在墓边立庙的风气在曹魏以后渐渐受到遏制。曹魏文帝黄初三年(222)，下诏拆毁其父曹操陵墓上的祭殿，并解释说这样做是为了“以从先帝俭德之志”。后来又为自己作终制说：“寿陵无立寝殿，造园邑。”(16)西晋时朝廷又下令：“诸葬者，皆不得立祠堂、石碑、石表、石兽。”(17)南朝刘宋何承天说：“庶人无庙，故祭于寝。”(18)所谓“寝”，即墓地供祭祀用的祠堂。(19)上述几条记载说明两个问题，第一，前有曹丕“寿陵无立寝殿”的终制，后有西晋葬者不得立祠堂的禁令，说明宗族祭祀从墓寝到祠庙不是一下就完成的，是一个渐变的过程。第二，即使这个过程基本完成，也有庶族宗族祭祀在庙寝的情况。这两点是魏晋南北朝时期宗族祭祀的大背景，下面就这个大背景下的士族宗族和庶族宗族的宗祠祭祀做些具体考述。
    西晋末期，东海王司马越被石勒杀死，她的妃子裴氏东晋初渡江南下，想为司马越实行招魂葬。因为司马越死于北方战乱，尸体不能运到南方安葬，所谓招魂葬，即把司马越的魂魄招来葬在墓中，实际上是一座空墓。博士傅纯表示反对，他认为墓是藏形的，祠庙才是安魂的。他的议论中说：“至于室庙寝庙祊祭非一处，所以广求神之道，而独不祭于墓，明非神之所处也。”(20)可见当时宗族祠庙是室庙和寝庙两种形式都存在的。嵇绍在西晋八王之乱中为保护惠帝而死，血溅惠帝御袍，被视为忠义之士。司马越路过嵇绍墓时，哭之悲恸，为之刊石立碑。两晋朝廷赐之墓田和看坟客户，并赐以少牢、太牢之祠。(21)为嵇绍刊石立碑，显然是打破了不得在墓边立祠堂、石碑的禁令，太牢、少牢之祠也应是墓地边祠堂的祭祀。
    士族宗族的祠庙一般不设在墓地。西晋卢谌作《祭法》，其中有这样的话：“凡祭法，有庙者置之于坐；未遑立庙，祭于厅事可也。”厅事即家中的厅堂，庙也应是建在居住地的宗祠。西晋侍中李胤死后，武帝派遣御史“监丧致祠”，即到其家祠致以祭品。(22)王导死后，晋成帝下诏加封赐谥，“祠以太牢”(23)。温峤死后，朝廷对其加谥“忠武”，“祠以太牢”。郗鉴死后，被“赠太宰，谥曰文成，祠以太牢”(24)。“祠以太牢”即用牛、羊、豕三牲祭祀他们。按照当时的观念，享受祭品的不是已经死去的肉体，而是不死的灵魂。灵魂是栖身在祠堂中的，所以“祠以太牢”即把太牢之具放到祠堂中进行祭祀。还应指出的是，“祠以太牢”不是作为丧葬之礼的一次性行为，而是死后祭祀怀念的周期性的活动。例如东晋周札，在王敦之乱中曾打开城门放王敦军进入石头城，被王敦任为会稽内史。后来王敦嫌周札宗族势力强大，给他安上逆反的罪名杀死。王敦之乱平定后，朝廷评议该如何对待周札，王导认为周札之所以打开城门迎接乱军，是因为他相信王敦进城是为朝廷清君侧的，后来发现王敦图谋不轨，便不与其同，结果被杀，说明他还是朝廷的忠臣。尽管有人有不同意见，朝廷还是采纳了王导的意见，追赠周札为卫尉，“遣使者祠以少牢”(25)。此时已是周札死后两年多的事了，可见“祠以太牢”、“祠以少牢”的祭祀怀念意义。
    不仅士族宗族的祠堂大多设在居住地，就连士族宗族以外的庶族宗族，也有不少把祠堂设在家中的记载。雁门人范隆，出生时父亲死亡，四岁时又丧母，同宗族人范广“悯而养之，迎归教书，为立祠堂”(26)。刘平原“父丧既终，自起两间小屋，以为祠堂。每至节岁烝尝，于此数日中，哀思，绝饮粥”(27)。北周潼州刺史司马裔“性清约，不事生产，所得俸禄，并散之亲戚，身死之日，家无余财，宅宇卑陋，丧庭无所，有诏为起祠堂焉”(28)。因为家中屋室低矮简陋，没有治丧的地方，所以朝廷下诏为他建立祠堂，可见祠堂是建立在居住地的。北朝徐孝肃自幼丧父，长大以后，“问其母父状，因画工图其形，构庙置之而定省焉，朔望享祭”(29)。徐孝肃所构之庙，应当也是祠堂之类的家庙。魏晋南北朝的宗族祭祀的记载并不详细，上述关于祠堂祭祀的活动，大多是从个人角度切入的，宗族祭祀的色彩不甚鲜明，有的看起来还像家族祭祀。然而宗族是由家族组成的，家族祭祀也能反映宗族关系。如晋人夏统，养亲以孝闻，睦于兄弟，又雅善谈论，宗族人都劝他去当官。夏统严词拒绝，自此不与族人相见，可见夏氏是聚族而居的。夏统的从父夏敬宁祭祀先人，并把两个漂亮的女巫请进祠堂表演歌舞杂技。夏统的从兄弟们都想前去观看，但害怕夏统反对，便欺骗夏统说：“从父间疾病得瘳，大小以为喜庆，欲因其祭祀，并往贺之，卿可俱行乎？”夏统答应和他们一起去，不料刚一进门，就看见两个女巫“轻步佪儛，灵谈鬼笑，飞触挑柈，酬酢翩翻”，指责这是“放傲逸之情，纵奢淫之行，乱男女之礼，破贞高之节”之举。宗族人都很不安，便把两个女巫遣散了。(30)可见夏敬宁的祭祀是在宗祠内举行的，是不少宗人参加的宗族行为。北魏寇治，“兄弟并孝友敦穆，白首同居。父亡虽久，而犹于平生所处堂宇，备设帏帐几杖，以时节开堂列拜，垂泪陈荐，若宗庙然，吉凶之事必先启告，远出行反亦如之”(31)。这里虽是记载家祭，但“若宗庙然”说明宗庙的存在。北魏崔浩曾作《家祭法》，“次序五宗，蒸尝之礼，丰俭之节，义理可观”(32)。在这里家祭与宗族祭祀又是同一概念。
    宗族祭祀外，继承制度也反映了宗族血缘关系。西晋贾充的两个儿子都早死，贾充死时没有后代。贾充的妻子郭槐让自己的外孙韩谧作为贾充的继承人。当时就有人提出，按照礼的规范，“大宗无后，以小宗之子后之，无异姓为后之文”(33)。在朝廷议论贾充的谥号时，博士秦秀说：“充舍宗族弗授，而以异姓为后，悖礼溺情，以乱大伦。”是“绝父祖之血食，开朝廷之祸门”，应该给他“荒公”的谥号。(34)这件事反映出当时人们在继承人问题上对宗族血缘关系的重视。
    地域关系是维系宗族的另一条纽带。延康元年(220)七月，曹丕代汉前夕，率军经过家乡，“大飨六军及谯父老百姓于邑东”(35)。他专门为此次行动发了一道诏令说：“先王皆乐其所生，礼不忘其本。谯，霸王之邦，真人本出，其复谯租税二年。”(36)刘宋初建，永初元年(420)八月武帝刘裕下诏曰：“彭、沛、下邳三郡，首事所基，情义缱绻，事由情奖，古今所同。彭城，桑梓本乡，加隆攸在，优复之制，宜同丰、沛。”(37)齐武帝永明元年(483)春正月，下令在他的出生地建康青溪建筑旧宫，次年下诏说：“夫乐所自生，先哲垂诰，礼不忘本，积代同风。”(38)《魏书·乐志》说：“凡乐者乐其所自生，礼不忘其本，掖庭中歌《真人代歌》，上叙祖宗开基所由，下及君臣废兴之迹。”(39)君王们功成名就之后衣锦还乡，宴请优待家乡父老，具有提高家乡地位，以团结凝聚宗人的作用。
    重视家乡地望的不仅是帝王君主，士家大族也是如此。南朝刘宋泰始年间，把淮阴县作为北兖州州镇。萧齐建元四年，把州镇移到盱眙，治下所领只有阳平一郡。后来北兖州民戴尚伯等六十多人上书称：“旧壤幽隔，飃寓失所，今虽创置淮阴，而阳平一郡，州无实土，寄山阳境内。窃见司、徐、青三州，悉皆新立，并有实郡。东平既是望邦，衣冠所系。希于山阳、盱眙二界间，割小户置此郡，始招集荒落。使本壤族姓，有所归依。”(40)戴尚伯等人要求在侨置的北兖州下置东平郡，以使从东平郡迁过来的同姓族人有所归依，充分说明了地域与宗族的关系。从西晋末到南朝初，曾有过多次北人南迁的移民浪潮，其中不乏士家大族，如琅邪王氏、太原王氏、陈郡谢氏、泰山羊氏、颍川庾氏、颍川荀氏，这些士家大族在他们所徙居的地方几乎都有以他们原居住地命名的侨郡侨县。
    地域关系对迁徙的士族宗族和庶族宗族的维系作用还表现为一种外部挤压力量。魏晋南北朝时期，全国各地分布着许多大大小小的士族宗族和庶族宗族，当一些士族宗族或庶族宗族迁徙到一个新地方时，必然会影响当地的宗族的政治经济利益，从而发生矛盾。土著宗族为维护自己的利益而采取的敌视态度和排斥行为，对迁徙宗族来说形成了一种外部压力，对抗这种压力最有效的办法就是维系宗族的整体力量。十六国后燕政权被北魏打破后，慕容德率一部分人南迁，建立南燕政权。河北大族清河崔氏、平原刘氏、清河张氏、渤海封氏、高氏都随慕容德南迁。唐长孺先生指出： “不难推测，当时也有许多人民迁移青齐。按照当时通例，流移人民很难摆脱宗族、乡里中豪强的控制，因而在青齐地区立即形成南迁豪强的势力。”(41)流移人民以宗族形势迁徙已成为当时的通例，为什么会如此呢？一个重要原因就是为对付土著宗族的排斥。土著宗族对外来宗族怀有敌意，一个典型的例子就是义兴周氏家族。义兴人周玘“宗族强盛”，不被晋元帝所信任，还受南迁的北方士人所轻视，“忧愤发背而卒”，临死前对他的儿子周勰说：“杀我者诸伧子，能复之，乃吾子也。”伧子，是江南人对北方人的贬称。周勰把周玘的话一直藏在心里。“时中国亡官失守之士避乱来者，多居显位，驾御吴人，吴人颇怨。”周勰利用江东人的不满乘机起兵。江东人徐馥、孙皓的族人孙弼都起兵响应。(42)这个事实充分反映出土著宗族和迁徙宗族之间的矛盾。