与宋儒相比，明儒与君权之间有着更多的隔阂。虽说吕坤并不是那个时代最有思想影响的人物，但他用“势”、与“理”来分辨“帝王之权”和“圣人之权”，则无疑代表了以廷争对抗廷杖的人们心头共有的信念。因此，明世士气屡经摧锄而起落跌扑，“敢于任斯道之南面”的儒学中人却后继不绝。天启一朝首尾不过七年，而士大夫因廷争之罪由庙堂入诏狱，由诏狱致折肱断骨，残身绝命者已经前后相接，累累成群：
    初，魏忠贤乱政，首攫祸杖死者，万燝也。后因汪文言狱逮死者六人：杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章。后因李实诬奏逮死者七人：则周起元、周顺昌、高攀龙、李应升、黄遵素，并先逮周宗建、廖昌期也。以吏部尚书遣戍遇赦，为逆党所抑，卒死于戍所者赵南星。以争挺击首功为逆党论劾逮死狱中者王之寀，各有传，共十六人。他如刘铎之以诗语讥讪弃市；夏之令以阻挠毛帅逮死；苏继欧、丁乾学、吴裕中、张汷、吴怀贤或缢死，师死，仰药死、杖死，皆以逆珰死者也。⑨
    这些人大半都是那个时候的社会精英。他们面对附生于君权之中的阉祸，用自己的生命表达了儒学精神中慷慨激昂的一面，并在身后留下了长久的光彩。左光斗被逮之日自度必死，勉其弟曰：“率诸儿读，勿以我为戒，而谓善不可为，”⑩全无一点徬徨气沮之意。在他待死于牢狱之中的最后一段日子里，史可法曾潜入探视：
    至左公处，则席地倚墙而坐，面额焦烂不可辨，左膝以下筋骨尽脱矣。史公跪抱公膝而呜咽，左公辨其声，而目不可开，乃奋臂以指拨？{，目光如炬，怒曰：“庸奴，此何地，而汝来前。国家之事，糜烂至此，汝复轻身而昧大义，天下事，谁可支持者？不速去，无俟奸人构陷，吾即先扑杀汝！”因摸地上刑械，作投击势，史噤不敢发声，趋而出。后常流涕述其事以语人曰：“吾师肺？肝，皆铁石所铸造也。”（11）
    左光斗以担当世运之气“务为危言核论”，在皇帝面前为天下争善恶是非，（12）并因此而得祸。但当他备受榜掠，体无完肤之后，讬付给心中传人的“国家之事”和“天下事”里仍然是一片担当世运之气。史可法后来以一介书生督师抗清，苦守危城，力竭被俘，从容授命，其间未尝没有老师留给学生的精神感召。
    在近代国家观念产生之前，国家一词是用社稷作诠解的。时当一姓之天下，能够维系国家而代表社稷的只有一个君主。因此，儒学崇尚“忠君”，其忠忱所讬的对象大半是一种国家和社稷的人格化，而并不尽在时君的一人一身。（13）由此划出来的一片空间，保留了忠君的知识分子批评一个一个人间帝王的权利。这种意思，宋儒称为“正君”。自理学作始之初起，为后世开风气的人们，就曾用力发摅此中义蕴，并亢然引为己任。（14）知识分子能够批评帝王，是因为君位与圣人之教是分开来的两种东西。但对于君权来说，批评所代表的又是一种限制。所以，在此后的六百多年里，知识分子的士气鼓荡常常会直接或间接地造成君权与士大夫之间的紧张。从宋代到明代，君权日趋而日尊，天子的敬惮之心也越来越少。立意“正君”的人们便常常要为议论付出自己的鲜血。然而知识分子手中的圣道并不是从帝王那里得来的，因此，即使是廷杖和诏狱也不能把圣道从士大夫的手里剥夺殆尽。于是，廷杖和诏狱之后，圣人之教还会继续酿发出士人的讽议和批评。出现于明代最后一段岁月里的黄宗羲无疑是其间走得最远的人。他在《明夷待访录》一书中直言人君“以我之大私为天下之大公”，由此表露出来的沉痛和愤激在当时和后世都具有足够的震撼力。正象廷杖代表了君权的极端一样，《明夷待访录》代表了儒学知识分子批评君权的极端。就君权与士大夫之间的紧张而言，后者正是前者的直接对应物。追寻中国古代民主思想萌蘖的人们后来常常热烈地评赏《明夷待访录》，并总想在其中引发出一点反封建的深意来。（15）其实，黄宗羲不是一个儒学的异端，而是“嗣轨阳明”，接理学之绪余的大儒。虽说他在批判君权的时候以独有的尖锐和峭刻表现了鲜明的个性，但作为一个从理学时代的思想环境中产生出来的人物，他的情感和理路与前代儒者规范君权的师道意识之间又有着一种可以辨识的心印。（16）因此，就其本来意义而言，《明夷待访录》里的放言正代表了宋明之世知识分子批评精神的最后一阵隆隆潮音。
    清儒很少有师道意识，他们在另一种世路中趋入了另一种士风。康熙一朝曾宏奖理学，而能够真知理学批评精神的前朝遗民则多怀种族之痛，漠漠然视新朝。是以热心在帝王身边侍讲的便只剩下一些专以理学邀庞的小智小慧者了。他们帮助皇帝作成过卷帙可观的“御篡诸经”，而理学关怀世运的一面却从此日渐萎赢。当前朝的遗民一个一个离开人世之后，接下来的漫长岁月是一个文祸绵延的时代。
    清代因文字获罪起始于对明清之际那一段历史的著述和评论。叙史传播的种族之见触痛了尚未愈合的满汉创口，种族之见也就此成为文字狱长久追究的一个题目。由此产生的残酷和霸蛮，常常给人以非常深刻的印象。雍正六年，湖南人曾静懵懵然投书大吏岳钟琪，以种族之说策动他造反。经穷治之后，这件事又牵出了浙江人吕留良。虽说此时吕留良已经死去四十五年了，但被雍正称作“逆物”的曾静却是由他留下的著作点化出来的。所以，“曾静之谤讪，由于误听流言；而吕留良则自出胸臆，造作妖妄。是吕留良之罪大恶极，有较曾静为倍甚者也。”（17）这种以此量彼的比较，说明了雍正心里是把制造思想的人看得比传播思想的人更可怕，吕留良也因此而成为一个须由天子亲自动手力施笔伐的罪人了。然而吕留良的种族之界来自孔夫子的夷夏之辨，雍正能够批判吕留良，却不能批判孔夫子。于是其挞伐之辞便常常绕过夷夏之辨，转入君臣纲纪和礼义廉耻：
    当流寇陷北京时，吕留良年方孩童。本朝定鼎之后，伊亲被教泽，始获读成立，于顺治年间应试得为诸生。嗣经岁科屡试，以其浮薄之才，每居高等，盗窃虚名，夸荣乡里。是吕留良于明毫无痛痒之关，其本心何曾有高尚之节也。