大臣看到康熙已年逾古稀还孜孜不倦地攻读诗词经典，颇受感动，劝戒皇上爱惜精神，皇上的回答是：“卿等以朕为书生刻稿留名计耶，朕不务为名，亦不与书生计工拙也。但一日之间，自寅兴以至亥息，中间召见军机、九卿轮对，省览章奏，恭阅祖训、实录，几余挹览经史，披览馆阁进书，各有其时，此中必有藏息游休以为不竭之地。作诗所以为消遣也。苟于消遣之时，不寻消遣之具，则骄奢淫纵之念得乘间而入，故以诗课为防逸之具耳”（章学诚，2006b:275）。
    从这段记载可以看出清帝日课中的分类包括了“治道”修养所要求涉及的各个层面的知识。同时我们注意到，“道”的一层训练被严密安排在了“治事”的框架之内，好像根本不具备独立的品格，“诗课”这些原属于休闲的活动也被粗暴地定性为克制意念的“防逸之具”。其实这很有可能会取消这些想象活动独立存在的意义，而诗词唱酬在士林活动的框架里本身就可能具备着承载“道”之含义的目的。康熙的这番对诗性功能化的解说显然影响到了章学诚的心理，他用歆羡的口气赞叹道：“三代以后安得闻此，此固非三代以后所及。”我们会注意到，章学诚用了“三代”这个表述，而且认为康熙帝认识水准是三代以后的帝王和士林都不能达到的境界，因为只有“三代”时，“治道”才能归于一统。这里暗示着清初帝王一旦掌握“道”的真义，那么整个王朝就有可能回归到“官师合一”的“三代”状态。