四年二月，已升任登莱巡抚的孙元化，因坚持起用葡兵，亦遭卢兆龙疏劾，卢氏认为澳人“畜谋不轨”，担心若以之为前驱，恐其“观衅生心，反戈相向”。(164)此一澳门军队在抵达南昌后，即因战情趋缓（后金已于三年五月出关东归）以及卢兆龙等人的激烈反对而遭遣返，但陆若汉仍以“差竣复命”为由，于四年三月抵京，旋上疏申辩绝无筑城台、撤参将等要挟之事。(165)
    四年三月九日，颇受打击的徐光启再次疏请休致，其言有云：
    昨年自请往调澳商，伏蒙圣旨谕留，题差原任中书姜云龙押送教士陆若汉等回住。后云龙被议，职实未知其在广事情，若果于钱粮染指，职宜膺不适之罚……今据广东巡按臣高钦舜报疏，称督臣差通判祝守禧赍发安家、行月粮等银，至澳给散，则云龙身不入澳，银不经手。续据陆若汉奏称，通判祝守禧领布政司原封银两到澳，唱名给散等因，语亦相符。盖调兵、造器、给粮等项，皆督、按、道、府诸臣，以地方官行地方事，云龙不过督役催促，其于依散钱粮，即欲与闻，亦理势之所无也。(166)
    对姜云龙被控克扣雇佣军钱粮之事大力辩驳，指此事全是由两广总督所委通判祝守禧经手，祝氏从布政司领得银两后，“至澳给散”，姜氏并不曾经手。三月十一日，陆若汉陛见。十二日，皇帝谕旨安抚徐光启曰：“卿清恬端慎，精力正优，词林允资模范。不只修历一事，着安心供职，不必引陈，其澳商事情，已有旨了！”(167)
    由于此一雇佣军已预领了所有的安家费、衣甲、行粮以及月粮，但却中途折返，故当时广东官员意欲追还已发的部分饷银。负责追饷的广州府推官颜俊彦，(168)甚至还为此扣留了澳门派往广州购买丝绸的驳船以及通事王明起，此事最后还是因皇帝下旨才免被追缴。(169)
    即使遭此挫折，徐光启仍然试图再调澳人以“用炮、教炮、造炮”，于是在崇祯四年十月所上的《钦奉明旨敷陈愚见疏》中强烈呼吁曰：
    速如旧年初议，再调澳商。昔枢臣梁廷栋议辍调者，恐其阻于人言，未必成行耳，后闻已至南昌，旋悔之矣。顷枢臣熊明遇以为宜调，冢臣闵洪学等皆谓不宜阻回，诚以时势宜然，且立功海外，足以相明也，况今又失去大炮乎！(170)
    指出前兵部尚书梁廷栋已对自己仓促决定停止调动感到后悔，而现任兵部尚书熊明遇以及吏部尚书闵洪学等人均支持雇用澳人。
    徐氏于是建议兵部可派“亦习夷情”的在告御史金声，伴送陆若汉或公沙至广东“调取澳商”。(171)金声于崇祯二年十一月举荐善制战车的游僧申甫，结果申氏被超擢为副总兵，奉旨召募新军，金声则以山东道御史的身份监军，但未几申甫与后金作战时兵败殉国，金声因此于三年九月乞归获准。(172)金声或于崇祯二三年间对西学和西教产生浓厚兴趣，甚至可能因深受感召而受洗，此应是徐光启推荐他的重要原因之一。(173)然而，四年闰十一月爆发的吴桥兵变，或令此事不了了之。五年四月，兵部尚书熊明遇在请赠恤葡兵的奏疏中，再次提出“仍于澳中再选强于数十人入京教铳”，“帝俱报可”，(174)但终亦无下文。
    六年十月，徐光启病故，其弟子韩云还撰有《战守惟西洋火器第一议》一文，建议：“购募澳夷数百人，佐以黑奴，令其不经内地，载铳浮海，分囗各岛，俾之相机进剿……亦当购其大铳以及班鸠、鹰嘴护架（驾）诸铳，止令铳师数十人教演华人点放、炼药。”然因人微言轻，并无结果。事实上，连徐光启、李之藻、杨廷筠等人的努力亦渐被遗忘，韩霖即感慨曰：“西铳歼夷宁远、固守京都、御寇涿州，功已彰明较著矣。原其始，则徐文定、李冏卿、杨京兆三公耶许而致之，今谁知其功哉！”(175)
    崇祯十六年，为了抵抗即将来袭的李自成农民军，两广总督向澳门征一名炮手和一门大铁炮；另有三名澳门铳师应征至南京效力。(176)这是崇祯朝最后一次向澳门寻求军事援助，只是此时明王朝已走到尽头，回天乏术了。
    六、结语
    明清战争是当时世界上最大规模的战争之一，对东亚乃至整个世界的局势有着深远影响。此时的明帝国与西方接触已有上百年之久，在东北边疆接连告急之际，以徐光启、李之藻、熊明遇、孙元化、韩云等为代表的一批开明士大夫，力排众议，期望借助澳门葡人的火炮与战术，进行军事改革，以对抗后金之入侵。从天启朝开始，明朝政府便从澳门置办火炮、征募葡兵，而崇祯元年至三年两次征募的规模与影响更大。
    徐光启等人倡导的军事改革，乃以先进的西洋火器为核心，大炮守城，中炮用以编列车阵，辅以能够熟练使用鸟铳的步兵，如此退可坚固防守，进可攻城拔寨。经葡国铳师训练的孙元化属部，装备大量先进火器，在公沙等铳师的协助之下，不仅稳住了牵制后金军事进攻的战略要地东江，而且数度重创后金军队。岂料孔有德发动吴桥兵变，导致徐光启主导的一系列军事改革被全盘打乱，且使孙元化在东江的精锐部队丧失殆尽。而孔有德、耿仲明则投降后金，带去先进火器和操炮技术，并成为清朝入主中原的前锋。清军入关后，明帝国各个重要城池在降清汉人炮兵的助攻下，接连告破。原本用于抵御和攻击清军的西洋大炮，反而帮助清朝在定鼎中原的过程中发挥了至关重要的作用。
    崇祯年间援明葡兵引发朝中官员的争辩，反对者认为其炮可用，而其人决不可用。然这些铳师入华后可谓尽职尽责，练兵教炮、冲锋陷阵在所不惜，乃至最后有近半数战死疆场，李之藻评价云：“若辈以进死为荣，退生为辱。”(177)与接连叛变降金的明朝官兵形成鲜明对比。
    澳门葡人期望透过向明廷输送铳师与火器，缓解澳门发展困境以及与广东地方官员的紧张关系，但因崇祯三年第二次招募澳门军士失败，致其境况并没有得到根本改善。就在公沙等人入京效力期间，澳门奉葡印总督之命，数次将所造火炮运往马六甲进行防卫，(178)又将中国铸师从澳门派往果阿，协助葡印当局铸造铁炮。(179)处于东西方文明交会之处的澳门，在17世纪二三十年代，于东西军事技术交流方面发挥了重要作用。
    崇祯年间招募葡兵来华一事，或许只有天主教会达到了期盼的目标。从徐光启、孙学诗、张焘、韩霖、韩云、孙元化、王征等教徒，以迄龙华民、邓玉函、班安德、汤若望(Johann Adam Schall von Bell，1592-1666)、罗雅谷(Giacomo Rhó，1592-1638)、陆若汉等耶稣会士，均曾有直接或间接的参与。由于不少传教士藉两次葡兵入华的过程趁机潜入内地，因南京教案而实施的教禁至此被冲破，且教会透过此事留给明廷不少正面形象。入清之后，南怀仁亦曾协助清朝在统一中国的过程中大量制炮。传教士本应以传播上帝福音为唯一职责，唯在明清鼎革之际却不断介入杀人火器的制造，此颇为讽刺。但若从整个大航海时代的背景来看，则不足为奇，因欧洲势力向世界各地扩张过程中，教会、火炮和商业利益一直是一种“三位一体”的关系。