康熙二十五年，北京国子监对北监本《二十一史》进行了修补。祭酒常锡布、翁叔元主持，与事者有司业宋古浑、达鼐、彭定求，学正王默，典籍程大毕等。修版印本有如下记载：
    王重民《中国善本书提要》：
    《金史》……按此即北监本，清康熙间所印者。每卷首叶上书口刻“康熙二十五年重修”八字，卷一脱脱题衔後题“康熙二十五年国子监祭酒臣常锡布、祭酒加一级臣翁叔元、司业臣宋古浑、司业加一级臣达鼐、司业臣彭定求、学正臣王默、典籍臣程大毕奉旨重校修。(11)
    《中山大学图书馆古籍善本书目》着录明万历刻清康熙二十五年国子监重修本《史记》，版心上间镌“康熙二十五年重修”，卷端下撰者後镌“康熙二十五年国子监奉旨重校修”。又着录《前汉书》，各卷首叶版心上右镌“康熙二十五年重修”，目录首叶下端撰注者後镌“康熙二十五年国子祭酒、司业奉旨重校修职官姓名”(12)。
    莫友芝《郘亭知见传本书目》卷四史部一正史类：“明北监板……康熙间通修补一过，其板至今犹存。”(13)
    从以上记载可以清楚地看到明南北监本在顺治、康熙间修版刷印的情形。
    二、乾隆武英殿刊刻《二十二史》
    明代国子监的旧版，经过顺治、康熙间不断修补刷印，到乾隆初年已有大约一百四五十年的历史，版面模糊，难以继续刷印，於是重新刻一套版势在必行。再者，清代到乾隆年间，经济、文化、学术均已达到高峰，内府修书刻书已取得了很大成就，作爲正经的《十三经注疏》、正史的《二十一史》，刊刻一套代表清代水平的版本，已是摆在桌面上的议程。
    重刻之议始於乾隆三年。是年九月，国子监上奏，请重刻《十三经注疏》《廿一史》并《旧唐书》(14)。《乾隆帝起居注》：
    乾隆三年岁次戊午九月……初三日壬子……大学士等议：国子监奏：太学所贮《十三经注疏》《二十一史》，板片年久馍糊，请详加校正，重新刊刻，以垂久远。查《十三经注疏》共板一万一千八百三片，《二十一史》共板五万七百三十片，板质难以修补。应令国子监购觅原本各一部，分派编检等官校閲，交武英殿缮写刊刻，进呈御览，即将板片交国子监存贮，以备刷印。至国子监奏有写本《旧唐书》一部，共三千八百二十一页，亦应刊刻，以广流传一摺。奉谕旨：板片不必国子监查办，着交与庄亲王，於武英殿御书处等处查办。(15)
    武英殿位於紫禁城“西华门内，熙和门西”(16)。康熙十九年，内务府设立武英殿造办处(17)，兼办刻书任务。康熙四十四年後，“又对造办处机构进行了调整，将一些与刻书无关的作坊划归养心殿造办处管理”，“武英殿造办处真正成了内府的专门的刻书机构”。雍正七年，造办处改称武英殿修书处(18)。武英殿属内务府管理，庄亲王允禄其时主管内务府事务，故下旨由其主事。
    武英殿校刊《十三经注疏》《二十二史》的最初规划由张廷玉提出。乾隆三年十二月十五日，大学士兼管翰林院事张廷玉上奏：“重刊经史，必须参稽善本，博考群书，庶免舛讹。查武英殿爲内府藏书之所，就近校閲，实爲便易。今拟於编检内选派六员咨送到殿，稽查善本，悉心校对，并与该处总裁公同商订，陆续发到，覆閲进呈。俾校勘、刊刻会於一处，则错误可免而书易成。”高宗当日即下旨：“依议。编检六员恐不敷用，着添派庶吉士六员。”(19)据张氏所奏，可见当时计划校勘、刊刻均在武英殿办理。但其後经查，武英殿“库内存贮书籍，并无监板《十三经》《廿一史》”(20)，因而没能实现“校勘、刊刻会於一处”的设想。经史馆最终设在宫外怡亲王允祥旧府邸(21)。
    经史馆和武英殿修书处的关系与其他修书馆不同。修书馆和武英殿并无隶属关系，一是修书，一是刻书，分工各异(22)。经史馆的任务不是修书而是校勘，人员即咨送到殿的六名编检和奉旨添派的六名庶吉士，之後人员又有调整和增加。经史馆隶属於武英殿修书处，受武英殿总裁管理，所以校刊完竣之经史皆由武英殿总裁进呈。
    校刊工作正式开始，则由方苞具体负责，方苞於乾隆四年初被任命爲经史馆总裁(23)。不久他就上奏提出了全面而周密的校刊计划。
    方苞提出的第一个问题是选择底本、校本的问题：
    窃思经史惟宋板字鲜遗讹，目今不惟宋板难得，即明初刻本亦少。臣生平所见，惟嘉靖以後之板，已屡经改补，无三五页中无遗讹者。而现今监板更剥蚀，无一完善可凭以校对。伏祈皇上饬内府并内阁藏书处徧查旧板经史，兼谕在京诸王大臣及有列於朝者，如有家藏旧本，即速进呈，以便颁发挍勘。并饬江南、浙江、江西、湖广、福建五省督抚，购求明初及泰昌以前监板经史，各送一二部到馆，彼此互证，庶几可补其缺遗、正其错误……又前翰林院侍讲学士(《全集》作侍读学士)何焯曾博访宋板，校正《前汉书》《後汉书》《三国志》遗讹，臣曾见其书，并求下江苏巡抚，向其家索取原书，照式改注，别本送馆，原本仍还其家，毋得损坏。(24)
    方苞作爲桐城派古文大家，并不以校勘学出名，但他提出的先求旧本并参考何焯校本的方案，可以説十分专业，这一方案对殿本的学术质量应当説奠定了基础。殿本诸史以明北监本爲底本(《旧唐书》以明闻人诠本爲底本)，部分史如《汉书》《後汉书》《三国志》《晋书》《隋书》等使用宋本作爲校本，何焯校本也有参考(25)。确按方苞计划办理。
    非但如此，方苞还提出要把校勘发现的错误“一一开列，进呈御览”(26)，这当然就是校勘记，後来的《考证》也就导源於此。官刻正经、正史而附校勘记，宋、元、明历代所无，清乾隆殿本还是开创者，这个功劳首先应归於方苞。